PDB-8tjk: SAM-dependent methyltransferase RedM bound to SAH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tjk

タイトル

SAM-dependent methyltransferase RedM bound to SAH

要素

RedM

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / methyltransferase / indolocarbazole / conformational change

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure of methyltransferase RedM that forms the dimethylpyrrolinium of the bisindole reductasporine.
著者: Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2023年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tjk.cif.gz	304.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tjk.ent.gz	204.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tjk_validation.pdf.gz	975.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tjk_full_validation.pdf.gz	977.1 KB	表示
XML形式データ	8tjk_validation.xml.gz	26.6 KB	表示
CIF形式データ	8tjk_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tjiC 8tjjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RedM

B: RedM

ヘテロ分子

76.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.833, 71.902, 144.841
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	RedM 分子量: 37781.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: environmental DNA / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: redM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7G196
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 345 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.27 % / 解説: prism with spindle cross-section
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.09 M ammonium sulphate, 0.05 M BisTris-HCl pH 6.5, 30 % pentaerythritol ethoxylate (15/4_EO/OH) PH範囲: 6-7 / Temp details: ambient

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→38.05 Å / Num. obs: 55780 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 37.93 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.84 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 13.1 % / R_merge(I) obs: 1.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3356 / CC_1/2: 0.73 / R_pim(I) all: 0.485 / R_rim(I) all: 1.772 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19_4092	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→38.05 Å / SU ML: 0.2483 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.1076
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2286	1993	3.58 %
R_work	0.197	53638	-
obs	0.1981	55631	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→38.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4676	0	63	345	5084

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0047	4835
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7478	6570
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0459	752
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	842
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8328	1712

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.3562	137	0.345	3740	X-RAY DIFFRACTION	98.38
1.9-1.95	0.4026	141	0.3564	3744	X-RAY DIFFRACTION	98.96
1.95-2.01	0.3358	141	0.2803	3797	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.01-2.07	0.3013	141	0.2763	3790	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.07-2.14	0.3424	141	0.2549	3774	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.14-2.23	0.2706	140	0.2283	3785	X-RAY DIFFRACTION	99.62
2.23-2.33	0.2922	141	0.226	3794	X-RAY DIFFRACTION	99.57
2.33-2.45	0.2539	143	0.215	3826	X-RAY DIFFRACTION	99.67
2.46-2.61	0.2807	142	0.22	3811	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.61-2.81	0.2788	144	0.2287	3845	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.81-3.09	0.2341	143	0.215	3853	X-RAY DIFFRACTION	99.73
3.09-3.54	0.2428	142	0.1955	3854	X-RAY DIFFRACTION	99.83
3.54-4.46	0.1863	144	0.1594	3929	X-RAY DIFFRACTION	99.9
4.46-38.05	0.1656	153	0.1635	4096	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.31762209934	0.971443719459	0.118075845165	1.68387852918	-0.372847440097	1.48431089488	0.231902654986	-0.00880707643604	-0.0207860200948	0.216889543824	-0.0795037407793	-0.125172243259	0.0905225826238	0.0941527856748	-0.129712999677	0.437137507266	-0.0432759548636	-0.0264183628037	0.245250924814	0.00375869690514	0.248315298433	43.3558191662	26.7918973939	-19.1954041126
2	0.806971865545	0.887475301017	-0.0668367329775	4.36539584834	-0.0772818857428	3.20890425157	-0.0427530074319	-0.111062579048	0.191528954155	0.385922746101	0.0988516542529	0.630752187029	-0.335707972661	0.00869503581002	-0.0232102972297	0.230438132062	-0.0434146594066	0.0421687945631	0.335905568452	0.0595847483827	0.33427101906	19.2803812954	6.67734130649	-12.1051127039
3	3.57590873176	1.3864471603	-0.384240782884	2.14696239249	-0.499862134159	0.870736409079	-0.0237851472217	-0.0798601202999	0.113650111109	0.143534116499	0.0617243358547	0.262258525552	0.19772091033	-0.112605822417	-0.0265120316901	0.323379458442	0.0181840133106	0.00666372519704	0.309101039628	0.0269818277238	0.315043368708	7.98233708366	-20.7719782663	-20.8198796581
4	0.838244481729	-0.339428999502	0.720936553178	3.70975224374	0.454213786936	4.04376438599	0.0502999045333	0.07866580425	-0.0862234634628	-0.230819050871	0.0100337967276	-0.375288590569	-0.123908189737	1.42247334447	-0.0250534117174	0.109729346722	-0.0608992847021	0.0304088671997	0.668702403077	0.0443520983688	0.317906473242	34.5117467639	-3.67202464065	-23.8012213648

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'B' and (resid 126 through 344 )	B	B	126 - 344	115 - 308
2	2	chain 'A' and (resid 12 through 147 )	A	A	12 - 147	1 - 124
3	3	chain 'A' and (resid 148 through 344 )	A	A	148 - 344	125 - 321
4	4	chain 'B' and (resid 12 through 125 )	B	B	12 - 125	1 - 114

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