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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tgc | ||||||
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タイトル | Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 4 | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Recombination / Recombineering / Single Strand Annealing / Single-stranded DNA binding protein / genome engineering | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia phage Lambda (λファージ) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.484 Å | ||||||
データ登録者 | Bell, C.E. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024 タイトル: Structural Basis for the Interaction of Red beta Single-Strand Annealing Protein with Escherichia coli Single-Stranded DNA-Binding Protein. 著者: Zakharova, K. / Liu, M. / Greenwald, J.R. / Caldwell, B.C. / Qi, Z. / Wysocki, V.H. / Bell, C.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tgc.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tgc.ent.gz | 34.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tgc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tgc_validation.pdf.gz | 447.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tgc_full_validation.pdf.gz | 448.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8tgc_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tgc_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tgc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tgc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tfuC 8tg7C 8tg8C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9428.625 Da / 分子数: 2 / 変異: N-TERMINAL GSHM / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P03698 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1300.392 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28044 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.97 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.4 M ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月9日 / 詳細: KB mirrors, fixed focus |
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD-15 Double Crystal cryocooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.484→35.66 Å / Num. obs: 19557 / % possible obs: 63.3 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.484→1.643 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.699 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 978 / CC1/2: 0.554 / Rpim(I) all: 0.475 / Rrim(I) all: 0.853 / % possible all: 12.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.484→35.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.233 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.128 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.724 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.484→35.66 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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