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万見
- PDB-8tkq: Cryo-EM structure of human full-length RAD52 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tkq
タイトルCryo-EM structure of human full-length RAD52
要素DNA repair protein RAD52 homolog
キーワードRECOMBINATION / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / double-strand break repair via homologous recombination / protein-DNA complex ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / double-strand break repair via homologous recombination / protein-DNA complex / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD52 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schnicker, N.J. / Razzaghi, M. / Spies, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA232425-05 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM131704-05 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2025
タイトル: The RAD52 double-ring remodels replication forks restricting fork reversal.
著者: Masayoshi Honda / Mortezaali Razzaghi / Paras Gaur / Eva Malacaria / Giorgia Marozzi / Ludovica Di Biagi / Francesca Antonella Aiello / Emeleeta A Paintsil / Andrew J Stanfield / Bailey J ...著者: Masayoshi Honda / Mortezaali Razzaghi / Paras Gaur / Eva Malacaria / Giorgia Marozzi / Ludovica Di Biagi / Francesca Antonella Aiello / Emeleeta A Paintsil / Andrew J Stanfield / Bailey J Deppe / Lokesh Gakhar / Nicholas J Schnicker / M Ashley Spies / Pietro Pichierri / Maria Spies /
要旨: Human RAD52 is a multifunctional DNA repair protein involved in several cellular events that support genome stability, including protection of stalled DNA replication forks from excessive degradation. ...Human RAD52 is a multifunctional DNA repair protein involved in several cellular events that support genome stability, including protection of stalled DNA replication forks from excessive degradation. In its gatekeeper role, RAD52 binds to and stabilizes stalled replication forks during replication stress, protecting them from reversal by SMARCAL1 motor. The structural and molecular mechanism of the RAD52-mediated fork protection remains elusive. Here, using P1 nuclease sensitivity, biochemical and single-molecule analyses, we show that RAD52 dynamically remodels replication forks through its strand exchange activity. The presence of the single-stranded DNA binding protein RPA at the fork modulates the kinetics of the strand exchange without impeding the reaction outcome. Mass photometry and single-particle cryo-electron microscopy show that the replication fork promotes a unique nucleoprotein structure containing head-to-head arrangement of two undecameric RAD52 rings with an extended positively charged surface that accommodates all three arms of the replication fork. We propose that the formation and continuity of this surface is important for the strand exchange reaction and for competition with SMARCAL1.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.22025年5月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein RAD52 homolog
B: DNA repair protein RAD52 homolog
C: DNA repair protein RAD52 homolog
D: DNA repair protein RAD52 homolog
E: DNA repair protein RAD52 homolog
F: DNA repair protein RAD52 homolog
G: DNA repair protein RAD52 homolog
H: DNA repair protein RAD52 homolog
I: DNA repair protein RAD52 homolog
J: DNA repair protein RAD52 homolog
K: DNA repair protein RAD52 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)532,44411
ポリマ－532,44411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Cryo-EM and mass photometry indicated 11-mer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
DNA repair protein RAD52 homolog


分子量: 48404.020 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAD52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43351
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human RAD52 undecameric structure / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.532 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 9 / 詳細: 20 mM Tris pH 9, 200 mM KCl, 1 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMTris1
2200 mMPotassium chlorideKCl1
31 mMDTT1
試料濃度: 0.25 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Sample was made from frozen protein
試料支持詳細: -15 mA / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
詳細: No tilt data and tilted data (30 deg) was collected at the same time and processed together
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 11288

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2261059
詳細: Template based picking from no tilt and 30 deg tilt data to deal with preferred orientation
対称性点対称性: C11 (11回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 623559 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 130.2 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: Initial fitting was done in Chimera followed by refinement with Namdinator and then PHENIX alone
原子モデル構築PDB-ID: 1KN0

1kn0


Accession code: 1KN0 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00716225
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.57421813
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d2.589812
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442299
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0032893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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