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- PDB-8tiz: Isoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tiz
タイトルIsoreticular, interpenetrating co-crystal of Replication Initiator Protein REPE54 and symmetrical expanded duplex (31mer) containing the cognate REPE54 sequence and an additional G-C rich sequence with 2 sticky base overhangs and no terminal phosphates and crosslinked with EDC.
要素
  • DNA (5'-D(CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*G)-3')|
  • DNA (5'-D(GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*GP)-3')
  • Replication initiation protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Replication Initiator RepE Complex Co-Crystal / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / DNA replication initiation / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Initiator Rep protein, WH2 / Initiator Rep protein / Initiator Replication protein, WH1 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Replication initiation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Orun, A.R. / Shields, E.T. / Shrestha, R. / Slaughter, C.K. / Snow, C.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2003748 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tuning chemical DNA ligation within DNA crystals and co-crystals.
著者: Orun, A.R. / Vajapayajula, A. / Dmytriw, S. / Shields, E.T. / Slaughter, C.K. / Shrestha, R. / Snow, C.D.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2023年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*G)-3')|
B: DNA (5'-D(GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*GP)-3')
C: Replication initiation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9157
ポリマ－49,8173
非ポリマー974
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.220, 127.633, 137.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(CP*CP*CP*GP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*TP*GP*AP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*GP*CP*CP*CP*TP*CP*AP*GP*AP*CP*GP*G)-3')|


分子量: 9483.099 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(GP*GP*CP*CP*GP*TP*CP*TP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*CP*AP*CP*AP*GP*GP*TP*CP*CP*GP)-3')


分子量: 9585.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 Replication initiation protein / Protein E / Protein rep / Protein F4


分子量: 30749.053 Da / 分子数: 1 / Mutation: R118P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: repE, E, rep, ECOK12F045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03856
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 450 mM MgCl2, 25% PEG 400, and 100 mM Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2021年11月12日
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.11→38.98 Å / Num. obs: 11965 / % possible obs: 97.99 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 85.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1087 / Rpim(I) all: 0.0435 / Rrim(I) all: 0.1172 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル解像度: 3.11→3.221 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.283 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / Num. unique obs: 1153 / CC1/2: 0.886 / CC star: 0.969 / Rpim(I) all: 0.5011 / Rrim(I) all: 1.379 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
Coot0.8.9.3-pre ELモデル構築
XDSJan 31, 2020データ削減
XSCALEJan 31, 2020データスケーリング
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→38.98 Å / SU ML: 0.352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.8683
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1174 9.91 %
Rwork0.1921 10678 -
obs0.1947 11852 98.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 109.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→38.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1736 1265 4 14 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01243253
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40884665
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0819506
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0107382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.2074861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.250.33651400.28821301X-RAY DIFFRACTION96.91
3.25-3.420.27621330.22431292X-RAY DIFFRACTION97.34
3.42-3.640.24641500.22691312X-RAY DIFFRACTION97.6
3.64-3.920.26381420.20771339X-RAY DIFFRACTION98.73
3.92-4.310.24781480.20461308X-RAY DIFFRACTION98.18
4.31-4.930.2051440.17611359X-RAY DIFFRACTION98.88
4.93-6.210.21741600.18171352X-RAY DIFFRACTION99.34
6.21-38.980.16851570.16771415X-RAY DIFFRACTION97.64
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1813060715240.1328120612310.1131308200170.1335422989270.0958312825098-0.0161065598671-0.364780198178-0.1031626902220.487557473092-0.04382202326420.182574983822-0.393246847164-0.267426280201-0.373626046963-0.001086388506091.056744904470.004388828248850.1448892717480.987116308913-0.2834168117930.946513370509-20.7980163606-7.758661999751.58298993146
20.124931174282-0.08274985758470.08756911981420.0241262481538-0.02242153414190.08994085317660.04823989297940.730626653099-0.093943345509-0.611652191042-0.424602934195-0.5330097963310.6235825979990.0782845444886-0.1487049530741.785957874130.1297923434190.7000371931341.44665119916-0.5482005089781.17529500396-0.217857342851-39.5652939134-30.8063281473
30.289713628310.271266294635-0.5132700669710.203501904489-0.3489577525960.5625392818010.945985070440.377302041688-0.211623699917-0.137425073433-0.1035607460480.09375137181210.2376816289110.3537761534730.6296952308852.280716074660.7125550475080.9227950891741.46461937559-0.8687626207431.164170012554.03796599496-43.8378674508-36.0254573709
40.0314861831139-0.04512882101810.08866019504620.486762589073-0.2914911441680.0746830564583-0.1410831868870.08963809531520.2966576852980.2275661377820.142061177115-0.403467021284-0.242879628037-0.09354346572620.0007768789002991.04703906881-0.07240050360990.2208040429020.869445484767-0.2138189708150.768206341636-19.1767568973-12.6993827413-3.45250245642
50.425920924029-0.1937922698550.4562783745560.126992611895-0.1534572886170.5775596248480.5876910639030.173379541567-0.984105502058-0.8543978475620.2666739433440.1068267885670.288429728249-0.06626635898290.2742782370720.6998917017940.03362024683470.3727089254570.821513627246-0.6472423721221.27466867087-10.7956065585-46.9413320111-14.8854029573
60.270416133709-0.04954015965420.01157425449940.102264796149-0.08908741908740.07015003862870.173006403972-0.299722011085-0.955184977642-0.06509968387230.213909732205-0.3904044841110.01125077978720.1544147715770.02013884989440.7077236863060.05274291320440.3960676034370.682646280685-0.2667181129341.48878405342-3.4085153086-48.107594825-6.46143054177
70.158976978524-0.241962946317-0.09469761768040.5412164104260.2022419051050.606892652913-0.195068618791-0.0126209126469-0.978423816398-0.5034279368990.0285147314147-0.0282449726402-0.240557577155-0.15370095423-0.02975902179960.43539232561-0.1157822908650.1877202123280.711958897899-0.2320746929421.1120553525-21.2865044276-38.0388757653-5.39602570293
80.1241078272840.0280699818783-0.06819852350910.053787874619-0.02886360934710.05463964421130.007443476581320.225420674050.00817803745694-0.457095589860.4042441948790.22264323692-0.250169057093-0.55092133150.0004196622034350.68050736714-0.09545001518040.09330013942040.799685338029-0.1969621481520.760416725686-30.0589150321-30.8370175157-7.82837625278
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 16 )AA2 - 16
22chain 'A' and (resid 17 through 32 )AA17 - 32
33chain 'B' and (resid 2 through 16 )BB2 - 16
44chain 'B' and (resid 17 through 32 )BB17 - 32
55chain 'C' and (resid 15 through 89 )CC15 - 891 - 68
66chain 'C' and (resid 90 through 132 )CC90 - 13269 - 100
77chain 'C' and (resid 133 through 208 )CC133 - 208101 - 177
88chain 'C' and (resid 209 through 245 )CC209 - 245178 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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