PDB-8thy: Yeast actin A167E mutant rabbit-like

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8thy

タイトル

Yeast actin A167E mutant rabbit-like

要素

Actin

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / actin filaments / cytoskeleton / cations / stiffness

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / fungal biofilm matrix / vacuole inheritance / ascospore wall assembly / actin cortical patch / Swr1 complex / Ino80 complex / actin filament bundle / establishment of cell polarity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces (菌類)

手法

電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å

データ登録者

Volkmann, N. / Hanein, D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: yeast actin A167E mutant rabbit-like
著者: Volkmann, N. / Hanein, D.

履歴

登録	2023年7月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年5月28日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_software / pdbx_entry_details Item: _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8thy.cif.gz	319.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8thy.ent.gz	263.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8thy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8thy_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8thy_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8thy_validation.xml.gz	57.4 KB	表示
CIF形式データ	8thy_validation.cif.gz	84.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8thy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8thy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	41274MC 41273 41279 8thx 8ti3 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (8) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Actin

B: Actin

C: Actin

D: Actin

E: Actin

ヘテロ分子

208 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Actin 分子量: 41231.973 Da / 分子数: 5 / 変異: A167E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharomyces (菌類) / 遺伝子: ACT1, CAGL0K12694g / 発現宿主: Saccharomyces (菌類) 参照: UniProt: P60009, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: HELICAL ARRAY / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: yeast actin A167E mutant filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
由来(天然)	生物種: Saccharomyces (菌類)
緩衝液	pH: 7
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

らせん対称

回転角度/サブユニット: -167.25 ° / 軸方向距離/サブユニット: 27.49 Å / らせん対称軸の対称性: C1

3次元再構成

解像度: 3.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195534 / 対称性のタイプ: HELICAL

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.005	14925
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.747	20235
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	13.193	5560
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.046	2230
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.018	2595

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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