PDB-8te0: 16mer self-complementary duplex RNA with D:C pair sequence 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8te0

タイトル

16mer self-complementary duplex RNA with D:C pair sequence 1

要素

RNA

キーワード

RNA / Diaminopurine / Non-canonical base pair

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Fang, Z. / Jia, X. / Szostak, J.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Diaminopurine in Nonenzymatic RNA Template Copying.
著者: Jia, X. / Fang, Z. / Kim, S.C. / Ding, D. / Zhou, L. / Szostak, J.W.

履歴

登録	2023年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8te0.cif.gz	24.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8te0.ent.gz	13.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8te0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8te0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/8te0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8tdyC 8tdzC 8te2C C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
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リボスイッチ (Riboswitches)
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#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
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転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
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#229 - 2019年1月
蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
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#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
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#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA

ヘテロ分子

5.12 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA

ヘテロ分子

A: RNA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
10.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.501, 42.501, 129.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-234- HOH
2	1	A-250- HOH
3	1	A-252- HOH
4	1	A-253- HOH

#1: RNA鎖	RNA 分子量: 5097.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10 mM Magnesium chloride hexahydrate, 50 mM HEPES sodium pH 7.0, 4.0 M Lithium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.033216 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033216 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→50 Å / Num. obs: 8586 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.983 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 0.919 / Net I/σ(I): 30
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 267 / CC_1/2: 0.9 / CC star: 0.973 / R_pim(I) all: 0.214 / R_rim(I) all: 0.345 / Χ²: 0.804 / % possible all: 64.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0415	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.42→35.414 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 1.485 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	379	4.645 %
R_work	0.2146	7781	-
all	0.216	-	-
obs	-	8160	91.398 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.558 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.001 Å²	-0.001 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.001 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.004 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→35.414 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	337	1	79	417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.011	374
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.019	157
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.37	1.906	576
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.637	1.741	381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_2_deg	0.575	5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.029	0.02	190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	61
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.426	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.206	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.251	0.2	138
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.301	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.081	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.117	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.064	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.598	1.364	374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.596	1.365	375
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.319	2.503	576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.317	2.504	577
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.259	18.765	566
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.02	18.239	553

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.455	0.475	9	0.304	204	X-RAY DIFFRACTION	33.9713
1.455-1.494	0.343	25	0.307	366	X-RAY DIFFRACTION	61.8671
1.494-1.538	0.261	15		520	X-RAY DIFFRACTION	86.7099
1.538-1.585	0.268	35	0.258	544	X-RAY DIFFRACTION	97.3109
1.585-1.637	0.327	26	0.258	556	X-RAY DIFFRACTION	99.1482
1.637-1.694	0.258	22	0.24	522	X-RAY DIFFRACTION	99.6337
1.694-1.758	0.3	22	0.225	528	X-RAY DIFFRACTION	100
1.758-1.83	0.287	21	0.247	508	X-RAY DIFFRACTION	100
1.83-1.911	0.289	21	0.235	479	X-RAY DIFFRACTION	100
1.911-2.004	0.282	26	0.222	454	X-RAY DIFFRACTION	99.7921
2.004-2.112	0.254	19	0.226	440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.112-2.239	0.271	23	0.201	417	X-RAY DIFFRACTION	100
2.239-2.393	0.169	23		388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.393-2.584	0.29	15	0.219	366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.584-2.829	0.224	16	0.205	353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3.16	0.175	13	0.192	300	X-RAY DIFFRACTION	99.3651
3.16-3.644	0.202	15	0.185	283	X-RAY DIFFRACTION	98.6755
3.644-4.452	0.145	15	0.18	235	X-RAY DIFFRACTION	100
4.452-6.247	0.311	9	0.162	198	X-RAY DIFFRACTION	100
6.247-35.414	0.183	9		119	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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