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万見
- PDB-8tl0: Structure of activated SAVED-CHAT filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tl0
タイトルStructure of activated SAVED-CHAT filament
要素
  • CHAT domain-containing protein
  • RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM / SAVED-CHAT
機能・相同性SMODS-associated and fused to various effectors / SMODS-associated and fused to various effectors sensor domain / CHAT domain / CHAT domain / RNA / CHAT domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Haliangium ochraceum (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bravo, J.P.K. / Taylor, D.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Welch FoundationF-1938 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138348 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Type III-B CRISPR-Cas cascade of proteolytic cleavages.
著者: Jurre A Steens / Jack P K Bravo / Carl Raymund P Salazar / Caglar Yildiz / Afonso M Amieiro / Stephan Köstlbacher / Stijn H P Prinsen / Ane S Andres / Constantinos Patinios / Andreas Bardis ...著者: Jurre A Steens / Jack P K Bravo / Carl Raymund P Salazar / Caglar Yildiz / Afonso M Amieiro / Stephan Köstlbacher / Stijn H P Prinsen / Ane S Andres / Constantinos Patinios / Andreas Bardis / Arjan Barendregt / Richard A Scheltema / Thijs J G Ettema / John van der Oost / David W Taylor / Raymond H J Staals /
要旨: The generation of cyclic oligoadenylates and subsequent allosteric activation of proteins that carry sensory domains is a distinctive feature of type III CRISPR-Cas systems. In this work, we ...The generation of cyclic oligoadenylates and subsequent allosteric activation of proteins that carry sensory domains is a distinctive feature of type III CRISPR-Cas systems. In this work, we characterize a set of associated genes of a type III-B system from that contains two caspase-like proteases, SAVED-CHAT and PCaspase (prokaryotic caspase), co-opted from a cyclic oligonucleotide-based antiphage signaling system (CBASS). Cyclic tri-adenosine monophosphate (AMP)-induced oligomerization of SAVED-CHAT activates proteolytic activity of the CHAT domains, which specifically cleave and activate PCaspase. Subsequently, activated PCaspase cleaves a multitude of proteins, which results in a strong interference phenotype in vivo in Taken together, our findings reveal how a CRISPR-Cas-based detection of a target RNA triggers a cascade of caspase-associated proteolytic activities.
履歴
登録2023年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Additional map / Data content type: Additional map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年3月6日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHAT domain-containing protein
B: CHAT domain-containing protein
C: CHAT domain-containing protein
D: CHAT domain-containing protein
E: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
F: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
G: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
H: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
I: CHAT domain-containing protein
J: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
K: CHAT domain-containing protein
L: CHAT domain-containing protein
M: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')
N: RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)387,24714
ポリマ－387,24714
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
CHAT domain-containing protein


分子量: 54378.332 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haliangium ochraceum (バクテリア)
遺伝子: Hoch_1319 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0LTI2
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*AP*AP*A)-3')


分子量: 942.660 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Active SAVED-CHAT filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 1.33 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Haliangium ochraceum (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38548 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00723704
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.79832299
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.9973478
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0493537
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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