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- PDB-8tgp: Crystal structure of SIRT2 with FAM-PEG4-H4K16(myristoyl) peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tgp
タイトルCrystal structure of SIRT2 with FAM-PEG4-H4K16(myristoyl) peptide
要素
  • H4K16(myristoyl) peptide
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
キーワードTRANSFERASE / Sirtuin Sirtuin-2 SIRT2 / GENE REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction ...cellular response to caloric restriction / negative regulation of oligodendrocyte progenitor proliferation / cellular lipid catabolic process / negative regulation of striated muscle tissue development / NAD-dependent histone H4K16 deacetylase activity / positive regulation of meiotic nuclear division / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / paranodal junction / tubulin deacetylation / lateral loop / NLRP3 inflammasome complex assembly / peptidyl-lysine deacetylation / mitotic nuclear membrane reassembly / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / tubulin deacetylase activity / regulation of exit from mitosis / paranode region of axon / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / Schmidt-Lanterman incisure / positive regulation of fatty acid biosynthetic process / myelination in peripheral nervous system / rDNA heterochromatin formation / protein acetyllysine N-acetyltransferase / chromatin silencing complex / regulation of phosphorylation / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / protein deacetylation / NAD-dependent histone deacetylase activity / positive regulation of oocyte maturation / juxtaparanode region of axon / protein lysine deacetylase activity / meiotic spindle / response to redox state / regulation of myelination / histone acetyltransferase binding / histone deacetylase activity / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of execution phase of apoptosis / glial cell projection / positive regulation of cell division / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / negative regulation of megakaryocyte differentiation / positive regulation of DNA binding / protein localization to CENP-A containing chromatin / heterochromatin / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / heterochromatin formation / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / cellular response to epinephrine stimulus / Meiotic synapsis / substantia nigra development / telomere organization / centriole / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / negative regulation of autophagy / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / meiotic cell cycle / PRC2 methylates histones and DNA / ubiquitin binding / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / negative regulation of protein catabolic process / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / mitotic spindle / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 ...Sirtuin, class I / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Histone H4 / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Nicely, N.I. / Weiser, B.P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other governmentPC 61-21. 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Effects of Dimerization on the Deacylase Activities of Human SIRT2.
著者: Yang, J. / Nicely, N.I. / Weiser, B.P.
履歴
登録2023年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2
B: H4K16(myristoyl) peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2264
ポリマ－37,9322
非ポリマー2942
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.138, 76.995, 56.005
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-2 / NAD-dependent protein defatty-acylase sirtuin-2 / Regulatory protein SIR2 homolog 2 / SIR2-like protein 2


分子量: 36532.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT2, SIR2L, SIR2L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IXJ6, protein acetyllysine N-acetyltransferase, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド H4K16(myristoyl) peptide


分子量: 1399.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: KGLGKGGA(K-MYR)RHRK / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62805
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M MES monohydrate pH 6.5 (NaOH), 20% w/v PEG 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→45.01 Å / Num. obs: 29902 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.46 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 1339 / CC1/2: 0.923 / CC star: 0.98 / % possible all: 86.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→45.01 Å / SU ML: 0.1927 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.2429
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2304 2000 7.39 %
