PDB-8tgb: Crystal structure of root lateral formation protein (RLF) b5-doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tgb

タイトル

Crystal structure of root lateral formation protein (RLF) b5-domain from Oryza sativa

要素

root lateral formation protein (RLF)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / root lateral formation protein / Ncb5or-b5 domain / Cytochrome b5 heme-binding / Oryza sativa / HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

cytochrome-b5 reductase activity, acting on NAD(P)H / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryza sativa Japonica Group (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Benson, D.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2024
タイトル: The N-terminal intrinsically disordered region of Ncb5or docks with the cytochrome b 5 core to form a helical motif that is of ancient origin.
著者: Benson, D.R. / Deng, B. / Kashipathy, M.M. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. / Gao, P. / Fenton, A.W. / Zhu, H.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tgb.cif.gz	106.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tgb.ent.gz	80.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tgb_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tgb_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8tgb_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	8tgb_validation.cif.gz	17.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (7)

登録構造単位

A: root lateral formation protein (RLF)

B: root lateral formation protein (RLF)

ヘテロ分子

28.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: root lateral formation protein (RLF)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: root lateral formation protein (RLF)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.951, 26.138, 82.873
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.50, 90.00
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121

#1: タンパク質	root lateral formation protein (RLF) / Os07g0232200 protein 分子量: 13703.026 Da / 分子数: 2 / 断片: Cytochrome b5 heme-binding, K101-E218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 遺伝子: Os07g0232200, OSNPB_070232200 / プラスミド: pET19b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84YL2
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: JCSG+ A6: 20% (w/v) PEG 1000, 100 mM phosphate-citrate pH 4.2, 200 mM lithium sulfate. Cryoprotectant: 80% crystallization solution and 20% (w/v) glycerol.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→45.79 Å / Num. obs: 36463 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 11 / Num. measured all: 150129
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.666 / Num. measured all: 7127 / Num. unique obs: 1770 / CC_1/2: 0.763 / R_pim(I) all: 0.371 / R_rim(I) all: 0.766 / Χ²: 1.07 / Net I/σ(I) obs: 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_3335	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→41.246 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.02 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1997	1819	4.99 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1762	36453	97.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→41.246 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1681	0	91	164	1936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1836
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.961	2512
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.417	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.55-1.5919	0.2228	134	0.239	2594	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5919-1.6388	0.2594	143	0.2304	2551	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6388-1.6917	0.2338	138	0.2115	2649	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6917-1.7522	0.2262	137	0.2043	2566	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7522-1.8223	0.238	135	0.1876	2641	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8223-1.9052	0.191	143	0.1761	2623	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9052-2.0057	0.1863	162	0.1666	2622	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0057-2.1313	0.2025	127	0.162	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1313-2.2959	0.2076	125	0.1654	2658	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2959-2.5269	0.2001	138	0.1698	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5269-2.8925	0.1919	148	0.1681	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8925-3.6439	0.218	138	0.1724	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6439-41.246	0.1684	151	0.1673	2859	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0427	-0.0934	0.6504	4.5445	0.9531	0.6371	-0.1859	0.0144	0.5557	-0.1974	0.1372	0.0145	-0.8296	-0.1629	0.0886	0.4756	0.0151	-0.0341	0.3689	0.0067	0.3873	25.7718	9.7454	34.1439
2	3.2982	-0.1612	-1.6335	2.3598	0.8305	4.1358	0.1137	0.5554	0.4469	-0.1887	-0.0402	0.1456	0.0448	-0.1102	-0.0414	0.1604	0.0199	0.0156	0.2441	0.0475	0.217	34.7534	0.5057	31.5948
3	2.4107	-0.2666	0.1027	1.6282	-1.3	3.8938	-0.0957	0.1239	-0.0336	-0.0592	0.1333	0.0825	0.357	-0.0636	-0.0031	0.1489	-0.0031	-0.0267	0.2226	-0.011	0.2202	48.6454	-8.415	34.8736
4	1.2422	0.0727	0.832	1.9263	-0.159	1.0267	-0.0145	0.051	0.0353	0.0675	0.0134	-0.1785	-0.0306	0.0803	-0.0029	0.0993	0.0012	-0.0209	0.1267	0.0015	0.1665	46.4393	-7.6866	47.3588
5	0.4577	-0.5169	-0.7454	1.489	0.9155	1.2336	-0.0116	0.192	0.2156	0.1373	0.0585	-0.0204	0.0815	-0.0242	-0.0446	0.087	-0.0033	-0.0206	0.1498	0.0229	0.189	36.5786	3.8023	41.9393
6	0.8819	0.4542	0.1142	1.4117	-0.2686	0.4596	0.0238	-0.1012	0.2237	0.2461	-0.0041	0.0786	-0.0613	-0.0205	-0.0247	0.1162	0.0052	-0.0128	0.1286	-0.0146	0.1507	35.593	-1.5175	52.0088
7	1.9081	-0.0768	-0.5639	1.0444	-0.2285	1.8425	0.1033	0.1318	-0.0083	-0.078	0.0514	0.1474	0.1991	-0.236	-0.1339	0.0992	0.0105	-0.023	0.1697	0.0163	0.1303	30.5766	-7.6061	42.0254
8	2.7321	-1.7077	1.0729	5.7966	-3.3172	4.4362	0.0003	0.1615	-0.0714	0.2503	-0.0508	-0.3986	-0.1254	0.1294	-0.0524	0.0889	0.0033	-0.0392	0.1019	-0.0116	0.151	44.6739	-14.3988	44.8406
9	1.8786	0.5613	-1.4868	0.8145	-1.0022	2.2262	0.1702	-0.2261	-0.082	0.0033	-0.1346	-0.2581	-0.584	0.6752	-0.057	0.4413	-0.1326	-0.0297	0.336	-0.0018	0.2314	60.9648	6.893	16.6546
10	1.3812	0.0296	-0.1116	1.8188	0.723	0.8233	0.0979	-0.2234	0.143	0.1298	0.0187	0.1385	-0.3636	-0.0952	-0.0496	0.2706	0.0125	0.0494	0.1951	0.0241	0.1547	44.1551	2.575	18.4012
11	0.7584	0.0861	-0.4375	1.2943	0.0191	1.1738	0.1215	-0.0104	0.0877	0.0075	0.0226	0.106	-0.4053	0.0994	-0.1162	0.2542	-0.002	0.0371	0.1461	0.0095	0.0962	50.5321	7.4912	7.4585
12	6.5123	3.8626	0.3168	6.6462	0.4105	3.49	-0.1299	-0.0093	-0.2477	-0.1175	-0.075	0.0856	0.1879	0.0009	0.1547	0.2472	-0.0129	0.0156	0.196	0.0249	0.1677	51.0157	-3.0417	16.1007

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 111 through 115 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 116 through 126 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 127 through 139 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 140 through 167 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 168 through 177 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 197 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 198 through 206 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 207 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 113 through 139 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 140 through 162 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 163 through 206 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 207 through 216 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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