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- PDB-8tj2: CryoEM structure of Myxococcus xanthus type IV pilus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tj2
タイトルCryoEM structure of Myxococcus xanthus type IV pilus
要素Type IV major pilin protein PilA
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / filament / helical reconstruction / CryoEM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性Type IV pilin PilA / Type IV pilin PilA / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / Pilin-like / 性繊毛 / 生体膜 / Type IV major pilin protein PilA
機能・相同性情報
生物種Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zheng, W. / Egelman, E.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / : 2024
タイトル: Tight-packing of large pilin subunits provides distinct structural and mechanical properties for the type IVa pilus.
著者: Anke Treuner-Lange / Weili Zheng / Albertus Viljoen / Steffi Lindow / Marco Herfurth / Yves F Dufrêne / Lotte Søgaard-Andersen / Edward H Egelman /
要旨: Type IVa pili (T4aP) are ubiquitous cell surface filaments important for surface motility, adhesion to surfaces, DNA uptake, biofilm formation, and virulence. T4aP are built from thousands of copies ...Type IVa pili (T4aP) are ubiquitous cell surface filaments important for surface motility, adhesion to surfaces, DNA uptake, biofilm formation, and virulence. T4aP are built from thousands of copies of the major pilin subunit and tipped by a complex composed of minor pilins and in some systems also the PilY1 adhesin. While major pilins of structurally characterized T4aP have lengths of <165 residues, the major pilin PilA of is unusually large with 208 residues. All major pilins have a conserved N-terminal domain and a variable C-terminal domain, and the additional residues of PilA are due to a larger C-terminal domain. We solved the structure of the T4aP (T4aP) at a resolution of 3.0 Å using cryo-EM. The T4aP follows the structural blueprint of other T4aP with the pilus core comprised of the interacting N-terminal α1-helices, while the globular domains decorate the T4aP surface. The atomic model of PilA built into this map shows that the large C-terminal domain has more extensive intersubunit contacts than major pilins in other T4aP. As expected from these greater contacts, the bending and axial stiffness of the T4aP is significantly higher than that of other T4aP and supports T4aP-dependent motility on surfaces of different stiffnesses. Notably, T4aP variants with interrupted intersubunit interfaces had decreased bending stiffness, pilus length, and strongly reduced motility. These observations support an evolutionary scenario whereby the large major pilin enables the formation of a rigid T4aP that expands the environmental conditions in which the T4aP system functions.
#1: ジャーナル: bioRxiv / : 2023
タイトル: Large pilin subunits provide distinct structural and mechanical properties for the type IV pilus.
著者: Anke Treuner-Lange / Weili Zheng / Albertus Viljoen / Steffi Lindow / Marco Herfurth / Yves F Dufrêne / Lotte Søgaard-Andersen / Edward H Egelman
要旨: Type IV pili (T4P) are ubiquitous bacterial cell surface filaments important for surface motility, adhesion to biotic and abiotic surfaces, DNA uptake, biofilm formation, and virulence. T4P are built ...Type IV pili (T4P) are ubiquitous bacterial cell surface filaments important for surface motility, adhesion to biotic and abiotic surfaces, DNA uptake, biofilm formation, and virulence. T4P are built from thousands of copies of the major pilin subunit and tipped by a complex composed of minor pilins and in some systems also the PilY1 adhesin. While the major pilins of structurally characterized T4P have lengths of up to 161 residues, the major pilin PilA of is unusually large with 208 residues. All major pilins have a highly conserved N-terminal domain and a highly variable C-terminal domain, and the additional residues in the PilA are due to a larger C-terminal domain. We solved the structure of the T4P (T4P ) at a resolution of 3.0 Å using cryo-electron microscopy (cryo-EM). The T4P follows the structural blueprint observed in other T4P with the pilus core comprised of the extensively interacting N-terminal α1-helices while the globular domains decorate the T4P surface. The atomic model of PilA built into this map shows that the large C-terminal domain has much more extensive intersubunit contacts than major pilins in other T4P. As expected from these greater contacts, the bending and axial stiffness of the T4P is significantly higher than that of other T4P and supports T4P-dependent motility on surfaces of different stiffnesses. Notably, T4P variants with interrupted intersubunit interfaces had decreased bending stiffness and strongly reduced motility on all surfaces. These observations support an evolutionary scenario whereby the large major pilin enables the formation of a rigid T4P that expands the environmental conditions in which the T4P system functions.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Type IV major pilin protein PilA
D: Type IV major pilin protein PilA
E: Type IV major pilin protein PilA
F: Type IV major pilin protein PilA
G: Type IV major pilin protein PilA
H: Type IV major pilin protein PilA
I: Type IV major pilin protein PilA
J: Type IV major pilin protein PilA
K: Type IV major pilin protein PilA
A: Type IV major pilin protein PilA
L: Type IV major pilin protein PilA
M: Type IV major pilin protein PilA
N: Type IV major pilin protein PilA
O: Type IV major pilin protein PilA
P: Type IV major pilin protein PilA
Q: Type IV major pilin protein PilA
R: Type IV major pilin protein PilA
S: Type IV major pilin protein PilA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)394,78218
ポリマ-394,78218
非ポリマー00
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Type IV major pilin protein PilA / Pilin


分子量: 21932.318 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
参照: UniProt: Q59589

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Myxococcus xanthus type IV pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 55 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
12cryoSPARC3次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 100.7 ° / 軸方向距離/サブユニット: 10 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1300000 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00628404
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.70438682
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0154014
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0454194
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065310

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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