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- PDB-8tgw: Cryo-EM structure of 1059 SOSIP trimer purified via Galanthus niv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tgw
タイトルCryo-EM structure of 1059 SOSIP trimer purified via Galanthus nivalis lectin chromatography
要素
  • 1059 SOSIP Surface protein gp120
  • 1059 SOSIP Transmembrane protein gp41
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 / Glycoprotein / Lectin / Trimer
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Parsons, R.J. / Pothula, K. / Acharya, P.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI145687 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54 AI170752 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U01 AI169587 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Conformational flexibility of HIV-1 envelope glycoproteins modulates transmitted/founder sensitivity to broadly neutralizing antibodies.
著者: Durgadevi Parthasarathy / Karunakar Reddy Pothula / Sneha Ratnapriya / Héctor Cervera Benet / Ruth Parsons / Xiao Huang / Salam Sammour / Katarzyna Janowska / Miranda Harris / Joseph ...著者: Durgadevi Parthasarathy / Karunakar Reddy Pothula / Sneha Ratnapriya / Héctor Cervera Benet / Ruth Parsons / Xiao Huang / Salam Sammour / Katarzyna Janowska / Miranda Harris / Joseph Sodroski / Priyamvada Acharya / Alon Herschhorn /
要旨: HIV-1 envelope glycoproteins (Envs) of most primary HIV-1 strains exist in closed conformation and infrequently sample open states, limiting access to internal epitopes. Thus, immunogen design aims ...HIV-1 envelope glycoproteins (Envs) of most primary HIV-1 strains exist in closed conformation and infrequently sample open states, limiting access to internal epitopes. Thus, immunogen design aims to mimic the closed Env conformation as preferred target for eliciting broadly neutralizing antibodies (bnAbs). Here we identify incompletely closed Env conformations of 6 out of 13 transmitted/founder (T/F) strains that are sensitive to antibodies that recognize internal epitopes typically exposed on open Envs. A 3.6 Å cryo-electron microscopy structure of unliganded, incompletely closed T/F Envs (1059-SOSIP) reveals protomer motion that increased sampling of states with incompletely closed trimer apex. We reconstruct de novo the post-transmission evolutionary pathway of a second T/F. Evolved viruses exhibit increased Env resistance to cold, soluble CD4 and 19b, all of which correlate with closing of the adapted Env trimer. Lastly, we show that the ultra-broad N6 bnAb efficiently recognizes different Env conformations and exhibits improved antiviral breadth against VRC01-resistant Envs isolated during the first-in-humans antibody-mediated-prevention trial.
履歴
登録2023年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / em_admin / em_author_list
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name ..._audit_author.identifier_ORCID / _audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _em_author_list.author
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1059 SOSIP Surface protein gp120
a: 1059 SOSIP Transmembrane protein gp41
B: 1059 SOSIP Surface protein gp120
b: 1059 SOSIP Transmembrane protein gp41
C: 1059 SOSIP Surface protein gp120
c: 1059 SOSIP Transmembrane protein gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,49267
ポリマ－217,9486
非ポリマー24,54461
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCabc

#1: タンパク質 1059 SOSIP Surface protein gp120


分子量: 55390.684 Da / 分子数: 3 / 変異: mutations to generate the 1059 SOSIP construct / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: タンパク質 1059 SOSIP Transmembrane protein gp41


分子量: 17258.609 Da / 分子数: 3 / 変異: mutations to generate the 1059 SOSIP construct / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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糖 , 4種, 61分子

#3: 多糖...
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of 1059 SOSIP trimer purified via Galanthus nivalis lectin chromatography
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2175 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K / 詳細: Leica EM GP2

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 59.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.01粒子像選択
4cryoSPARC4.01CTF補正
11cryoSPARC4.01分類
画像処理詳細: The data were processed in cryoSPARCv4.01. Movies were aligned using Patch Motion Correction and the non-dose weighted aligned micrographs were used for the CTF correction with PatchCTF Estimation.
CTF補正詳細: CryoSPARCv4.01 Patch motion correction and CTF estimation jobs
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 7260519
詳細: In the first round of particle selection, particles were picked with a box size of 280 angstroms using the Blob picker with a circular blob having a maximum diameter of 240 angstroms and ...詳細: In the first round of particle selection, particles were picked with a box size of 280 angstroms using the Blob picker with a circular blob having a maximum diameter of 240 angstroms and these particles were subjected to multiple rounds of 2D classification.
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 737588 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 51.14 / プロトコル: FLEXIBLE FIT
原子モデル構築PDB-ID: 7LX2

7lx2


Accession code: 7LX2 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 0.97 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004913674
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.748118544
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05492457
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00522173
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.99712312

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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