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- PDB-8tha: 1TEL, non-compressed, double-helical crystal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tha
タイトル1TEL, non-compressed, double-helical crystal form
要素Transcription factor ETV6,Activated CDC42 kinase 1
キーワードTRANSCRIPTION / protein crystallization chaperone / polymer-forming / TELSAM / ETV6
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / cytoophidium / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / hematopoietic stem cell proliferation ...regulation of clathrin-dependent endocytosis / Grb2-EGFR complex / GTPase inhibitor activity / Signaling by membrane-tethered fusions of PDGFRA or PDGFRB / cytoophidium / mesenchymal cell apoptotic process / vitellogenesis / Signaling by LTK / clathrin-coated vesicle / hematopoietic stem cell proliferation / epidermal growth factor receptor binding / small GTPase-mediated signal transduction / WW domain binding / phosphorylation / clathrin-coated pit / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / Signaling by FLT3 fusion proteins / neurogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / non-specific protein-tyrosine kinase / adherens junction / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / cytoplasmic vesicle membrane / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / endocytosis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein tyrosine kinase activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / endosome / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / identical protein binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / : / SAM domain-like / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / SAM / Pointed domain ...Activated CDC42 kinase 1 / Cdc42 binding domain-like superfamily / : / SAM domain-like / Cdc42 binding domain-like / Mig-6 domain / : / GTPase binding / EGFR receptor inhibitor Mig-6 / SAM / Pointed domain / Pointed domain / Sterile alpha motif (SAM)/Pointed domain / Pointed (PNT) domain profile. / Ets-domain signature 2. / Ets domain / ETS family / Ets-domain / Ets-domain profile. / erythroblast transformation specific domain / Variant SH3 domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor ETV6 / Activated CDC42 kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Smith, C.P. / Wilson, E.W. / Pedroza Romo, M.J. / Averett, J.C. / Moody, J.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)146209 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1TEL, non-compressed, double-helical crystal form
著者: Smith, C.P. / Wilson, E.W. / Pedroza Romo, M.J. / Averett, J.C. / Moody, J.D.
履歴
登録2023年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor ETV6,Activated CDC42 kinase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8871
ポリマ－18,8871
非ポリマー00
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.163, 69.163, 29.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor ETV6,Activated CDC42 kinase 1


分子量: 18886.555 Da / 分子数: 1 / 変異: V112E,R80S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ETV6, TNK2 / プラスミド: PET42_SUMO / 詳細 (発現宿主): Kanamycin resistant / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B / 参照: UniProt: P41212, UniProt: Q07912
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 % / 解説: Narrow rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.5 M Bis-Tris, 0.35 M Mg-Formate, 5 mg/mL protein / Temp details: Room Temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月24日
詳細: Mirror: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→29.95 Å / Num. obs: 8707 / % possible obs: 93.81 % / 冗長度: 17.1 % / Biso Wilson estimate: 22.64 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07972 / Rpim(I) all: 0.01954 / Rrim(I) all: 0.08215 / Net I/σ(I): 25.74
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / Rmerge(I) obs: 1.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 613 / CC1/2: 0.694 / CC star: 0.905 / Rpim(I) all: 0.3905 / Rrim(I) all: 1.573

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Coot0.9.8.1モデル構築
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.68→29.95 Å / SU ML: 0.2016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.4049
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2148 455 5.23 %
Rwork0.1824 8288 -
obs-8707 93.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→29.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数625 0 0 65 690
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0106665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1239904
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059195
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0097115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6786240
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.68-1.740.28581530.26332611X-RAY DIFFRACTION89.48
1.92-2.420.23171680.19772907X-RAY DIFFRACTION99.97
2.42-29.950.19451340.16492770X-RAY DIFFRACTION92.22
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.576514990424.43955225319-2.858789473584.42055471730.3040434645393.231896035070.144398094374-0.9295779743080.263125081510.643049996316-0.156064890252-1.70478488539-0.1423583524170.1532579127180.0118363562570.631275428212-0.149864045378-0.2242122388310.367001445959-0.1250359401310.80254376114321.375854216623.68182060543.06041664305
27.01793609484-3.251760366751.929395035663.9821056043-2.498036908461.610340570640.1025000532070.3291244920420.342407929179-0.195598494975-0.144761795054-0.2486672166010.06620464126090.160891281810.002058782138130.194916181035-0.01379933089980.05259071627890.1453713431940.001566577507560.14381365135116.47065184417.6720371106-3.01644928004
35.84111822163-1.725396979150.03437162965354.30468813232-0.1102046751744.858370204470.0742007604817-0.00769658213828-0.1254832208240.05118305918410.01821746707590.1270855061350.05074349829590.0119830906497-0.07856581815670.115468134822-0.02138177271760.03507517703210.1080202166990.00558282767070.1208162513459.7829459555112.13737633421.57635985873
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 4 through 9 )4 - 91 - 6
22chain 'A' and (resid 10 through 45 )10 - 457 - 42
33chain 'A' and (resid 46 through 80 )46 - 8043 - 77

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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