PDB-8tfu: Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tfu

タイトル

Structure of Red beta C-terminal domain in complex with SSB C-terminal peptide, Form 1

要素

Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein
Recombination protein bet

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Recombination / Recombineering / Single Strand Annealing / Single-stranded DNA binding protein / genome engineering

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoid / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia phage Lambda (λファージ)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.482 Å

データ登録者

Bell, C.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural Basis for the Interaction of Red beta Single-Strand Annealing Protein with Escherichia coli Single-Stranded DNA-Binding Protein.
著者: Zakharova, K. / Liu, M. / Greenwald, J.R. / Caldwell, B.C. / Qi, Z. / Wysocki, V.H. / Bell, C.E.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tfu.cif.gz	51.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tfu.ent.gz	33.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tfu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tfu_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tfu_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	8tfu_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	8tfu_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tg7C 8tg8C 8tgcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Recombination protein bet

B: Recombination protein bet

C: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

D: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

21.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Recombination protein bet

D: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Recombination protein bet

C: Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	37.810, 68.252, 70.888
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Recombination protein bet 分子量: 9428.625 Da / 分子数: 2 / 変異: GSHM / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ) 遺伝子: bet, betA, red-beta, redB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: P03698
#2: タンパク質・ペプチド	Plasmid-derived single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein 分子量: 1300.392 Da / 分子数: 2 / Fragment: C-terminal peptide / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28044
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.48 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.2 M potassium phosphate dibasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.48→35.444 Å / Num. obs: 25018 / % possible obs: 80.1 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 1.48→1.59 Å / 冗長度: 6.1 % / R_merge(I) obs: 1.217 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1251 / CC_1/2: 0.409 / R_pim(I) all: 0.526 / R_rim(I) all: 1.33 / % possible all: 21.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
autoPROC	1.1.7	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
MOLREP	11.4.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.482→34.149 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.003 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.087 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2202	1215	4.857 %
R_work	0.1815	23802	-
all	0.183	-	-
obs	-	25017	80.106 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.448 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.246 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.141 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.387 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.482→34.149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1258	0	0	149	1407

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1211
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.584	1.631	1732
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.531	1.588	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.828	5	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	3.563	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.653	10	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.343	10	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	203
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	266
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	724
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.296	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.201	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.03	2.965	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.024	2.964	632
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.363	5.269	783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.365	5.271	784
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.935	3.55	644
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.931	3.549	645
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.751	6.293	949
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.747	6.292	950
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.065	34.261	1506
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.075	32.045	1474

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.482-1.52	0.548	2	0.48	89	0.481	2267	0.987	0.905	4.0141	0.474
1.52-1.562	0.391	31	0.42	508	0.418	2207	0.924	0.908	24.4223	0.414
1.562-1.607	0.313	36	0.37	965	0.368	2145	0.938	0.917	46.6667	0.363
1.607-1.656	0.373	71	0.332	1446	0.334	2105	0.917	0.934	72.0665	0.321
1.656-1.71	0.379	105	0.319	1710	0.323	2035	0.917	0.939	89.1892	0.303
1.71-1.77	0.285	92	0.307	1774	0.305	1950	0.948	0.946	95.6923	0.277
1.77-1.837	0.37	111	0.284	1750	0.288	1902	0.937	0.953	97.8444	0.243
1.837-1.912	0.259	98	0.244	1752	0.245	1854	0.955	0.964	99.7842	0.199
1.912-1.996	0.245	67	0.207	1702	0.209	1770	0.955	0.972	99.9435	0.18
1.996-2.093	0.207	68	0.189	1493	0.19	1670	0.969	0.979	93.4731	0.173
2.093-2.206	0.228	74	0.172	1505	0.174	1610	0.968	0.984	98.0745	0.159
2.206-2.339	0.181	67	0.178	1388	0.178	1532	0.98	0.982	94.9739	0.168
2.339-2.5	0.218	82	0.168	1348	0.171	1435	0.971	0.983	99.6516	0.166
2.5-2.699	0.23	61	0.165	1292	0.168	1361	0.968	0.984	99.4122	0.17
2.699-2.955	0.207	42	0.169	1182	0.17	1237	0.972	0.982	98.9491	0.179
2.955-3.301	0.249	59	0.174	1070	0.177	1135	0.957	0.98	99.4714	0.194
3.301-3.805	0.195	47	0.149	964	0.151	1018	0.978	0.986	99.3124	0.179
3.805-4.646	0.204	39	0.134	819	0.137	870	0.979	0.989	98.6207	0.167
4.646-6.511	0.214	37	0.177	653	0.179	696	0.974	0.983	99.1379	0.238
6.511-34.149	0.138	26	0.19	392	0.186	429	0.99	0.978	97.4359	0.279

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