[日本語] English
万見
- PDB-8tle: CDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 36-mer DNA oligo (sg C2-Form 1) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tle
タイトルCDCA7 (Mouse) Binds Non-B-form 36-mer DNA oligo (sg C2-Form 1)
要素
  • Cell division cycle-associated protein 7
  • ssDNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN / zinc fingers / chromatin architecture / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell population proliferation / apoptotic process / regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1 / CDCA7/CDA7L / Zinc-finger domain of monoamine-oxidase A repressor R1
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cell division cycle-associated protein 7
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Horton, J.R. / Ren, R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR160029 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: The ICF syndrome protein CDCA7 harbors a unique DNA-binding domain that recognizes a CpG dyad in the context of a non-B DNA.
著者: Hardikar, S. / Ren, R. / Ying, Z. / Horton, J.R. / Bramble, M.D. / Liu, B. / Lu, Y. / Liu, B. / Dan, J. / Zhang, X. / Cheng, X. / Chen, T.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年8月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell division cycle-associated protein 7
X: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8178
ポリマ－27,5482
非ポリマー2696
水21612
1
A: Cell division cycle-associated protein 7
X: ssDNA
ヘテロ分子

A: Cell division cycle-associated protein 7
X: ssDNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,63416
ポリマ－55,0964
非ポリマー53812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area8140 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area17010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.666, 60.768, 49.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.510, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11X-101-

MG

-
要素

#1: タンパク質 Cell division cycle-associated protein 7


分子量: 16452.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdca7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-codon-plus (DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9D0M2
#2: DNA鎖 ssDNA


分子量: 11095.103 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: n vitro SELEX screening / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH8.5, 25%PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→30.38 Å / Num. obs: 25246 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 44.5 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.08→2.18 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 1147 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.178 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→30.38 Å / SU ML: 0.2726 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 43.773
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2619 1253 5.02 %
Rwork0.232 23705 -
obs0.2335 24958 90.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→30.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数825 470 6 12 1313
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00271367
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50161946
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0345211
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051177
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5388556
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.08-2.160.6361540.4864992X-RAY DIFFRACTION34.1
2.16-2.260.44511350.37952572X-RAY DIFFRACTION88.64
2.26-2.380.34721470.34982841X-RAY DIFFRACTION97.9
2.38-2.520.35711490.32132866X-RAY DIFFRACTION98.82
2.52-2.720.35051520.27932899X-RAY DIFFRACTION99.74
2.72-2.990.33351540.29692889X-RAY DIFFRACTION99.77
2.99-3.420.24661510.26022875X-RAY DIFFRACTION99.05
3.43-4.310.2351530.19862868X-RAY DIFFRACTION99.74
4.31-30.380.21141580.17122903X-RAY DIFFRACTION99.38
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.09243082090790.058536184956-0.02315782585690.0021274109022-0.006876954551820.410872465689-0.506808248482-0.4292178332520.486752257259-0.5996816276810.6987219476920.5582858867590.2025188788990.577098560523-0.01454858244990.830423964326-0.05737889116320.07900770869010.8806726539030.04344409028470.418308542442-0.19378691159412.450714827812.1749164148
20.0460655379808-0.08825545228650.005900232116230.154299428984-0.06275695121090.0725166759441-0.2846979721980.7937805273470.709081779676-0.908679345-0.0696137742751-0.654642622528-0.234462385198-0.187405338497-0.0005972444126311.17698866747-0.1101133907550.5050585298621.014656579650.1393397022731.3403419724215.902609906113.36151610487.18002458789
30.660427553930.0440345088805-0.2947280348840.250406233887-0.3314533730850.982787930913-0.29670517532-0.2429016688240.0457235148682-0.348341994107-0.300317759993-1.30229567754-0.230951228397-0.0240921987898-0.04329473135130.530903631678-0.0161824052480.008086176214420.489918690220.03037564838980.95452708578610.974487173610.739235372221.6609723421
40.1651069944290.142845049524-0.2723646478860.6626633615650.3556129364020.988325895337-0.1120203184890.1770551026510.238979286824-0.407442235107-0.0567191022031-1.095094641140.218589297825-0.168509322375-0.009367476987560.5849780134210.008930516699250.2187548590780.5086886974370.08168336414870.7147587035598.067417576381.5944244347214.4414990733
50.6501461476870.756235181983-0.3045040953960.868770071633-0.3397400284740.148791163483-0.452322296011-1.04027095238-1.25494378019-0.250565038701-0.365159858788-0.26436658663-0.53468580975-0.507752291677-0.08951589462590.6335233396-0.0154340058655-0.1185162885270.693075865560.0447305665920.5267680947171.67944730754-4.4455221666625.2593328073
60.0007071270810350.005712090217480.03744298715330.02246877525870.0692767016580.09477939326660.02031944989450.5397425780870.0787913357105-0.2421560418020.1152812433330.5344083183640.514672619669-0.137128889664-8.75099434134E-50.741743580224-0.217912066466-0.2398915980350.85574001203-0.08441570656611.88994699016-48.136054638-2.9483313194812.8723706837
70.399761931223-0.656493771690.3684118403822.347552843320.224968757464-0.871865222862-0.0865275354335-0.0116053465597-0.4861782471010.008364962676530.25800984074-0.492531929761-0.0513752187589-0.1589949789510.2425878765480.549526582489-0.041042167738-0.03900196298570.715225368538-0.05156726956770.490252832765-5.339065955126.3476683227423.0204522497
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 244 through 252 )AA244 - 2521 - 9
22chain 'A' and (resid 253 through 262 )AA253 - 26210 - 19
33chain 'A' and (resid 263 through 297 )AA263 - 29720 - 54
44chain 'A' and (resid 298 through 335 )AA298 - 33555 - 92
55chain 'A' and (resid 336 through 346 )AA336 - 34693 - 103
66chain 'X' and (resid 8 through 12 )XB8 - 12
77chain 'X' and (resid 13 through 30 )XB13 - 30

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る