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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tkb | |||||||||||||||
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タイトル | tRNA 2-phosphotransferase (Tpt1) from Pyrococcus horikoshii in complex with 5'-AMP | |||||||||||||||
![]() | Probable RNA 2'-phosphotransferase | |||||||||||||||
![]() | TRANSFERASE / tRNA 2'-PHOSPHOTRANSFERASE / TPT1 / tRNA SPLICING / 5'-AMP / AMP | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA 2'-phosphotransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
![]() | Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: tRNA 2-phosphotransferase (Tpt1) from Pyrococcus horikoshii in complex with 5'-AMP 著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 108.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 68.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tfiS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 20839.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: kptA, PH0160 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O57899, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ(アルコールにつなげるもの) |
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-非ポリマー , 5種, 93分子 ![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-K / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M Tris-Bicine (pH 8.3), 0.1 M amino acid additives mixture (0.02 M each of DL-glutamic acid monohydrate, DL-alanine, glycine, DL-lysine monohydrate and DL-serine), 16-29.6% ethylene ...詳細: 0.1 M Tris-Bicine (pH 8.3), 0.1 M amino acid additives mixture (0.02 M each of DL-glutamic acid monohydrate, DL-alanine, glycine, DL-lysine monohydrate and DL-serine), 16-29.6% ethylene glycol, and 8-14.8% PEG-8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→43.67 Å / Num. obs: 23319 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 28.84 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 1.114 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1195 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.343 / % possible all: 99.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8TFI 解像度: 1.71→41.14 Å / SU ML: 0.198 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.7962 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→41.14 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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