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- PDB-8tdx: TRNM-b.01 in complex with HIV Env fusion peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tdx
タイトルTRNM-b.01 in complex with HIV Env fusion peptide
要素
  • Env Fusion Peptide
  • TRNM-b.01 Fab Heavy Chain
  • TRNM-b.01 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / Fusion Peptide / Antibody / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Olia, A.S. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Broad and potent HIV-1 neutralization in fusion peptide-primed SHIV-boosted macaques
著者: Wang, H. / Olia, A.S. / Kwong, P.D.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRNM-b.01 Fab Heavy Chain
C: TRNM-b.01 Fab Light Chain
D: TRNM-b.01 Fab Light Chain
B: TRNM-b.01 Fab Heavy Chain
F: Env Fusion Peptide
E: Env Fusion Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,2366
ポリマ－97,2366
非ポリマー00
水13,655758
1
A: TRNM-b.01 Fab Heavy Chain
D: TRNM-b.01 Fab Light Chain
E: Env Fusion Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6183
ポリマ－48,6183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19740 Å2
手法PISA
2
C: TRNM-b.01 Fab Light Chain
B: TRNM-b.01 Fab Heavy Chain
F: Env Fusion Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6183
ポリマ－48,6183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.464, 88.926, 129.108
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 TRNM-b.01 Fab Heavy Chain


分子量: 24834.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 TRNM-b.01 Fab Light Chain


分子量: 23050.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Env Fusion Peptide / Transmembrane protein gp41 / TM / Glycoprotein 41 / gp41


分子量: 732.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: P12489
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 758 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.2M Sodium Chloride 21% PEG 8K 0.1M Sodium Phosphate / Citric Acid pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 57876 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 28.07 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 14.48
反射 シェル解像度: 2.09→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 2.08 / Num. unique obs: 2853 / CC1/2: 0.834 / CC star: 0.954

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→44.46 Å / SU ML: 0.1851 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.3889
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1997 3.49 %
Rwork0.2044 55292 -
obs0.2057 57289 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→44.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6742 0 0 758 7500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00376892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73299384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491084
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00491190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0892946
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.09-2.140.26791270.23543463X-RAY DIFFRACTION87.6
2.14-2.20.31751440.2383928X-RAY DIFFRACTION99.05
2.2-2.260.27131440.23943938X-RAY DIFFRACTION99.05
2.26-2.340.24681330.233922X-RAY DIFFRACTION98.85
2.34-2.420.2461420.2293902X-RAY DIFFRACTION98.59
2.42-2.520.28021370.23383952X-RAY DIFFRACTION99.27
2.52-2.630.25941500.23363959X-RAY DIFFRACTION99.35
2.63-2.770.29831430.23163986X-RAY DIFFRACTION99.54
2.77-2.950.27421480.22083965X-RAY DIFFRACTION99.54
2.95-3.170.29911420.21934000X-RAY DIFFRACTION99.45
3.17-3.490.23011400.20183993X-RAY DIFFRACTION98.8
3.49-40.20811500.18414018X-RAY DIFFRACTION99.55
4-5.030.17971450.15674086X-RAY DIFFRACTION99.72
5.04-44.460.21691520.1964180X-RAY DIFFRACTION98.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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