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- PDB-8tfh: Ricin in complex with Fab JB4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tfh
タイトルRicin in complex with Fab JB4
要素
  • (JB4 monoclonal antibody ...) x 2
  • Ricin A chain
  • Ricin B chain
キーワードTOXIN/IMMUNE SYSTEM / Ricin toxin / Fab / TOXIN / TOXIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil ...Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.29 Å
データ登録者Rudolph, M.J. / Mantis, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201400021C 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Antibody-Mediated Inhibition of Ricin Toxin Attachment to Host Cells.
著者: Vance, D.J. / Rudolph, M.J. / Davis, S.A. / Mantis, N.J.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin A chain
B: Ricin B chain
H: JB4 monoclonal antibody heavy chain
L: JB4 monoclonal antibody light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,79015
ポリマ－105,5614
非ポリマー2,22811
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.358, 139.358, 444.613
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ricin A chain / rRNA N-glycosidase


分子量: 29129.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: タンパク質 Ricin B chain


分子量: 28989.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Lectin binds Gal/GalNac / 由来: (天然) Ricinus communis (トウゴマ) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#3: 抗体 JB4 monoclonal antibody heavy chain


分子量: 24160.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 JB4 monoclonal antibody light chain


分子量: 23280.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
糖 , 2種, 3分子

#5: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 26分子

#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.94 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.5 M ammonium sulfate and 25% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.29→50 Å / Num. obs: 32952 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.44 / Net I/σ(I): 1.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.3661.83815900.2980.6780.7551.9950.99496.8
3.36-3.426.32.60915980.3290.7041.0512.8241.01896
3.42-3.486.35.73116210.3880.7472.2586.1861.02797.4
3.48-3.556.63.41515980.3770.741.3063.6720.99596.8
3.55-3.636.91.35915950.5450.840.5051.4561.0696.4
3.63-3.726.90.87916010.5950.8640.3210.941.77595.8
3.72-3.8170.93615880.6260.8780.3350.9981.73295.5
3.81-3.9175.03216030.6940.9051.8375.381.09496.5
3.91-4.0370.115960.7550.9280.10.11.24394.9
4.03-4.166.95.61516030.8030.9442.0616.0081.34496
4.16-4.316.71.01616060.8640.9630.3771.0881.43795.4
4.31-4.486.50.47616310.8450.9570.1760.5091.37197
4.48-4.686.50.92116380.9020.9740.3530.991.44397.3
4.68-4.936.50.84116550.9150.9780.3280.9071.2398.9
4.93-5.246.80.62216910.9080.9760.2450.6711.14199.8
5.24-5.647.50.51617060.9110.9760.1970.5541.1599.9
5.64-6.2190.4817050.9050.9750.1680.5091.089100
6.21-7.110.50.42717360.9260.9810.1370.451.115100
7.1-8.9411.50.23417570.9850.9960.0720.2451.226100
8.94-5011.20.118340.9970.9990.0310.1051.0398

