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- PDB-8tfd: Crystal structure of a stem-loop DNA aptamer complexed with SARS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tfd
タイトルCrystal structure of a stem-loop DNA aptamer complexed with SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA-binding domain
要素
  • DNA aptamer
  • Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA binding protein / endonuclease / replication
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / molecular condensate scaffold activity / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / RNA stem-loop binding / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Esler, M. / Belica, C. / Shi, K. / Aihara, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118047 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01-CA234228 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: A compact stem-loop DNA aptamer targets a uracil-binding pocket in the SARS-CoV-2 nucleocapsid RNA-binding domain.
著者: Esler, M.A. / Belica, C.A. / Rollie, J.A. / Brown, W.L. / Moghadasi, S.A. / Shi, K. / Harki, D.A. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2023年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: DNA aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7928
ポリマ－20,4202
非ポリマー3726
水4,486249
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area10510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.795, 54.133, 98.813
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / NC / Protein N


分子量: 14254.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: DNA鎖 DNA aptamer


分子量: 6164.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Ammonium formate,10% w/v Polyvinylpyrrolidone, 20% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→54.13 Å / Num. obs: 27808 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 21.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 171070
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / % possible obs: 43.3 % / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Num. measured all: 1371 / Num. unique obs: 636 / CC1/2: 0.758 / Rpim(I) all: 0.304 / Rrim(I) all: 0.519 / Net I/σ(I) obs: 1.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→47.48 Å / SU ML: 0.1703 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.2038
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1887 1438 5.18 %
Rwork0.1591 26311 -
obs0.1606 27749 91.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 28.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→47.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数988 409 24 249 1670
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01471492
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41262100
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0157204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.2361574
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.610.3434900.34661563X-RAY DIFFRACTION55.38
1.61-1.670.28321250.23752090X-RAY DIFFRACTION75.31
1.67-1.750.26041090.19252562X-RAY DIFFRACTION89.3
1.75-1.840.20441520.16832781X-RAY DIFFRACTION98.99
1.84-1.950.17911580.17712823X-RAY DIFFRACTION99.87
1.95-2.10.22561550.18572852X-RAY DIFFRACTION99.87
2.1-2.320.21411600.16272838X-RAY DIFFRACTION99.87
2.32-2.650.1731690.16462861X-RAY DIFFRACTION99.7
2.65-3.340.18161540.15212901X-RAY DIFFRACTION99.58
3.34-47.480.16411660.13493040X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.98659017224-1.16639128916-0.03762279993394.087512688171.442797943026.351145725260.0396173119201-0.4236574627610.5657816524040.5422697792560.003894749721670.376765362252-0.331211040302-0.4551467361010.05034500297870.2095166726040.007053677166570.05413883920430.181388375075-0.02927925337650.173649924588-6.16260623909-3.4706201747933.3426555526
27.238214514382.287762029221.211922793455.504321532191.161277497282.64612018822-0.2761322824140.6182422146970.137556372352-0.5286495572190.165257274633-0.449308004994-0.0792900911790.4322046644520.02594154343180.194691379665-0.03705980298040.04217710963830.2101770787360.01926577917330.2133107618395.33689805471-0.49520629193718.6575197338
