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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8te2 | |||||||||
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タイトル | 16mer self-complementary duplex RNA with D:C pair sequence 2 | |||||||||
要素 | RNA | |||||||||
キーワード | RNA / Diaminopurine / Non-canonical base pair | |||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | |||||||||
データ登録者 | Fang, Z. / Jia, X. / Szostak, J.W. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024 タイトル: Diaminopurine in Nonenzymatic RNA Template Copying. 著者: Jia, X. / Fang, Z. / Kim, S.C. / Ding, D. / Zhou, L. / Szostak, J.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8te2.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8te2.ent.gz | 13.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8te2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8te2_validation.pdf.gz | 395.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8te2_full_validation.pdf.gz | 397.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8te2_validation.xml.gz | 4.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8te2_validation.cif.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8te2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8te2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8tdyC 8tdzC 8te0C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5097.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 400 mM Sodium chloride, 120 mM Calcium chloride, 27% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 20 mM MES pH 5.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.038413 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.038413 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→41.79 Å / Num. obs: 5477 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 18.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 0.85 / Net I/σ(I): 10 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 285 / CC1/2: 0.982 / Rpim(I) all: 0.216 / Rrim(I) all: 0.424 / Χ2: 0.26 / % possible all: 97.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.63→31.22 Å / SU ML: 0.1552 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.9209 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→31.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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