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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tcc | ||||||
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タイトル | GTP Cyclohydrolase-IB with dehydrocostus lactone | ||||||
![]() | GTP cyclohydrolase FolE2 | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Cyclohydrolase / GTP / dehydrocostus lactone / fole2 / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McWhorter, K.L. / Amaya Lopez, C.Y. / Davis, K.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Combatting melioidosis with chemical synthetic lethality 著者: Zhang, Y. / McWhorter, K.L. / Rosen, P. / Klaus, J. / Gallant, E. / Amaya Lopez, C.Y. / Jhunjhunwala, R. / Chandler, J. / Davis, K.M. / Seyedsayamdost, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 206.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g6cC ![]() 8g8vC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33811.340 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: folE2 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 48分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO3.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MN / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO3 / | #5: 化合物 | 分子量: 232.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H20O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 1.3-1.7 M ammonium sulfate, 0.01 M cadmium chloride PH範囲: 6.3-6.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97857 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→48.25 Å / Num. obs: 17590 / % possible obs: 96.85 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 62.65 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2474 / Rpim(I) all: 0.07916 / Rrim(I) all: 0.2606 / Net I/σ(I): 10.13 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.211 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 1.149 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique obs: 1716 / CC1/2: 0.834 / CC star: 0.954 / Rpim(I) all: 0.3566 / Rrim(I) all: 1.206 / % possible all: 97.55 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→47.16 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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