[日本語] English
万見
- PDB-8tfg: 1.88A CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS TOPOISOMERASE I -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tfg
タイトル1.88A CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS TOPOISOMERASE I
要素DNA topoisomerase 1
キーワードISOMERASE / EcTopo1 / topoisomerase type I
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 ...Topoisomerase C-terminal repeat / Topoisomerase C-terminal repeat / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Tan, K. / Tse-Dinh, Y.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM054226 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM139817 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.88A CRYSTAL STRUCTURE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS TOPOISOMERASE I
著者: Tan, K. / Tse-Dinh, Y.C.
履歴
登録2023年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA topoisomerase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,29419
ポリマ－76,1981
非ポリマー1,09618
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.371, 92.876, 139.931
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 DNA topoisomerase 1 / DNA topoisomerase I


分子量: 76197.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: topA, SAMEA2683035_00743 / プラスミド: PET-HIS6-MOCR TEV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 EXPRESS CRYSTAL / 参照: UniProt: A0A0E8VY41, DNA topoisomerase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Sodium Malonate, 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月5日
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→50 Å / Num. obs: 68509 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 33.19 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 0.707 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 1.88→1.91 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 1.137 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 3289 / CC1/2: 0.501 / CC star: 0.817 / Rpim(I) all: 0.612 / Rrim(I) all: 1.296 / Χ2: 0.63 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D5H

5d5h


解像度: 1.88→49.49 Å / SU ML: 0.2266 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1818
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2175 3362 4.96 %
Rwork0.1777 64481 -
obs0.1796 67843 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→49.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5360 0 72 373 5805
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01475600
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25727594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0838847
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01481008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7664808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.910.37441410.31092515X-RAY DIFFRACTION93.69
1.91-1.940.30531330.26412610X-RAY DIFFRACTION96.99
1.94-1.970.26721380.23382584X-RAY DIFFRACTION97.01
1.97-20.2561330.2152662X-RAY DIFFRACTION98.1
2-2.030.25971430.21172598X-RAY DIFFRACTION98
2.03-2.070.24121420.20972671X-RAY DIFFRACTION98.6
2.07-2.110.22291490.21232653X-RAY DIFFRACTION98.77
2.11-2.150.24681500.21052663X-RAY DIFFRACTION99.19
2.15-2.20.25091420.17462596X-RAY DIFFRACTION97.75
2.2-2.250.23191290.17812707X-RAY DIFFRACTION98.99
2.25-2.310.19011620.17822673X-RAY DIFFRACTION99.06
2.31-2.370.22171190.17682689X-RAY DIFFRACTION99.08
2.37-2.440.23671460.18412679X-RAY DIFFRACTION99.58
2.44-2.520.23561370.18432702X-RAY DIFFRACTION99.47
2.52-2.610.22481580.18182668X-RAY DIFFRACTION99.19
2.61-2.710.24531440.19082675X-RAY DIFFRACTION98.67
2.71-2.840.24231410.19612712X-RAY DIFFRACTION99.79
2.84-2.990.24961380.20032732X-RAY DIFFRACTION99.79
2.99-3.170.2331490.19222715X-RAY DIFFRACTION99.69
3.17-3.420.26231260.19512747X-RAY DIFFRACTION99.17
3.42-3.760.21111300.16792751X-RAY DIFFRACTION99.28
3.76-4.310.18431370.14982768X-RAY DIFFRACTION99.79
4.31-5.430.17631420.14322783X-RAY DIFFRACTION99.12
5.43-49.490.16761330.15882928X-RAY DIFFRACTION99.09
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.746942436311-0.485334841304-0.3790026387481.140335755130.2592145546870.582674485993-0.043030568427-0.01427602929630.04372631602050.295134941531-0.00457572411420.1112255995990.0272068090832-0.1049112061670.05329068261860.264445280166-0.04176669825650.0154052289310.2217940099470.0201953960940.279264307832-37.511531545323.085432268221.8295221057
20.612407189558-0.410805356542-0.6441502973330.898392802370.6981758787651.96294611378-0.136128604994-0.14391470780.001026444637280.2234466306630.196756456759-0.2200638849620.3672802494270.44637109936-0.04936238447780.325526439730.0589642002848-0.05414051369810.293531689163-0.003819488450420.269780810745-7.56711946027-1.0993875748814.6248109544
30.403993353525-0.36726217408-0.1700881304084.158557761671.866675716562.108696688830.05837154688690.225060371204-0.0187963787583-0.253416761518-0.2581963025170.2813786810080.129490515883-0.2527220639570.1945598913390.176573287773-0.0226239394436-0.009404228845790.3499068389060.01235811112780.270265960781-32.692355975610.64099243-6.97727771215
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 17 through 212 )17 - 2121 - 196
22chain 'A' and (resid 213 through 560 )213 - 560197 - 544
33chain 'A' and (resid 561 through 704 )561 - 704545 - 688

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る