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- PDB-8tkn: Murine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tkn
タイトルMurine NF-kappaB p50 Rel Homology Region homodimer in complex with 10-mer kappaB DNA from human Neutrophil Gelatinase-associated Lipocalin (NGAL) promoter
要素
  • DNA A
  • DNA B
  • Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA / NF-kappaB / p50 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / NF-kB is activated and signals survival ...Regulated proteolysis of p75NTR / I-kappaB/NF-kappaB complex / negative regulation of vitamin D biosynthetic process / Interleukin-1 processing / DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / NF-kB is activated and signals survival / PKMTs methylate histone lysines / Activation of NF-kappaB in B cells / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / mammary gland involution / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / antibacterial innate immune response / Downstream TCR signaling / cellular response to interleukin-17 / NF-kappaB p50/p65 complex / CD209 (DC-SIGN) signaling / positive regulation of lipid storage / negative regulation of interleukin-12 production / cellular response to interleukin-6 / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to dsRNA / actinin binding / non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of miRNA metabolic process / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of cytokine production / cellular response to cytokine stimulus / cellular response to angiotensin / positive regulation of cholesterol efflux / canonical NF-kappaB signal transduction / lymph node development / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / JNK cascade / response to muscle stretch / Neutrophil degranulation / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / B cell receptor signaling pathway / transcription coregulator activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to virus / cellular response to nicotine / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / gene expression / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain ...Nuclear factor NF-kappa-B, p105 subunit / : / NF-kappa-B/Dorsal / Rel homology domain, conserved site / NFkappaB IPT domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain signature. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / Rel homology DNA-binding domain / Rel homology dimerisation domain / NF-kappa-B/Rel/dorsal domain profile. / Rel homology domain (RHD), DNA-binding domain superfamily / DEATH domain, found in proteins involved in cell death (apoptosis). / Death domain / Death domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / p53-like transcription factor, DNA-binding / Death-like domain superfamily / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Nuclear factor NF-kappa-B p105 subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Zhu, N. / Mealka, M. / Mitchel, S. / Rogers, W.E. / Huxford, T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2023
タイトル: X-ray Crystallographic Study of Preferred Spacing by the NF-kappa B p50 Homodimer on kappa B DNA.
著者: Zhu, N. / Mealka, M. / Mitchel, S. / Milani, C. / Acuna, L.M. / Rogers, E. / Lahana, A.N. / Huxford, T.
履歴
登録2023年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit
B: Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit
C: DNA A
D: DNA B
E: DNA A
F: DNA B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,0306
ポリマ－82,0306
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.006, 102.644, 127.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nuclear factor NF-kappa-B p50 subunit


分子量: 34924.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nfkb1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25799
#2: DNA鎖 DNA A


分子量: 3085.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA B


分子量: 3004.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.05 M sodium acetate pH 5.4, 20 mM magnesium sulfate, and 4% PEG 3350
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 23123 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 74.81 Å2 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 2310 / Rsym value: 0.764

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
autoPROCdata processing
PHENIX1.20.1_4487モデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NFK

1nfk


解像度: 2.8→47.62 Å / SU ML: 0.4335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.0864
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 1125 5.16 %
Rwork0.2388 20673 -
obs0.2413 21798 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 81.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4906 806 0 0 5712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00375911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58518150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0418896
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.93712280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.35011220.29932168X-RAY DIFFRACTION83.61
2.93-3.080.38671240.33192596X-RAY DIFFRACTION99.45
3.08-3.280.36081300.28962613X-RAY DIFFRACTION99.46
3.28-3.530.32781410.27982609X-RAY DIFFRACTION99.17
3.53-3.880.3451330.27142612X-RAY DIFFRACTION99.82
3.88-4.440.32951700.24822611X-RAY DIFFRACTION99.43
4.44-5.60.24371520.2162672X-RAY DIFFRACTION99.96
5.6-47.620.22521530.19172792X-RAY DIFFRACTION99.63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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