PDB-8tg7: Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tg7

タイトル

Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 2

要素

Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein
Recombination protein bet

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Recombination / Recombineering / Single Strand Annealing / Single-stranded DNA binding protein / genome engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage Lambda (λファージ)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.775 Å

データ登録者

Bell, C.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for the Interaction of Red beta Single-Strand Annealing Protein with Escherichia coli Single-Stranded DNA-Binding Protein.
著者: Zakharova, K. / Liu, M. / Greenwald, J.R. / Caldwell, B.C. / Qi, Z. / Wysocki, V.H. / Bell, C.E.

履歴

登録	2023年7月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tg7.cif.gz	48.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tg7.ent.gz	31.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tg7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tg7_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tg7_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	8tg7_validation.xml.gz	8.6 KB	表示
CIF形式データ	8tg7_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tg/8tg7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tfuC 8tg8C 8tgcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Recombination protein bet

B: Recombination protein bet

C: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

D: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

21.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Recombination protein bet

D: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Recombination protein bet

C: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	38.313, 69.222, 70.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Recombination protein bet 分子量: 9428.625 Da / 分子数: 2 / 変異: N-terminal GSHM / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P03698
#2: タンパク質・ペプチド	Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein 分子量: 1300.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: Peptide corresponding to the C-terminal nine residues of E. coli SSB protein, with N-terminal tryptophan 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28044
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日 / 詳細: KB mirrors, fixed focus
放射	モノクロメーター: Kohzu HLD-15 Double Crystal cryocooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.775→49.41 Å / Num. obs: 16243 / % possible obs: 86.5 % / 冗長度: 6.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.055 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 1.775→1.891 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 1.399 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 812 / CC_1/2: 0.659 / R_pim(I) all: 0.576 / R_rim(I) all: 1.516 / % possible all: 25.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
autoPROC	1.1.7	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11..4.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.775→49.405 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.138 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2341	881	5.424 %
R_work	0.1816	15362	-
all	0.184	-	-
obs	-	16243	86.45 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.411 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.04 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.081 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.775→49.405 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1224	0	0	97	1321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.472	1.634	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.488	1.59	2729
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.885	5	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.465	5	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.272	10	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	12.726	10	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	264
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	277
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	640
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	727
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.195	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.75	3.91	604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.738	3.908	604
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.881	6.962	748
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.894	6.964	749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.53	4.685	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.526	4.683	639
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.623	8.311	934
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.618	8.31	935
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.577	39.929	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.576	39.214	1423

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.775-1.821	0.412	11	0.29	116	0.3	1378	0.878	0.914	9.2163	0.281
1.821-1.871	0.418	21	0.293	386	0.3	1326	0.872	0.933	30.6938	0.29
1.871-1.925	0.329	45	0.309	933	0.31	1305	0.924	0.93	74.9425	0.296
1.925-1.984	0.304	65	0.275	1169	0.277	1237	0.933	0.941	99.7575	0.261
1.984-2.049	0.284	94	0.241	1125	0.244	1220	0.945	0.959	99.918	0.22
2.049-2.121	0.324	71	0.217	1110	0.223	1182	0.926	0.967	99.9154	0.195
2.121-2.2	0.23	67	0.196	1066	0.198	1135	0.964	0.973	99.8238	0.17
2.2-2.29	0.225	54	0.185	1044	0.187	1098	0.971	0.977	100	0.159
2.29-2.392	0.289	58	0.173	1006	0.179	1066	0.949	0.981	99.8124	0.147
2.392-2.508	0.162	56	0.163	955	0.163	1013	0.981	0.983	99.8026	0.14
2.508-2.643	0.215	53	0.158	912	0.161	966	0.978	0.984	99.8965	0.139
2.643-2.803	0.364	49	0.173	871	0.181	922	0.931	0.981	99.7831	0.154
2.803-2.996	0.208	35	0.178	828	0.179	865	0.976	0.981	99.7688	0.166
2.996-3.235	0.221	36	0.173	774	0.175	813	0.976	0.981	99.631	0.167
3.235-3.542	0.215	35	0.164	714	0.166	752	0.966	0.984	99.6011	0.172
3.542-3.958	0.255	33	0.166	652	0.171	689	0.963	0.983	99.4194	0.182
3.958-4.566	0.178	28	0.152	569	0.153	604	0.98	0.986	98.8411	0.176
4.566-5.58	0.177	26	0.18	507	0.179	534	0.983	0.982	99.8127	0.214
5.58-7.841	0.312	27	0.229	391	0.235	423	0.945	0.967	98.818	0.274
7.841-49.405	0.158	17	0.182	234	0.18	261	0.982	0.977	96.1686	0.269

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