PDB-8te5: Crystal structure of a multiple lysine-to-arginine substitution m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8te5

タイトル

Crystal structure of a multiple lysine-to-arginine substitution mutant of the human CRIg C3b-binding domain

要素

V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / receptor / complement / C3b-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of complement activation, alternative pathway / negative regulation of macrophage activation / complement component C3b binding / complement activation, alternative pathway / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of T cell proliferation / protein-containing complex / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Abram, T.G. / Geisbrecht, B.V.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Immunohorizons / 年: 2023
タイトル: New Insights into the Complement Receptor of the Ig Superfamily Obtained from Structural and Functional Studies on Two Mutants.
著者: Duan, H. / Abram, T.G. / Cruz, A.R. / Rooijakkers, S.H.M. / Geisbrecht, B.V.

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8te5.cif.gz	65.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8te5.ent.gz	45.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8te5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8te5_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8te5_full_validation.pdf.gz	417.8 KB	表示
XML形式データ	8te5_validation.xml.gz	7.7 KB	表示
CIF形式データ	8te5_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8te5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8te5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8te6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1)

登録構造単位

A: V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.006, 49.776, 60.029
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	V-set and immunoglobulin domain-containing protein 4 / Protein Z39Ig 分子量: 13944.488 Da / 分子数: 1 / 変異: K15R,K36R,K62R,K72R,K110R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VSIG4, CRIg, Z39IG, UNQ317/PRO362 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y279
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 25.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M sodium aaetate (pH 6.5) 0.2 M ammonium acetate 30% (w/v) peg-4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 15185 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.152 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.165 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 10.1 / Num. measured all: 105683

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.5-1.55	5.4	0.801	1484	0.702	0.908	0.376	0.888	0.966	99.5
1.55-1.62	6.2	0.897	1496	0.644	0.885	0.394	0.983	1.028	99.7
1.62-1.69	6.9	0.917	1489	0.561	0.848	0.386	0.999	1.051	99.5
1.69-1.78	7.1	0.724	1503	0.719	0.915	0.3	0.787	0.957	99.6
1.78-1.89	6.9	0.563	1484	0.809	0.946	0.236	0.613	0.937	99.1
1.89-2.04	6.2	0.381	1498	0.878	0.967	0.169	0.419	0.973	98.2
2.04-2.24	7.9	0.277	1517	0.914	0.977	0.111	0.3	0.967	99.5
2.24-2.56	8	0.204	1530	0.961	0.99	0.08	0.22	1.032	99.1
2.56-3.23	7.5	0.15	1532	0.98	0.995	0.061	0.163	1	98.3
3.23-50	7.5	0.106	1652	0.987	0.997	0.041	0.114	0.978	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.502→30.015 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2234	1490	10.03 %
R_work	0.1655	-	-
obs	0.1713	14849	96.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.502→30.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	960	0	0	102	1062

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	983
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.799	1343
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.43	594
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	178

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5023-1.5508	0.288	118	0.177	1058	X-RAY DIFFRACTION	85
1.5508-1.6062	0.2739	130	0.1593	1136	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6062-1.6705	0.2294	130	0.1692	1185	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6705-1.7466	0.2456	133	0.1733	1202	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7466-1.8386	0.2614	136	0.1573	1214	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8386-1.9538	0.2215	138	0.1526	1228	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9538-2.1046	0.2077	136	0.1464	1221	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1046-2.3164	0.2122	138	0.1545	1237	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3164-2.6514	0.2541	139	0.1708	1260	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6514-3.3398	0.2382	141	0.1708	1269	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3398-30.015	0.2001	151	0.1701	1349	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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