PDB-8ti5: Crystal structure of Tyr p 36.0101

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ti5

タイトル

Crystal structure of Tyr p 36.0101

要素

Profilin

キーワード

ALLERGEN / mite profilin / storage mite / allergy

機能・相同性

機能・相同性情報

sequestering of actin monomers / actin monomer binding / cell cortex / cytoskeleton
類似検索 - 分子機能

生物種

Tyrophagus putrescentiae (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.15 Å

データ登録者

O'Malley, A. / Sankaran, S. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biol.Chem. / 年: 2024
タイトル: Structural homology of mite profilins to plant profilins is not indicative of allergic cross-reactivity.
著者: O'Malley, A. / Sankaran, S. / Carriuolo, A. / Khatri, K. / Kowal, K. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ti5.cif.gz	96.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ti5.ent.gz	56 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ti5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ti5_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ti5_full_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示
XML形式データ	8ti5_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	8ti5_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8ti5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8ti5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ti6C 8ti7C 8v5yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Profilin

ヘテロ分子

14.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.364, 55.364, 78.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-350- HOH

#1: タンパク質	Profilin 分子量: 14410.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Tyrophagus putrescentiae (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1B2YLJ4
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.17 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citric acid pH 3.5, 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.15→40 Å / Num. obs: 47953 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.063 / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 34.8
反射シェル	解像度: 1.15→1.17 Å / R_merge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1441 / CC_1/2: 0.919 / CC star: 0.979 / R_pim(I) all: 0.164 / R_rim(I) all: 0.349 / R_sym value: 0.304 / % possible all: 57.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.15→30.462 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.972 / SU B: 1.107 / SU ML: 0.023 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1706	2044	4.739 %
R_work	0.1485	41084	-
all	0.15	-	-
obs	-	43128	85.794 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.857 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.175 Å²	-0.088 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.175 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.568 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.15→30.462 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	995	0	20	186	1201

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.698	1.642	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.695	1.578	2437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.561	5	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.129	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.597	10	190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.243	10	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	928
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	509
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	590
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.1	1.479	553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.098	1.479	552
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.534	2.663	697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.533	2.663	698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.457	1.854	557
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.446	1.819	540
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.934	3.261	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.916	3.202	796
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.635	20.18	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.814	17.23	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.802	3	2167

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.15-1.18	0.412	39	0.408	664	0.408	3681	0.943	0.966	19.0981	0.357
1.18-1.212	0.41	51	0.365	1261	0.367	3543	0.969	0.964	37.0308	0.296
1.212-1.247	0.311	121	0.279	2569	0.28	3499	0.962	0.973	76.8791	0.229
1.247-1.286	0.193	126	0.18	3009	0.18	3389	0.978	0.984	92.5052	0.144
1.286-1.328	0.199	157	0.149	2848	0.151	3243	0.977	0.988	92.6611	0.119
1.328-1.374	0.154	158	0.134	2862	0.135	3195	0.986	0.989	94.5227	0.109
1.374-1.426	0.149	130	0.126	2785	0.127	3058	0.987	0.99	95.3237	0.108
1.426-1.484	0.163	94	0.131	2761	0.132	2961	0.984	0.99	96.4201	0.115
1.484-1.55	0.126	141	0.119	2635	0.119	2838	0.99	0.991	97.8154	0.107
1.55-1.625	0.144	124	0.125	2550	0.126	2724	0.987	0.991	98.1645	0.116
1.625-1.713	0.163	126	0.131	2434	0.133	2596	0.983	0.989	98.6133	0.125
1.713-1.816	0.151	103	0.137	2327	0.137	2446	0.986	0.989	99.3459	0.134
1.816-1.941	0.153	116	0.131	2204	0.132	2330	0.984	0.989	99.5708	0.133
1.941-2.096	0.156	102	0.133	2047	0.134	2154	0.986	0.99	99.7679	0.143
2.096-2.295	0.15	75	0.131	1931	0.131	2007	0.985	0.99	99.9502	0.147
2.295-2.564	0.162	118	0.147	1696	0.148	1816	0.981	0.986	99.8899	0.17
2.564-2.957	0.195	100	0.161	1517	0.163	1617	0.975	0.983	100	0.189
2.957-3.614	0.173	78	0.148	1302	0.149	1386	0.984	0.986	99.5671	0.178
3.614-5.075	0.173	55	0.137	1054	0.138	1111	0.987	0.99	99.82	0.173
5.075-30.462	0.194	30	0.231	627	0.229	664	0.976	0.969	98.9458	0.308

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関連情報:EMDBヘッダ

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