[日本語] English
万見
- PDB-8thv: FARFAR-NMR ensemble of HIV-1 TAR with apical loop capturing groun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8thv
タイトルFARFAR-NMR ensemble of HIV-1 TAR with apical loop capturing ground and excited conformational states
要素RNA (29-MER)
キーワードRNA / Viral RNA / HIV-1 TAR / Excited Conformational States
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Roy, R. / Geng, A. / Shi, H. / Merriman, D.K. / Dethoff, E.A. / Salmon, L. / Al-Hashimi, H.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM132899 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 AI150470 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Kinetic Resolution of the Atomic 3D Structures Formed by Ground and Excited Conformational States in an RNA Dynamic Ensemble.
著者: Roy, R. / Geng, A. / Shi, H. / Merriman, D.K. / Dethoff, E.A. / Salmon, L. / Al-Hashimi, H.M.
履歴
登録2023年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA (29-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3081
ポリマ－9,3081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20target function
代表モデルモデル #1target function

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (29-MER)


分子量: 9307.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 13C-1H S3CT HSQC
121anisotropic12D 13C-1H S3CT HSQC
132isotropic22D 13C-1H S3CT HSQC
142anisotropic22D 13C-1H S3CT HSQC
153isotropic32D 13C-1H S3CT HSQC
163anisotropic32D 13C-1H S3CT HSQC
1174isotropic12D 13C-1H S3CT HSQC
1164anisotropic12D 13C-1H S3CT HSQC
1151isotropic12D 13C-1H TROSY HSQC
1141anisotropic12D 13C-1H TROSY HSQC
1132isotropic22D 13C-1H TROSY HSQC
1122anisotropic22D 13C-1H TROSY HSQC
1113isotropic32D 13C-1H TROSY HSQC
1103anisotropic32D 13C-1H TROSY HSQC
194isotropic12D 13C-1H TROSY HSQC
184anisotropic12D 13C-1H TROSY HSQC
1181isotropic12D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.0 mM 13C, 15N E0_wt_TAR RNA (29-MER), 90% H2O/10% D2OE0_wt_TAR90% H2O/10% D2O
solution21.0 mM 13C, 15N EI22_wt_TAR RNA (29-MER), 90% H2O/10% D2OEI22_wt_TAR90% H2O/10% D2O
solution31.0 mM 13C, 15N EII3_wt_TAR RNA (29-MER), 90% H2O/10% D2OEII3_wt_TAR90% H2O/10% D2O
solution41.0 mM 13C, 15N EII13_wt_TAR RNA (29-MER), 90% H2O/10% D2OEII13_wt_TAR90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mME0_wt_TAR RNA (29-MER)13C, 15N1
1.0 mMEI22_wt_TAR RNA (29-MER)13C, 15N2
1.0 mMEII3_wt_TAR RNA (29-MER)13C, 15N3
1.0 mMEII13_wt_TAR RNA (29-MER)13C, 15N4
試料状態詳細: 15 mM Na3PO4, 25 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 10% D2O / イオン強度: 25 mM / Label: wt-TAR in NMR buffer / pH: 6.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001HCN cryoprobe
Agilent VarianAgilentVarian8002HCN cryoprobe
Agilent VarianAgilentVarian6003HCN cryoprobe

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
RosettaShi et alstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2 / 詳細: FARFAR-NMR
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る