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- PDB-8tdq: SFX-XFEL structure of CYP121 cocrystallized with substrate cYY -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tdq
タイトルSFX-XFEL structure of CYP121 cocrystallized with substrate cYY
要素Mycocyclosin synthase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SFX / room temperature / ES complex / P450
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocyclosin synthase / cyclase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / carbon monoxide binding / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Chem-YTT / Mycocyclosin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Nguyen, R.C. / Dasgupta, M. / Bhowmick, A. / Kern, J.F. / Liu, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108988 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: In Situ Structural Observation of a Substrate- and Peroxide-Bound High-Spin Ferric-Hydroperoxo Intermediate in the P450 Enzyme CYP121.
著者: Nguyen, R.C. / Davis, I. / Dasgupta, M. / Wang, Y. / Simon, P.S. / Butryn, A. / Makita, H. / Bogacz, I. / Dornevil, K. / Aller, P. / Bhowmick, A. / Chatterjee, R. / Kim, I.S. / Zhou, T. / ...著者: Nguyen, R.C. / Davis, I. / Dasgupta, M. / Wang, Y. / Simon, P.S. / Butryn, A. / Makita, H. / Bogacz, I. / Dornevil, K. / Aller, P. / Bhowmick, A. / Chatterjee, R. / Kim, I.S. / Zhou, T. / Mendez, D. / Paley, D.W. / Fuller, F. / Alonso Mori, R. / Batyuk, A. / Sauter, N.K. / Brewster, A.S. / Orville, A.M. / Yachandra, V.K. / Yano, J. / Kern, J.F. / Liu, A.
履歴
登録2023年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2023年11月22日ID: 7S0O
改定 1.02023年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycocyclosin synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5988
ポリマ－43,1751
非ポリマー1,4237
水5,855325
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.616, 78.616, 265.275
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-627-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mycocyclosin synthase / Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2


分子量: 43174.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: cyp121, Rv2276, MTCY339.34c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WPP7, mycocyclosin synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-YTT / (3S,6S)-3,6-bis(4-hydroxybenzyl)piperazine-2,5-dione / cyclo(tyrosyl-tyrosyl) / Cyclo(tyr-tyr) / シクロ(L-Tyr-L-Tyr-)


分子量: 326.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM MES buffer pH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: MFX / 波長: 1.3045 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3045 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→31.77 Å / Num. obs: 59457 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 19.78 Å2 / CC1/2: 0.984 / R split: 0.143 / Net I/σ(I): 4.54
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 9.85 % / Mean I/σ(I) obs: 0.538 / Num. unique obs: 2912 / CC1/2: 0.14 / R split: 1.042 / % possible all: 99.66

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
cctbx.xfelデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WP2

5wp2


解像度: 1.65→31.77 Å / SU ML: 0.2328 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.658
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2012 1986 3.36 %
Rwork0.171 57196 -
obs0.172 59182 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→31.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3030 0 92 325 3447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00693235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91794426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0572499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1555448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.690.41761280.35853779X-RAY DIFFRACTION94.19
1.69-1.740.35291380.33343984X-RAY DIFFRACTION99.3
1.74-1.790.33891400.28054034X-RAY DIFFRACTION99.95
1.79-1.850.27161400.24024017X-RAY DIFFRACTION99.95
1.85-1.910.22781410.20524052X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.990.20821400.19294027X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.080.2461420.19084062X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.20741420.17044083X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.20371410.1654064X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.50.18661420.16374086X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.760.2051440.16754118X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.160.16681450.15814175X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.970.18281480.13354224X-RAY DIFFRACTION100
3.97-31.770.15441550.1384491X-RAY DIFFRACTION99.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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