PDB-8tfs: Crystal structure of the Rhodanese-like domain of Vretifemale_108...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tfs

タイトル

Crystal structure of the Rhodanese-like domain of Vretifemale_1082 from Volvox reticuliferus

要素

Rhodanese domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / Rhodanese / sulfur transferase

機能・相同性

Calcium sensing receptor, plant / de-etiolation / regulation of stomatal closure / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / cellular response to calcium ion / Rhodanese domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Volvox reticuliferus (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Jonikas, M. / Yeates, T.O.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Rhodanese-like domain of Vretifemale_1082 from Volvox reticuliferus
著者: Arbing, M.A. / Jonikas, M. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tfs.cif.gz	206.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tfs.ent.gz	138.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tfs_validation.pdf.gz	417.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tfs_full_validation.pdf.gz	417.7 KB	表示
XML形式データ	8tfs_validation.xml.gz	12.9 KB	表示
CIF形式データ	8tfs_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Rhodanese domain-containing protein

B: Rhodanese domain-containing protein

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Rhodanese domain-containing protein

ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Rhodanese domain-containing protein

ソフトウェアが定義した集合体
20 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.390, 66.390, 141.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

#1: タンパク質	Rhodanese domain-containing protein 分子量: 20025.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Volvox reticuliferus (植物) / 遺伝子: Vretifemale_1082 / プラスミド: pMAPLe4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J4BWA0
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 154 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% PEG3350. Cryoprotectant: 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5, 23% PEG3350, 5% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.72932 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.72932 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→57.5 Å / Num. obs: 50761 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 9.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.04 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.08409 / R_pim(I) all: 0.02846 / R_rim(I) all: 0.08888 / Net I/σ(I): 14.03
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.8456 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / Num. unique obs: 2645 / CC_1/2: 0.9 / CC star: 0.973 / R_pim(I) all: 0.2763 / R_rim(I) all: 0.8902 / % possible all: 99.77

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→53.26 Å / SU ML: 0.2475 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.3145
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2096	2702	10 %
R_work	0.1854	24318	-
obs	0.1879	27020	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→53.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2102	0	0	154	2256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0105	2132
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9041	2889
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0606	340
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0105	375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.9987	306

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.99	0.3408	136	0.3216	1229	X-RAY DIFFRACTION	99.64
1.99-2.02	0.2975	141	0.2816	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.02-2.07	0.2957	140	0.2453	1258	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.07-2.11	0.2986	138	0.2306	1237	X-RAY DIFFRACTION	99.71
2.11-2.16	0.2952	140	0.1986	1256	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.16-2.21	0.253	144	0.1951	1292	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.21-2.27	0.2471	137	0.205	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.34	0.2346	140	0.2075	1262	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.34-2.42	0.2795	140	0.2257	1266	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.42-2.5	0.2486	142	0.2204	1286	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.5-2.6	0.2282	141	0.2039	1268	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.72	0.2467	142	0.2023	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.86	0.2294	142	0.2078	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.04	0.2498	143	0.2092	1282	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.04-3.28	0.2248	142	0.2181	1285	X-RAY DIFFRACTION	100
3.28-3.61	0.2323	144	0.1935	1294	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.61-4.13	0.1824	146	0.1658	1314	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.13-5.2	0.143	147	0.1392	1324	X-RAY DIFFRACTION	100
5.21-53.26	0.1801	157	0.1589	1405	X-RAY DIFFRACTION	99.94

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -12.8609050956 Å / Origin y: -1.60037038005 Å / Origin z: 12.8250411556 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.442734426492 Å²	0.129275132148 Å²	0.0540123684855 Å²	-	0.378024672534 Å²	0.0442391593988 Å²	-	-	0.425643598818 Å²
L	1.57669788765 °²	-2.22332219363 °²	0.223498734656 °²	-	3.45384575384 °²	0.357827121131 °²	-	-	0.0748777253294 °²
S	-0.0679373078141 Å °	-0.0180198015796 Å °	0.0712720376385 Å °	0.142620147773 Å °	0.03903718979 Å °	0.0913417811601 Å °	-0.0246795025476 Å °	-0.022999066054 Å °	0.0253293559496 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)