Rwork0.1902 25073 -
obs0.1933 27073 86.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.76→45.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 16 78 2334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00862307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99973102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0644336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083395
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.652316
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.76-1.80.355670.2926847X-RAY DIFFRACTION41.34
1.8-1.850.3255910.24621123X-RAY DIFFRACTION54.76
1.85-1.90.3051140.2271446X-RAY DIFFRACTION70.11
1.9-1.960.2561320.21371646X-RAY DIFFRACTION80.31
1.96-2.030.21911560.20061955X-RAY DIFFRACTION95.05
2.03-2.120.24121580.19751976X-RAY DIFFRACTION96.47
2.12-2.210.23281570.19411967X-RAY DIFFRACTION95.55
2.21-2.330.23921630.18562053X-RAY DIFFRACTION98.05
2.33-2.470.24261630.18432031X-RAY DIFFRACTION98.83
2.47-2.660.21521610.19122033X-RAY DIFFRACTION98.61
2.67-2.930.24171620.19562020X-RAY DIFFRACTION98.33
2.93-3.360.23211560.19811977X-RAY DIFFRACTION95.22
3.36-4.230.20661590.18191983X-RAY DIFFRACTION95.16
4.23-45.010.21411610.16732016X-RAY DIFFRACTION95.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.825883132380.245548773749-0.2460680790740.9779119016790.4173129815472.17618171508-0.150476787866-0.314387069353-0.1495578449040.253726760963-0.146394221963-0.3410309229670.1409224958480.2873286306830.2088559268930.113618636996-0.0173683206528-0.04121532007890.1345658461190.05205978406380.188830834947-5.57114545349-14.57413548448.77702282745
20.182256163449-0.441383986277-0.1796556869821.116476601850.9951169485986.80801216538-0.07024130969430.67118773549-0.517337821713-0.203436606382-0.004717931139070.5138718680450.600176467418-0.8769586123960.04670882837330.311556944487-0.111039397173-0.03437563392520.734631843043-0.1271452410820.426198771361-17.6757271437-9.07838073076-23.6799100629
31.706378889160.0130652058543-0.4431023626812.051563567240.6376297774482.794561511430.08256257507850.08552322602490.0651804184148-0.372543176652-0.175905777543-0.373979965953-0.2863453397190.001386720629210.07847919432670.132905779426-0.0215298386950.02684902430430.0741751949830.02975794824990.15108238689-5.1971695964-3.64262045698-4.33500887421
42.033384702421.5108845877-1.028515564862.672120250010.01297802404777.98913273422-0.0257451708528-0.1570568640710.3505618346510.1177891628350.09563473133830.0792345298098-0.9992452862120.0182595600131-0.0586802014710.3540285736820.0260042123124-0.001488236239020.230794797537-0.006783931239340.145096321909-5.727682134631.71351356888-27.0818330377
50.4544519262860.0434390058217-0.5465942719461.32813820635-1.31136673361.87203394174-0.1414591982220.191198378645-0.322772716277-0.624994587138-0.232145319076-0.3205433092330.5564721902620.09073167859180.2439301295470.3075197562460.001716604159250.1016889348110.154608840376-0.009204495060080.261127326525-3.60825458777-16.5411565684-9.82456486036
61.93649371739-0.269779550002-0.0415997184952.49070165972-0.08741561659472.06954517855-0.0723132187776-0.00134587825672-0.487162507729-0.129080304894-0.1324456642630.1109134551730.525700426485-0.272529251682-0.09163968406290.137386763299-0.1053397230980.02717500934920.1061609728510.05180157598780.314586373563-12.6710286811-23.99475900223.42350403072
71.73973985619-0.4344559211590.3659356941646.02620971502-2.154419741273.229692392020.0956999241071-0.05905576713460.1183722820560.352118426992-0.115683476720.0767408276932-0.240210774149-0.1053588712660.01365898530540.0846951529062-0.01157579546850.01460489553220.108670817081-0.03428040384740.0868791770317-10.77905963311.928341067666.88160393427
82.65225189942.944106396712.071413173767.09380255076-1.573148602415.53752932345-0.1155706122690.073131901638-0.2172675935830.5402304310540.06861510325910.2538840331930.589640711881-0.3032171915920.05680756745820.9335600279290.0469885644520.05112368274830.5177135197-0.1768932840530.346793812449-10.2742613304-20.933634645-17.3973162632
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 57 through 91 )AA57 - 911 - 35
22chain 'A' and (resid 92 through 138 )AA92 - 13836 - 66
33chain 'A' and (resid 139 through 187 )AA139 - 18767 - 115
44chain 'A' and (resid 188 through 227 )AA188 - 227116 - 155
55chain 'A' and (resid 228 through 275 )AA228 - 275156 - 203
66chain 'A' and (resid 276 through 323 )AA276 - 323204 - 244
77chain 'A' and (resid 324 through 355 )AA324 - 355245 - 276
88chain 'B' and (resid 14 through 18 )BB14 - 181 - 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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