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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tfo | ||||||
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タイトル | Structure of MKvar | ||||||
![]() | Mevalonate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / extremo-tolerant / psychrophilic | ||||||
機能・相同性 | ![]() mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Peat, T.S. / Newman, J. / Esquirol, L. / Nebl, T. / Scott, C. / Vickers, C. / Sainsbury, F. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Characterization of novel mevalonate kinases from the tardigrade Ramazzottius varieornatus and the psychrophilic archaeon Methanococcoides burtonii. 著者: Esquirol, L. / Newman, J. / Nebl, T. / Scott, C. / Vickers, C. / Sainsbury, F. / Peat, T.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 169.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1018.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1022.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8tebC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 405 / Label seq-ID: 10 - 414
NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45339.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RvY_15762-1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: Protein bound to mevalonate at about 3 mg/mL was set up in 150 nL plus 150 nL drops over 50 microlitres of reservoir which contained: 0.126 M calcium acetate, 24.9 v/v PEG 400, 0.09 M sodium ...詳細: Protein bound to mevalonate at about 3 mg/mL was set up in 150 nL plus 150 nL drops over 50 microlitres of reservoir which contained: 0.126 M calcium acetate, 24.9 v/v PEG 400, 0.09 M sodium HEPES pH 8.4 with 10 mM taurine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.953723 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.1 Å / Num. obs: 52511 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.292 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 26.8 % / Rmerge(I) obs: 4.656 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3787 / CC1/2: 0.623 / Rpim(I) all: 0.9 / % possible all: 97.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.413 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→44.091 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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