PDB-8ths: Crystal Structure of a reconstructed Kaede-type Red Fluorescent P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ths

タイトル

Crystal Structure of a reconstructed Kaede-type Red Fluorescent Protein, LEA A69T

要素

KAEDE-TYPE RED FLUORESCENT PROTEIN, LEA A69T

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / BETA BARREL / LUMINESCENT PROTEIN

機能・相同性

NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Henderson, J.N. / Mills, J.H.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Front Chem / 年: 2023
タイトル: Capturing excited-state structural snapshots of evolutionary green-to-red photochromic fluorescent proteins.
著者: Krueger, T.D. / Henderson, J.N. / Breen, I.L. / Zhu, L. / Wachter, R.M. / Mills, J.H. / Fang, C.

履歴

登録	2023年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.4	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ths.cif.gz	378.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ths.ent.gz	308.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ths.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ths_validation.pdf.gz	469.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ths_full_validation.pdf.gz	474.4 KB	表示
XML形式データ	8ths_validation.xml.gz	44.7 KB	表示
CIF形式データ	8ths_validation.cif.gz	65.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8ths ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/8ths	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ub6C 4dxn 4dxo 4dxp 4dxq 4gob C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: KAEDE-TYPE RED FLUORESCENT PROTEIN, LEA A69T

B: KAEDE-TYPE RED FLUORESCENT PROTEIN, LEA A69T

C: KAEDE-TYPE RED FLUORESCENT PROTEIN, LEA A69T

D: KAEDE-TYPE RED FLUORESCENT PROTEIN, LEA A69T

ヘテロ分子

107 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.447, 106.084, 123.471
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	KAEDE-TYPE RED FLUORESCENT PROTEIN, LEA A69T 分子量: 26464.092 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2 microliters of protein at 20 mg/mL in 10 mM HEPES pH 7.5 + 75 mM NaCl mixed with 2 microliters of well solution containing 35% PEG 3350 + 0.3 M potassium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→48.74 Å / Num. obs: 152026 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.8 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.071 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 18.3 / Num. measured all: 1183642
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.814 / Num. measured all: 33660 / Num. unique obs: 7274 / CC_1/2: 0.331 / R_pim(I) all: 0.927 / R_rim(I) all: 2.05 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I) obs: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→47.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 3.165 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18806	7617	5 %	RANDOM
R_work	0.16232	-	-	-
obs	0.1636	144318	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.493 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→47.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6973	0	48	962	7983

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	7410
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.769	1.659	10049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.482	1.582	15517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.783	5	921
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.93	22.577	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.773	15	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.348	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	8495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.976	1.536	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.971	1.536	3554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.487	2.302	4449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.487	2.303	4450
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.58	1.699	3855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.576	1.697	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.349	2.47	5571
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.235	19.707	8178
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.974	18.374	7864
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.33	530	-
R_work	0.326	10388	-
obs	-	-	97.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2173	-0.3386	0.2842	1.1745	0.1228	0.828	0.0557	0.0796	-0.0488	-0.1582	-0.0994	0.1259	-0.0036	-0.0531	0.0436	0.047	0.01	-0.0154	0.0159	-0.0124	0.0234	27.33	3.06	7.554
2	0.8953	0.0089	-0.0094	1.3357	0.2555	0.7711	-0.0225	-0.1227	0.0161	0.069	-0.0636	0.1649	0.0395	-0.0844	0.086	0.0051	-0.0028	0.0101	0.0273	-0.0155	0.0248	24.73	20.971	33.335
3	1.2532	0.3536	-0.0846	1.3052	0.2494	1.1773	0.0352	-0.1203	0.0725	0.0743	0.013	-0.1376	-0.0552	0.0862	-0.0483	0.0151	-0.0076	-0.0184	0.0185	-0.0086	0.0484	55.269	21.796	35.594
4	0.9874	0.1612	-0.1219	0.8295	0.1317	0.9387	-0.0383	0.0972	-0.104	-0.0925	0.0831	-0.1607	-0.0259	0.1022	-0.0448	0.0388	-0.0097	0.0487	0.0282	-0.02	0.0734	57.28	8.5	7.303

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 221
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 222
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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