PDB-8tji: SAM-dependent methyltransferase RedM, apo

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tji

タイトル

SAM-dependent methyltransferase RedM, apo

要素

RedM

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / methyltransferase / indolocarbazole / conformational change

機能・相同性

機能・相同性情報

O-methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.73 Å

データ登録者

Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Structure of methyltransferase RedM that forms the dimethylpyrrolinium of the bisindole reductasporine.
著者: Daniel-Ivad, P. / Ryan, K.S.

履歴

登録	2023年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tji.cif.gz	306.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tji.ent.gz	218.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tji.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8tji_validation.pdf.gz	450 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tji_full_validation.pdf.gz	450.7 KB	表示
XML形式データ	8tji_validation.xml.gz	31.7 KB	表示
CIF形式データ	8tji_validation.cif.gz	49.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/8tji	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8tjjC 8tjkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RedM

B: RedM

ヘテロ分子

76.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.950, 71.610, 145.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	RedM 分子量: 37781.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: environmental DNA / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / 遺伝子: redM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F7G196
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 855 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.8 % / 解説: plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2-0.3 M ammonium sulphate, 0.1 M MES pH 6.5, 18-24 % PED MME 5000, 13-16 mg/mL RedM, 1:1 drop ratio, 2-4 uL total PH範囲: 6-7 / Temp details: ambient

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→72.5 Å / Num. obs: 67710 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 17.89 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 23.6
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.241 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique obs: 3483 / CC_1/2: 0.96 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.263 / % possible all: 95

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.19_4092	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.73→47.1 Å / SU ML: 0.1884 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.2066
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1992	3390	5.05 %
R_work	0.1669	63778	-
obs	0.1685	67168	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.73→47.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4805	0	36	855	5696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0037	4964
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.682	6730
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0452	753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0064	878
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.1404	1807

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.73-1.75	0.2506	136	0.2181	2494	X-RAY DIFFRACTION	94.13
1.75-1.78	0.229	143	0.1982	2566	X-RAY DIFFRACTION	97.2
1.78-1.81	0.2308	146	0.1953	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.57
1.81-1.84	0.219	144	0.1856	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.84-1.87	0.2169	127	0.1789	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.87-1.9	0.2525	130	0.1895	2634	X-RAY DIFFRACTION	97.88
1.9-1.94	0.2891	117	0.2566	2434	X-RAY DIFFRACTION	90.36
1.94-1.98	0.2304	126	0.1731	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.86
1.98-2.02	0.2082	133	0.1729	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.32
2.02-2.07	0.2149	145	0.1664	2666	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.07-2.12	0.2046	129	0.1663	2655	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.12-2.18	0.1899	125	0.1729	2679	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.18-2.24	0.2396	140	0.1771	2642	X-RAY DIFFRACTION	97.55
2.24-2.32	0.2195	145	0.184	2607	X-RAY DIFFRACTION	97.38
2.32-2.4	0.2231	143	0.1659	2647	X-RAY DIFFRACTION	99.39
2.4-2.5	0.2026	148	0.1632	2646	X-RAY DIFFRACTION	98.94
2.5-2.61	0.1778	137	0.1621	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.51
2.61-2.75	0.2157	139	0.1698	2703	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.75-2.92	0.2003	130	0.1686	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.92-3.14	0.1984	186	0.1596	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.23
3.14-3.46	0.1792	167	0.1542	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.34
3.46-3.96	0.1604	146	0.1401	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.96-4.99	0.1571	157	0.1388	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.42
4.99-47.1	0.2125	151	0.1812	2908	X-RAY DIFFRACTION	99.58

