PDB-8tgc: Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tgc

タイトル

Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4

要素

Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein
Recombination protein bet

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Recombination / Recombineering / Single Strand Annealing / Single-stranded DNA binding protein / genome engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage Lambda (λファージ)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.484 Å

データ登録者

Bell, C.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for the Interaction of Red beta Single-Strand Annealing Protein with Escherichia coli Single-Stranded DNA-Binding Protein.
著者: Zakharova, K. / Liu, M. / Greenwald, J.R. / Caldwell, B.C. / Qi, Z. / Wysocki, V.H. / Bell, C.E.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tgc.cif.gz	53.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tgc.ent.gz	34.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tgc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tgc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tfuC 8tg7C 8tg8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Recombination protein bet

A: Recombination protein bet

C: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

D: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

21.5 kDa, 4 ポリマー
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1

B: Recombination protein bet

D: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Recombination protein bet

C: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.596, 67.895, 71.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Recombination protein bet 分子量: 9428.625 Da / 分子数: 2 / 変異: N-TERMINAL GSHM / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P03698
#2: タンパク質・ペプチド	Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein 分子量: 1300.392 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28044
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日 / 詳細: KB mirrors, fixed focus
放射	モノクロメーター: Kohzu HLD-15 Double Crystal cryocooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.484→35.66 Å / Num. obs: 19557 / % possible obs: 63.3 % / 冗長度: 5.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.484→1.643 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 978 / CC_1/2: 0.554 / R_pim(I) all: 0.475 / R_rim(I) all: 0.853 / % possible all: 12.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
autoPROC	1.1.7	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.4.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.484→35.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 2.233 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	953	4.873 %
R_work	0.2029	18604	-
all	0.206	-	-
obs	-	19557	63.289 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.724 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.117 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.065 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.053 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.484→35.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1258	0	0	208	1466

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.631	1731
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.492	1.589	2808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.64	5	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.387	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.694	10	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.931	10	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1486
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	694
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	133
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.287	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.233	2.185	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.228	2.184	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.439	3.886	783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.439	3.887	784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.621	2.707	644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.619	2.706	645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.849	4.787	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.846	4.786	949
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.801	25.858	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.637	24.944	1460

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.484-1.523	0.295	3	0.409	48	0.401	2251	0.983	0.925	2.2657	0.395
1.523-1.564	0.273	10	0.376	162	0.37	2184	0.871	0.935	7.8755	0.368
1.564-1.61	0.39	15	0.344	353	0.346	2131	0.918	0.936	17.2689	0.339
1.61-1.659	0.356	27	0.301	572	0.304	2059	0.939	0.95	29.0918	0.289
1.659-1.713	0.36	60	0.273	924	0.278	2021	0.941	0.954	48.6888	0.259
1.713-1.773	0.274	61	0.255	1192	0.256	1928	0.954	0.957	64.9896	0.229
1.773-1.84	0.239	88	0.226	1361	0.227	1887	0.958	0.965	76.7886	0.194
1.84-1.915	0.323	77	0.255	1288	0.259	1820	0.943	0.958	75	0.203
1.915-2	0.374	51	0.305	1250	0.308	1744	0.912	0.936	74.5986	0.229
2-2.097	0.401	53	0.247	1288	0.253	1673	0.895	0.953	80.1554	0.203
2.097-2.21	0.258	73	0.222	1511	0.224	1592	0.945	0.969	99.4975	0.199
2.21-2.344	0.362	65	0.276	1301	0.281	1518	0.911	0.943	89.9868	0.218
2.344-2.505	0.211	77	0.183	1345	0.185	1426	0.973	0.979	99.7195	0.173
2.505-2.705	0.237	51	0.185	1052	0.187	1322	0.962	0.979	83.4342	0.179
2.705-2.961	0.238	45	0.19	1186	0.191	1233	0.956	0.977	99.8378	0.192
2.961-3.308	0.293	58	0.188	1050	0.193	1114	0.947	0.978	99.4614	0.2
3.308-3.814	0.17	43	0.157	899	0.158	1012	0.982	0.985	93.083	0.174
3.814-4.658	0.263	35	0.144	777	0.148	863	0.967	0.987	94.0904	0.171
4.658-6.532	0.207	37	0.193	649	0.194	689	0.981	0.981	99.5646	0.228
6.532-35.66	0.222	24	0.192	396	0.193	425	0.977	0.976	98.8235	0.249

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