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- PDB-8tld: Structure of the IL-5 Signaling Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tld
タイトルStructure of the IL-5 Signaling Complex
要素
  • Cytokine receptor common subunit beta
  • Interleukin-5
  • Interleukin-5 receptor subunit alpha
キーワードSIGNALING PROTEIN / IL-5 / cytokine / receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / interleukin-5 receptor binding / respiratory gaseous exchange by respiratory system / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway ...interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / positive regulation of eosinophil differentiation / Defective CSF2RB causes SMDP5 / Defective CSF2RA causes SMDP4 / interleukin-5 receptor binding / respiratory gaseous exchange by respiratory system / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / Surfactant metabolism / inflammatory response to antigenic stimulus / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / cytokine receptor activity / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of immunoglobulin production / cytokine binding / immunoglobulin mediated immune response / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / coreceptor activity / positive regulation of B cell proliferation / cytokine activity / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / cytokine-mediated signaling pathway / signaling receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / response to lipopolysaccharide / receptor complex / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of DNA-templated transcription / signal transduction / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interleukin-5 / Interleukin 5 / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding ...Interleukin-5 / Interleukin 5 / Cytokine IL-3/IL-5/GM-CSF receptor common beta chain / : / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit, N-terminal / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Four-helical cytokine-like, core / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-5 / Cytokine receptor common subunit beta / Interleukin-5 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Caveney, N.A. / Garcia, K.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Structure of the interleukin-5 receptor complex exemplifies the organizing principle of common beta cytokine signaling.
著者: Nathanael A Caveney / Grayson E Rodriguez / Christoph Pollmann / Thomas Meyer / Marta T Borowska / Steven C Wilson / Nan Wang / Xinyu Xiang / Karsten D Householder / Pingdong Tao / Leon L Su ...著者: Nathanael A Caveney / Grayson E Rodriguez / Christoph Pollmann / Thomas Meyer / Marta T Borowska / Steven C Wilson / Nan Wang / Xinyu Xiang / Karsten D Householder / Pingdong Tao / Leon L Su / Robert A Saxton / Jacob Piehler / K Christopher Garcia /
要旨: Cytokines regulate immune responses by binding to cell surface receptors, including the common subunit beta (βc), which mediates signaling for GM-CSF, IL-3, and IL-5. Despite known roles in ...Cytokines regulate immune responses by binding to cell surface receptors, including the common subunit beta (βc), which mediates signaling for GM-CSF, IL-3, and IL-5. Despite known roles in inflammation, the structural basis of IL-5 receptor activation remains unclear. We present the cryo-EM structure of the human IL-5 ternary receptor complex, revealing architectural principles for IL-5, GM-CSF, and IL-3. In mammalian cell culture, single-molecule imaging confirms hexameric IL-5 complex formation on cell surfaces. Engineered chimeric receptors show that IL-5 signaling, as well as IL-3 and GM-CSF, can occur through receptor heterodimerization, obviating the need for higher-order assemblies of βc dimers. These findings provide insights into IL-5 and βc receptor family signaling mechanisms, aiding in the development of therapies for diseases involving deranged βc signaling.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年4月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02024年4月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年12月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.32025年5月28日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Cytokine receptor common subunit beta
C: Interleukin-5
D: Interleukin-5
E: Cytokine receptor common subunit beta
F: Interleukin-5 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,52610
ポリマ－240,4205
非ポリマー1,1065
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Cytokine receptor common subunit beta / CDw131 / GM-CSF/IL-3/IL-5 receptor common beta subunit


分子量: 81078.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF2RB, IL3RB, IL5RB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32927
#2: タンパク質 Interleukin-5


分子量: 16836.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05113
#3: タンパク質 Interleukin-5 receptor subunit alpha


分子量: 44590.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5RA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01344
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: IL-5 Receptor Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 59.9 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
8PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 418819 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0056116
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6818308
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.896826
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044946
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0091054

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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