34.22820081991.2320487960.9479535386124.004460326060.520297562182.748674189770.00158315463996-0.0133873169105-0.1061174501950.00333575467383-0.04003489054330.2800826637040.156257846357-0.2082061488330.05770014670670.08890223230410.008327539232490.009539250383780.1273895523370.007014566714510.0983640113574-9.58009805015-6.8574526147321.4043374872
42.61440682948-0.5283793084862.27558971394.05892991479-0.9193848197575.88090270686-0.11189807946-0.196291692601-0.06426450319330.304358008028-0.0408479064387-0.583209401394-0.2088294256560.6422665841310.03330680533480.179803681297-0.0114999373376-0.03423851390350.2684901932660.03697852160980.27514966536112.65188377258.4125736894336.3755435882
58.844976704556.949883039282.995875696116.446690318332.537953847241.58574095651-0.04542486773220.00069889864562-0.1043298269550.006645019712160.0329661052047-0.276439448636-0.03206060237020.0308646597813-0.005233504929350.1492542313370.01905122190840.002618593780610.1381030165190.01890083996530.1325072425691.916174039351.6602263775128.4069741616
64.26312368658-0.6050792014581.051991353150.184182182561-0.03609718444551.0156609238-0.255468189250.06739184828430.32507773815-0.06351100414510.0476721745622-0.0747651825865-0.181570349464-0.1128742938910.1803063623980.1916448347060.02159090191-0.03057550483830.130565011173-0.0167851347850.232820734254-11.44694554055.5274409208721.636507256
74.471812465725.565985691133.051301199477.436055597032.904254644683.70179513867-0.1620045545270.1082060031240.100271123197-0.2274418112240.1032202507750.163309019231-0.0863370288919-0.1869532789680.01107599775690.1020401739590.00576042095384-0.006031764118690.152184242105-0.009869636162450.13236905929-11.7776269946-3.6017510134416.4387365539
81.59515827303-0.254151206082.157664936110.64497260377-0.5849058977835.30681087519-0.0800516148273-0.483688298126-0.04863183605350.1637768019360.0175977965130.2714695759070.00851786972248-0.8681956305050.003939368747090.169443086561-0.03410897914910.04790179362710.235991503326-0.007870600109080.178801477644-12.4033958676-5.9067233605132.2299721385
93.243006452382.05620050932-0.8331653264382.39098314350.1819692589830.6798224793820.0355434658090.0711429855764-0.0844095733959-0.04733393875910.160142143754-0.7208148115360.001733016561060.379010609493-0.1221349763160.144833149013-0.009614147243280.03009445531590.161728400334-0.03725384808930.2618657778713.25736801554-10.241334148418.5129157275
105.05904680946-1.02902480991-3.709375443133.46089658129-3.08322216687.252500666110.8853308388120.8933703490150.757366884934-0.801658790571-0.1380949858220.6205049603960.187938619403-0.989161672574-0.5847933687810.5389425827330.01452568161770.06130583509520.627481312448-0.003173011808580.394621336829-3.373324343720.43396269926353.3608509972
112.46742339464-0.004579783447142.354819144312.12039284015-0.6249539413132.953120889720.0486698023163-0.104972317558-0.1506824568320.214310962688-0.00620137879612-0.09728968835250.177938894720.114432065902-0.01672358419150.229983721410.0205033582875-0.003452302934010.2205989762890.005300253990850.1529035396766.65344869507-1.8882958173440.0817341446
125.09865573806-4.717802832-5.515087491464.631416356025.134749202076.22542695993-0.141574541356-0.3000163200410.1275051607640.2011559146190.111698473747-0.3748794345351.282572226950.6143923772560.05257102726320.4653224917780.08245840767430.05604592375060.3525176485510.05999314636430.2341825070492.76663404509-3.5951244650955.8826213642
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 47 through 56 )AA47 - 561 - 10
22chain 'A' and (resid 57 through 66 )AA57 - 6611 - 20
33chain 'A' and (resid 67 through 90 )AA67 - 9021 - 44
44chain 'A' and (resid 91 through 100 )AA91 - 10045 - 54
55chain 'A' and (resid 101 through 112 )AA101 - 11255 - 66
66chain 'A' and (resid 113 through 129 )AA113 - 12967 - 83
77chain 'A' and (resid 130 through 139 )AA130 - 13984 - 93
88chain 'A' and (resid 140 through 159 )AA140 - 15994 - 113
99chain 'A' and (resid 160 through 173 )AA160 - 173114 - 127
1010chain 'B' and (resid 1 through 5 )BG1 - 5
1111chain 'B' and (resid 6 through 15 )BG6 - 15
1212chain 'B' and (resid 16 through 20 )BG16 - 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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