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.39104985168	-2.22627274048	1.23318862556	2.50275135949	-0.392619159864	1.64501349291	0.122488265242	0.131479839309	0.131999756457	-0.192727924819	-0.138524290304	-0.26948671591	0.120423529893	0.0748085356901	-0.0218036849044	0.108648825944	-0.0270625336125	0.0458716609545	0.149731477101	0.0203035441352	0.129943002528	7.25614913136	35.564124104	-21.2100705352
2	1.70749127832	0.438277332112	-0.139778904841	1.45582366273	-0.196621009889	1.91874740022	-0.0733441098827	0.0763847735119	0.0302879396632	-0.120981647185	0.108947943349	0.265570883522	0.0292197804976	-0.550757732572	-0.0169598784376	0.0807832670322	0.0103410151738	-0.00252456346174	0.239623594077	-0.00393931434887	0.163508253634	-7.9376949686	43.2091281241	-28.1461289386
3	1.42413525137	-1.24356656043	0.136061041247	5.19827593027	-4.65563090044	5.19081476777	0.0172569833563	-0.0571739657859	0.101435766488	0.280894589236	0.0891655688593	0.219826335145	-0.142163622101	-0.100390004286	-0.069440984115	0.0991991807718	-0.0282740269952	0.0444910921064	0.122542316306	-0.0412676133158	0.12460978818	1.22605970663	27.2229042835	-5.32245986861
4	6.17945765463	2.48661663428	1.39032834062	5.76009415273	3.80567533332	3.40002500886	0.263222106157	-0.430734044002	0.745867689229	0.068116323708	-0.307606733468	0.314950046378	-0.94145681012	-0.494378754772	0.100120281405	0.34868873887	0.0568716589552	0.043380017121	0.213356552907	0.0305673326743	0.207129122977	-13.3252743813	16.7976926345	-28.903802518
5	2.05653324195	-0.353964678859	0.0561261418307	1.29356810616	0.0808423030022	3.11230900955	0.0819670496049	0.0362080991467	0.110478221486	-0.0420859842199	-0.0453304920209	0.0909825827735	-0.0265738128438	-0.425758066591	-0.0328925892345	0.0769439496201	-0.0291691565528	0.00781579693683	0.133210951124	-0.00411664555796	0.116141209147	-23.7218595307	10.059939362	-20.8610357829
6	2.006608011	1.60464406215	0.345151388856	2.20803823808	0.821843950994	0.856766855237	0.0656037521532	-0.0226157287312	-0.0931042015477	0.00206062002927	-0.00631263457492	-0.0645890040028	0.174146439403	0.0225992894919	-0.0388850233034	0.110518267084	-0.00201777515572	-0.0151358636999	0.0803633042341	0.00399164819876	0.0782881177536	-4.49092620805	8.41196908989	-15.255292169
7	2.94818779686	3.13369053425	-1.70770067117	5.82148475592	-3.90691633911	2.77166739107	0.0156791385211	0.126308218719	-0.335816036009	-0.0915439986297	-0.0285960543317	-0.174895327155	0.29454330852	0.0987407953405	-0.0152798957532	0.162465684028	0.0161502921329	-0.0157884184155	0.0751561397729	-0.0265858528369	0.116313007114	-5.84682563775	3.06303050471	-24.6005382298
8	8.14176762962	-1.48796195498	7.45235260987	1.92203371682	-1.67247431214	8.12333702054	0.0571313334951	0.143702333293	-0.00279144233515	-0.269149434144	-0.0510033631541	0.0899719329537	0.306252674535	0.0606411614877	-0.0147652228715	0.105917412851	-0.0213314278632	0.0437887286164	0.0794788094489	-0.0148874601604	0.155781118424	4.27004477882	29.9805651826	-20.3785027812
9	1.47567405763	0.00783837191049	-0.0412676708431	0.992992761701	0.0734293289514	1.62788414604	0.00740400107798	0.0327059671478	-0.0375748652395	-0.0339325002135	-0.0290320101118	-0.279515974091	0.0904518844708	0.174354658123	0.0267911216778	0.0652648369327	0.0143202462163	0.0137357635915	0.129018235891	-0.0153648729221	0.141814863566	17.8520902201	23.0521157923	-10.2582024144
10	2.32496933389	-0.777647286067	0.068189129655	3.96996002933	0.449343986904	0.947086725775	-0.0058289496581	-0.304169783593	-0.0571685466817	0.408830745464	-0.0503247180422	0.197202443046	-0.154239548235	-0.420427702422	0.0420109972322	0.15052560261	0.0215510516805	0.0498485530088	0.186890675114	-0.00243523259464	0.104679480086	0.399171535474	46.9738086699	-10.5452322107
11	4.30944132304	3.46303110856	-4.11296211454	4.64154249952	-5.3945247492	9.85030036063	0.240912580311	-0.350190995189	-0.248784728685	0.412099417547	-0.0950785010718	-0.0460797018207	-0.00846258060934	0.119641313784	0.0157731329779	0.298437732256	0.0454150360242	-0.0733814437051	0.236832502811	-0.0243003978127	0.341587970444	24.5239887244	44.0694130694	-14.3548404341
12	3.64879471938	0.447792947886	-0.0347468157542	2.54105755075	0.207434374746	2.70133617436	0.0648595022981	-0.307133303308	-0.205617249253	0.398175212782	-0.0392931793532	-0.351145430679	0.0694266429507	0.174088763331	-0.0216122523919	0.180466914186	-0.0432328637117	-0.0646717454079	0.149750763219	-0.0117544148402	0.174936191777	32.3013634069	57.9531094697	-15.4712433183
13	2.27780355691	1.28057521512	-0.233706861432	1.45177667787	-0.021541851737	0.148789593011	-0.00823656736873	0.033877605801	0.118777660501	0.0171140133131	0.0260315932259	0.0352502357753	-0.118333254069	0.0593764599163	-0.0217343181187	0.109639847484	-0.00191359359561	-0.0116671172452	0.076892317037	-0.00134243824997	0.090619413446	14.4107088574	58.041284666	-24.180847022
14	3.38933170464	0.605032483939	0.355338711631	8.49070027521	1.07765110539	2.6614675736	-0.0342066012867	0.280458307797	-0.182810497779	-0.333122509456	0.0464707554292	0.0428232260763	-0.0650647336395	0.180190526146	-0.00511061722835	0.126097353057	-0.0217907694562	-0.0147085287561	0.152590128141	-0.00481802135611	0.10664769874	22.0198580029	57.4902490468	-30.9901745846

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 12 through 35 )	A	A	12 - 35	1 - 24
2	2	chain 'A' and (resid 36 through 111 )	A	A	36 - 111	25 - 100
3	3	chain 'A' and (resid 112 through 130 )	A	A	112 - 130	101 - 119
4	4	chain 'A' and (resid 157 through 171 )	A	A	157 - 171	120 - 134
5	5	chain 'A' and (resid 172 through 244 )	A	A	172 - 244	135 - 207
6	6	chain 'A' and (resid 245 through 322 )	A	A	245 - 322	208 - 285
7	7	chain 'A' and (resid 323 through 344 )	A	A	323 - 344	286 - 307
8	8	chain 'B' and (resid 12 through 35 )	B	B	12 - 35	1 - 24
9	9	chain 'B' and (resid 36 through 111 )	B	B	36 - 111	25 - 100
10	10	chain 'B' and (resid 112 through 135 )	B	B	112 - 135	101 - 124
11	11	chain 'B' and (resid 146 through 171 )	B	B	146 - 171	126 - 151
12	12	chain 'B' and (resid 172 through 244 )	B	B	172 - 244	152 - 224
13	13	chain 'B' and (resid 245 through 322 )	B	B	245 - 322	225 - 302
14	14	chain 'B' and (resid 323 through 344 )	B	B	323 - 344	303 - 324

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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