PDB-8tfo: Structure of MKvar

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tfo

タイトル

Structure of MKvar

要素

Mevalonate kinase

キーワード

TRANSFERASE / extremo-tolerant / psychrophilic

機能・相同性

機能・相同性情報

mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / cholesterol biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Newman, J. / Esquirol, L. / Nebl, T. / Scott, C. / Vickers, C. / Sainsbury, F.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Characterization of novel mevalonate kinases from the tardigrade Ramazzottius varieornatus and the psychrophilic archaeon Methanococcoides burtonii.
著者: Esquirol, L. / Newman, J. / Nebl, T. / Scott, C. / Vickers, C. / Sainsbury, F. / Peat, T.S.

履歴

登録	2023年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tfo.cif.gz	170 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tfo.ent.gz	127.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/8tfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tebC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mevalonate kinase

B: Mevalonate kinase

ヘテロ分子

91.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Mevalonate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Mevalonate kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.081, 80.705, 207.467
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 405 / Label seq-ID: 10 - 414

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Mevalonate kinase 分子量: 45339.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ramazzottius varieornatus (無脊椎動物) 遺伝子: RvY_15762-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D1VW28
#2: 化合物	ChemComp-MEV / (R)-MEVALONATE 分子量: 147.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: Protein bound to mevalonate at about 3 mg/mL was set up in 150 nL plus 150 nL drops over 50 microlitres of reservoir which contained: 0.126 M calcium acetate, 24.9 v/v PEG 400, 0.09 M sodium ...詳細: Protein bound to mevalonate at about 3 mg/mL was set up in 150 nL plus 150 nL drops over 50 microlitres of reservoir which contained: 0.126 M calcium acetate, 24.9 v/v PEG 400, 0.09 M sodium HEPES pH 8.4 with 10 mM taurine

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: Protein bound to mevalonate at about 3 mg/mL was set up in 150 nL plus 150 nL drops over 50 microlitres of reservoir which contained: 0.126 M calcium acetate, 24.9 v/v PEG 400, 0.09 M sodium ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.953723 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.953723 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→45.1 Å / Num. obs: 52511 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 27.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.292 / R_pim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 26.8 % / R_merge(I) obs: 4.656 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3787 / CC_1/2: 0.623 / R_pim(I) all: 0.9 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→44.091 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / WR_factor R_free: 0.209 / WR_factor R_work: 0.174 / SU B: 7.226 / SU ML: 0.181 / Average fsc free: 0.9403 / Average fsc work: 0.9525 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.176 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2471	2598	4.968 %
R_work	0.2079	49698	-
all	0.21	-	-
obs	-	52296	99.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.539 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.818 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.357 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→44.091 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5885	0	35	151	6071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	6038
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.262	1.646	8172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.431	1.575	13576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.357	5	779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.415	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.159	10	1063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.353	10	234
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	968
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	5327
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	2984
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	179
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.067	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.121	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.073	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.108	4.133	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.108	4.133	3119
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.712	7.415	3897
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.712	7.417	3898
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.781	4.536	2919
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.78	4.536	2920
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.897	8.163	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.896	8.163	4276
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.842	49.894	25678
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.847	49.886	25625
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.116	0.05	11684

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11582	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11582	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.348	181	0.354	3651	0.354	3833	0.869	0.88	99.9739	0.327
2.052-2.108	0.346	192	0.333	3457	0.333	3650	0.893	0.891	99.9726	0.304
2.108-2.169	0.323	171	0.298	3446	0.299	3617	0.906	0.913	100	0.263
2.169-2.235	0.297	193	0.273	3319	0.274	3513	0.929	0.938	99.9715	0.236
2.235-2.309	0.296	178	0.252	3220	0.254	3398	0.924	0.945	100	0.215
2.309-2.389	0.277	142	0.232	3165	0.234	3307	0.932	0.958	100	0.194
2.389-2.479	0.252	163	0.208	3004	0.211	3167	0.961	0.968	100	0.173
2.479-2.58	0.263	135	0.215	2933	0.217	3068	0.949	0.968	100	0.182
2.58-2.695	0.268	147	0.223	2806	0.225	2953	0.953	0.969	100	0.19
2.695-2.826	0.249	135	0.21	2700	0.212	2835	0.964	0.973	100	0.176
2.826-2.978	0.276	136	0.204	2553	0.207	2689	0.949	0.974	100	0.171
2.978-3.157	0.251	117	0.208	2431	0.21	2548	0.959	0.972	100	0.182
3.157-3.374	0.266	122	0.197	2290	0.2	2412	0.959	0.975	100	0.173
3.374-3.643	0.241	122	0.191	2133	0.194	2256	0.963	0.978	99.9557	0.171
3.643-3.988	0.176	98	0.169	1992	0.169	2091	0.979	0.983	99.9522	0.151
3.988-4.454	0.206	105	0.159	1801	0.162	1906	0.975	0.985	100	0.144
4.454-5.134	0.211	81	0.163	1614	0.166	1695	0.977	0.986	100	0.146
5.134-6.267	0.259	74	0.203	1384	0.206	1458	0.97	0.981	100	0.18
6.267-8.774	0.226	73	0.169	1090	0.172	1163	0.971	0.984	100	0.154
8.774-44.091	0.179	32	0.207	689	0.206	721	0.986	0.982	100	0.204

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関連情報:EMDBヘッダ

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