PDB-8tg8: Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tg8

タイトル

Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 3

要素

Recombination protein bet
TRP-MET-ASP-PHE-ASP-ASP-ASP-ILE-PRO-PHE

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Recombination / Recombineering / Single Strand Annealing / Single-stranded DNA binding protein / genome engineering

機能・相同性

Bacteriophage lambda, Recombination protein bet / RecT family / RecT family / DNA recombination / DNA binding / Recombination protein bet

機能・相同性情報

生物種

Escherichia phage Lambda (λファージ)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.576 Å

データ登録者

Bell, C.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for the Interaction of Red beta Single-Strand Annealing Protein with Escherichia coli Single-Stranded DNA-Binding Protein.
著者: Zakharova, K. / Liu, M. / Greenwald, J.R. / Caldwell, B.C. / Qi, Z. / Wysocki, V.H. / Bell, C.E.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tg8.cif.gz	32.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tg8.ent.gz	18.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tg8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tg8_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tg8_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	8tg8_validation.xml.gz	5.7 KB	表示
CIF形式データ	8tg8_validation.cif.gz	7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tfuC 8tg7C 8tgcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Recombination protein bet

B: TRP-MET-ASP-PHE-ASP-ASP-ASP-ILE-PRO-PHE

10.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.042, 70.042, 38.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Recombination protein bet 分子量: 9428.625 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal GSHM / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P03698
#2: タンパク質・ペプチド	TRP-MET-ASP-PHE-ASP-ASP-ASP-ILE-PRO-PHE 分子量: 1300.392 Da / 分子数: 1 / 変異: N-terminal Trp addded / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 詳細: 1.2 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M Tris pH 8.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日 / 詳細: KB mirrors, fixed focus
放射	モノクロメーター: Kohzu HLD-15 Double Crystal cryocooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.576→49.527 Å / Num. obs: 11588 / % possible obs: 84.6 % / 冗長度: 12.3 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 18.8
反射シェル	解像度: 1.576→1.683 Å / 冗長度: 11.8 % / R_merge(I) obs: 2.123 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 580 / CC_1/2: 0.473 / R_pim(I) all: 0.615 / R_rim(I) all: 2.213 / % possible all: 24.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
autoPROC	1.1.7	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.4.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.576→49.527 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.388 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.096 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	577	4.979 %
R_work	0.2011	11011	-
all	0.203	-	-
obs	-	11588	84.535 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.042 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.042 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.084 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.576→49.527 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	608	0	0	44	652

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	617
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	586
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.632	1.629	838
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.514	1.584	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.326	5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.159	5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.407	10	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.286	10	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	716
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	128
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.205	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.538	4.478	306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.529	4.476	306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.008	7.983	379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.024	7.987	380
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.673	5.174	311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.663	5.17	312
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.244	9.241	459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.233	9.236	460
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.679	42.978	702
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.73	42.428	691

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.576-1.617	0.471	2	0.469	60	0.469	994	0.871	0.902	6.2374	0.461
1.617-1.662	0.262	12	0.342	290	0.338	976	0.954	0.916	30.9426	0.344
1.662-1.71	0.516	27	0.353	552	0.36	930	0.861	0.918	62.2581	0.342
1.71-1.762	0.327	39	0.344	806	0.344	911	0.917	0.928	92.7552	0.335
1.762-1.82	0.379	48	0.29	827	0.294	879	0.903	0.942	99.5449	0.263
1.82-1.884	0.302	45	0.275	797	0.277	850	0.944	0.949	99.0588	0.242
1.884-1.955	0.264	41	0.262	794	0.262	849	0.957	0.952	98.351	0.226
1.955-2.034	0.22	38	0.232	743	0.231	800	0.973	0.964	97.625	0.204
2.034-2.125	0.248	33	0.228	738	0.228	772	0.972	0.965	99.8705	0.201
2.125-2.228	0.337	36	0.22	691	0.225	731	0.929	0.969	99.4528	0.196
2.228-2.348	0.185	36	0.215	666	0.213	707	0.977	0.97	99.2928	0.195
2.348-2.491	0.288	34	0.206	639	0.21	676	0.956	0.97	99.5562	0.202
2.491-2.662	0.234	39	0.209	593	0.211	634	0.951	0.972	99.6845	0.21
2.662-2.875	0.227	30	0.217	540	0.218	588	0.959	0.971	96.9388	0.23
2.875-3.148	0.263	27	0.215	523	0.217	550	0.968	0.97	100	0.24
3.148-3.518	0.241	24	0.198	485	0.2	509	0.962	0.974	100	0.226
3.518-4.059	0.327	17	0.176	427	0.181	444	0.943	0.98	100	0.215
4.059-4.962	0.145	24	0.145	368	0.145	392	0.986	0.986	100	0.189
4.962-6.983	0.25	15	0.199	284	0.201	312	0.952	0.976	95.8333	0.289
6.983-49.527	0.165	10	0.204	188	0.202	198	0.986	0.975	100	0.395

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関連情報:EMDBヘッダ

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