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- PDB-8tf1: Crystal Structure of Pyridoxal Reductase (PDXI)in complex with NA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tf1
タイトルCrystal Structure of Pyridoxal Reductase (PDXI)in complex with NADPH and Pyridoxal
要素Pyridoxine 4-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / PDXI / Aldo-keto reductases superfamily / Vitamin B6 / NADPH / Pyridoxal
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxine 4-dehydrogenase / pyridoxine 4-dehydrogenase (NADP+) activity / pyridoxal 5'-phosphate salvage / : / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol / Pyridoxine 4-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Donkor, A.K. / Safo, M.K. / Musayev, F.N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1R61HL156158 米国
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Functional and structural properties of pyridoxal reductase (PdxI) from Escherichia coli: a pivotal enzyme in the vitamin B6 salvage pathway.
著者: Tramonti, A. / Donkor, A.K. / Parroni, A. / Musayev, F.N. / Barile, A. / Ghatge, M.S. / Graziani, C. / Alkhairi, M. / AlAwadh, M. / di Salvo, M.L. / Safo, M.K. / Contestabile, R.
履歴
登録2023年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyridoxine 4-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8444
ポリマ－32,9071
非ポリマー9373
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.952, 75.745, 43.094
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-682-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Pyridoxine 4-dehydrogenase


分子量: 32907.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: pdxI / プラスミド: pET28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: P25906, pyridoxine 4-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-UEG / 4,5-bis(hydroxymethyl)-2-methyl-pyridin-3-ol / ビタミンB6


分子量: 169.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H11NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES/NaOH, pH 6.5, 30% PEG400, 0.1M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5406 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月19日 / 詳細: Rigaku VariMax-VHF Arc) Sec Confocal
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.18 Å / Num. obs: 21054 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 23.8 / Num. measured all: 147270
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.443 / Num. measured all: 10752 / Num. unique obs: 1562 / CC1/2: 0.913 / Rpim(I) all: 0.18 / Rrim(I) all: 0.479 / Net I/σ(I) obs: 4.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
CrysalisProデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→27.177 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2367 1017 4.84 %
Rwork0.1786 --
obs0.1813 21010 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.177 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 61 309 2529
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2273094
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.043828
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009397
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0001-2.10550.24451470.18472790X-RAY DIFFRACTION100
2.1055-2.23730.25741630.18162804X-RAY DIFFRACTION100
2.2373-2.410.22571390.18432819X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.65230.25941410.19032819X-RAY DIFFRACTION100
2.6523-3.03570.25431490.19112842X-RAY DIFFRACTION100
3.0357-3.8230.22011310.16982894X-RAY DIFFRACTION100
3.823-27.170.22541470.17013025X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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