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- PDB-8tf7: Apo structure of protein crystal of Tri17 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tf7
タイトルApo structure of protein crystal of Tri17
要素AMP-binding protein
キーワードLIGASE / acyl-CoA ligase / AMP-binding domain / N-N bond formation / apo Structure
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Streptomyces tsukubensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhai, R. / Zhang, W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM136758 米国
引用ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2024
タイトル: Enzymatic synthesis of azide by a promiscuous N-nitrosylase.
著者: Del Rio Flores, A. / Zhai, R. / Kastner, D.W. / Seshadri, K. / Yang, S. / De Matias, K. / Shen, Y. / Cai, W. / Narayanamoorthy, M. / Do, N.B. / Xue, Z. / Marzooqi, D.A. / Kulik, H.J. / Zhang, W.
履歴
登録2023年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AMP-binding protein
B: AMP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,7582
ポリマ－123,7582
非ポリマー00
水4,918273
1
A: AMP-binding protein
B: AMP-binding protein

A: AMP-binding protein
B: AMP-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,5164
ポリマ－247,5164
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area10530 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area80930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.992, 105.992, 235.824
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 AMP-binding protein


分子量: 61878.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces tsukubensis (バクテリア)
遺伝子: B7R87_11280 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5H2UY12
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG3350, 100 mM KSCN, 100 mM Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→48.34 Å / Num. obs: 50341 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.186 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 17.6 / Num. measured all: 937072
反射 シェル解像度: 2.45→2.53 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.3 % / Rmerge(I) obs: 1.665 / Num. measured all: 88254 / Num. unique obs: 4566 / CC1/2: 0.71 / Rpim(I) all: 0.388 / Rrim(I) all: 1.71 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→48.34 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 2524 5.02 %
Rwork0.2156 --
obs0.2179 50258 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7966 0 0 273 8239
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038158
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59711105
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0492915
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.50.34351280.29372627X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.550.31531450.28482579X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.60.32921410.2942605X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.660.32691320.28692622X-RAY DIFFRACTION100
2.66-2.730.3881380.28152602X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.80.32611370.2722617X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.890.31451510.25562605X-RAY DIFFRACTION100
2.89-2.980.27781450.24952600X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.090.31311350.23852621X-RAY DIFFRACTION100
3.09-3.210.28011500.24542646X-RAY DIFFRACTION100
3.21-3.360.27581300.23772631X-RAY DIFFRACTION100
3.36-3.530.25491330.22142672X-RAY DIFFRACTION100
3.53-3.750.23811320.19592643X-RAY DIFFRACTION100
3.75-4.040.24571500.18252646X-RAY DIFFRACTION100
4.04-4.450.21311470.17082677X-RAY DIFFRACTION100
4.45-5.090.19631360.16072703X-RAY DIFFRACTION100
5.09-6.420.22861430.1982739X-RAY DIFFRACTION100
6.42-48.340.24921510.20352899X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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