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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tdz | |||||||||
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タイトル | 16mer self-complementary duplex RNA with D:U pair sequence 2 | |||||||||
要素 | RNA | |||||||||
キーワード | RNA / Diaminopurine / Non-canonical base pair | |||||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Fang, Z. / Jia, X. / Szostak, J.W. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024 タイトル: Diaminopurine in Nonenzymatic RNA Template Copying. 著者: Jia, X. / Fang, Z. / Kim, S.C. / Ding, D. / Zhou, L. / Szostak, J.W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tdz.cif.gz | 26.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tdz.ent.gz | 13.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tdz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tdz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/8tdz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8tdyC 8te0C 8te2C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5098.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NCO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.19 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 40 mM Lithium chloride, 20 mM Magnesium chloride hexahydrate, 40 mM Sodium cacodylate trihydrate pH 5.5, 30% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 2 mM Hexammine cobalt(III) chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 99 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 2.0.1 / 波長: 1.038413 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年4月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.038413 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 5403 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 7.47 Å2 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 0.865 / Net I/σ(I): 35.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.184 / Mean I/σ(I) obs: 8.4 / Num. unique obs: 250 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.084 / Rrim(I) all: 0.204 / Χ2: 1.059 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.64→41.43 Å / SU ML: 0.1523 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 17.5942 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→41.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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