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.29→33.84 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 1613 4.94 %
Rwork0.2739 --
obs0.2768 32671 96.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.29→33.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7428 0 141 18 7587
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.815
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.61129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061355
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.29-3.380.41971140.35752485X-RAY DIFFRACTION94
3.39-3.490.45581370.35562523X-RAY DIFFRACTION96
3.49-3.620.33581140.32522558X-RAY DIFFRACTION97
3.62-3.760.38651450.31792531X-RAY DIFFRACTION96
3.76-3.930.45521160.34552491X-RAY DIFFRACTION94
3.93-4.140.40721360.33662420X-RAY DIFFRACTION92
4.14-4.40.35691280.27792544X-RAY DIFFRACTION95
4.4-4.740.30911340.26912550X-RAY DIFFRACTION95
4.74-5.210.32781480.24452652X-RAY DIFFRACTION99
5.22-5.970.27261490.22462689X-RAY DIFFRACTION100
5.97-7.50.28861550.24692725X-RAY DIFFRACTION100
7.5-33.840.24971370.2032890X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0864-1.3708-0.79411.90950.08992.2234-0.20981.2594-0.1348-0.75830.17860.6281-0.1063-0.1923-0.06560.8286-0.1485-0.30270.69530.29170.6472-147.9568-38.092-95.7824
20.8512-0.4011-2.35226.4456-0.06746.97870.12090.75650.8165-0.9942-0.78360.6832-0.7266-1.40190.00810.8965-0.0619-0.35240.91850.78810.9346-154.6164-23.9228-100.0443
32.7818-1.88740.97653.8304-0.31954.8045-0.2271-0.3576-0.17460.41990.41091.1783-0.9955-0.82060.01180.7257-0.003-0.33830.88220.41530.926-162.2733-30.7739-87.2197
45.8807-0.59675.19663.03571.61396.15310.82230.1462-0.49250.6750.35590.19271.303-1.5039-1.04970.8044-0.0859-0.12950.87060.36140.7245-156.1275-43.1674-79.2663
53.38780.7805-0.78723.4504-0.44774.8660.34570.31180.4223-0.7568-0.08180.0433-0.0838-0.7865-0.21530.72550.147-0.11180.38980.17490.6483-141.1115-30.7019-75.0298
62.67381.5830.5095.3652-2.72342.3779-0.19330.76970.71620.08660.1093-0.2441-0.75220.15460.06770.44280.0597-0.07780.59920.22790.495-136.1925-33.0149-78.6266
71.92010.0858-0.82043.2290.7362.7601-0.0089-0.19160.221-0.25930.2309-0.06-0.6666-0.5427-0.2310.48990.0198-0.08950.3965-0.01480.4944-121.904-32.7168-61.2284
83.576-0.60991.34660.9681.54386.91940.01540.23260.3635-0.2581-0.045-0.1995-0.18840.691-0.01040.4744-0.06710.05660.3403-0.00460.4226-114.1533-37.1046-67.5642
91.96152.096-0.16583.1020.67991.424-0.4537-0.27750.0804-0.10110.520.2653-0.1124-0.1662-0.12350.73120.075-0.04660.28110.04980.3554-129.3514-44.3896-67.0935
105.33140.4241.93296.14260.59476.6423-0.3115-0.3087-0.43080.43470.30670.96271.3691-1.36050.18990.5929-0.30970.1030.62660.2250.767-147.8526-58.2244-68.647
114.10824.32413.28874.56782.92236.2753-0.2605-0.91090.32671.05960.11880.69550.5870.27220.36010.60360.12180.09480.38660.18240.7269-144.0027-49.2498-63.8297
124.4251-1.1736-0.59384.84994.23655.5822-0.239-0.5022-0.180.26410.4486-0.55770.81170.1303-0.25050.47220.01880.06320.4450.23270.4145-134.8262-57.3678-65.9469
134.25480.3865-0.35595.92760.87871.5388-0.24240.5307-0.3623-0.33520.4397-0.2370.26450.0755-0.0710.4572-0.1805-0.04640.40270.18790.5459-137.3057-55.9167-75.015
143.5789-2.3292-2.50715.56242.61781.99730.78940.7213-0.39220.59620.23860.20822.90191.5648-0.88430.56790.11790.00620.6637-0.26990.6215-90.6174-57.5378-86.7729
156.45410.3698-0.52292.74990.64185.17840.22130.7938-0.8365-0.3302-0.13730.5596-0.00380.1495-0.07880.45860.03230.02620.4309-0.17690.5121-98.3693-51.0681-83.603
162.883-1.14230.95952.8238-0.76410.3798-0.4415-0.806-1.7210.51650.1060.3793-0.34520.26670.1850.4320.04320.17310.8506-0.29310.2965-94.6456-45.4032-73.3125
172.6632-2.084-2.14972.35091.06922.04510.14610.5713-0.3674-0.2311-0.77830.1956-0.096-0.34610.5960.4223-0.08740.08190.7571-0.18780.6471-81.3076-56.4494-91.2997
188.56851.8836-0.88356.5396-0.8467.3386-0.0299-0.3674-2.67680.20860.2346-0.9728-0.30161.5855-0.21680.5856-0.22670.18971.0078-0.10160.9097-56.2833-55.7008-93.3414
192.2019-2.22952.01122.3565-1.77611.9646-0.776-0.9755-0.38411.05440.6654-0.0246-1.08480.05140.06710.4711-0.12740.12861.04150.04340.6164-69.9202-58.1359-87.0193
208.9288-3.60334.3518.9675-3.45682.64050.7760.48951.4538-1.2396-0.536-0.62710.18070.8960.11070.4614-0.02710.28880.9024-0.19380.6716-68.6736-52.8349-94.9984
213.41231.2313-0.6263.0863-1.03592.18970.2993-1.3421-0.32220.2818-0.4955-0.74570.7576-0.6006-0.50370.623-0.414-0.12291.0009-0.20320.86-59.0301-62.2766-85.8983
222.108-0.57452.19242.62240.46746.46321.0565-0.885-0.6257-0.5901-1.0959-0.24910.32480.09710.04940.7997-0.0724-0.16070.7812-0.03810.7724-64.8872-65.7012-92.6103
236.2367-0.087-2.88413.1225-0.4333.2424-0.52291.34160.2516-0.77220.918-0.5747-0.25150.3253-0.5810.5928-0.05990.4030.6555-0.28380.5566-86.1998-32.3681-78.5078
244.2809-0.0558-1.64511.49110.5142.51070.04-0.1310.4711-0.11450.2894-0.2218-0.39310.6035-0.23520.5565-0.12010.11840.4546-0.03850.4896-78.9519-35.395-79.0142
253.289-1.02060.55042.68191.38221.9939-0.07880.2134-0.0404-0.84420.1875-0.5566-0.74540.4827-0.18690.8167-0.02270.52430.9073-0.21070.9203-59.4702-47.0251-101.6516
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 75 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 76 through 122 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 123 through 180 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 181 through 201 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 202 through 237 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 238 through 263 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 47 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 48 through 118 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 119 through 146 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 147 through 163 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 164 through 180 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 181 through 202 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 203 through 262 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'H' and (resid 1 through 17 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'H' and (resid 18 through 91 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 92 through 108 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 109 through 133 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 134 through 154 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 155 through 171 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 172 through 193 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 194 through 208 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 209 through 223 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 1 through 49 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 50 through 120 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 121 through 210 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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