PDB-8tbx: Crystal structure of human DDX1 helicase in complex with ADP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8tbx

タイトル

Crystal structure of human DDX1 helicase in complex with ADP

要素

ATP-dependent RNA helicase DDX1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / DDX1 / helicase / SGC / RNA helicase

機能・相同性

機能・相同性情報

cleavage body / tRNA-splicing ligase complex / DNA/RNA helicase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / nuclease activity / poly(A) binding / tRNA processing in the nucleus / regulation of translational initiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Yen, H. / Hejazi, Z. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of human DDX1 helicase in complex with ADP
著者: Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Yen, H. / Hejazi, Z. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L.

履歴

登録	2023年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月16日	Group: Author supporting evidence / Data collection カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8tbx.cif.gz	105.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8tbx.ent.gz	75.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8tbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8tbx_validation.pdf.gz	779.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8tbx_full_validation.pdf.gz	782.4 KB	表示
XML形式データ	8tbx_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	8tbx_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (6) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent RNA helicase DDX1

ヘテロ分子

52.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.708, 71.517, 138.496
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ATP-dependent RNA helicase DDX1 / DEAD box protein 1 / DEAD box protein retinoblastoma / DBP-RB 分子量: 52391.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92499, RNA helicase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.68 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.04M Potassium phosphate monobasic,16%w/v PEG 8K,20% v/v Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97911 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 14191 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.151 / R_pim(I) all: 0.061 / R_rim(I) all: 0.163 / Χ²: 0.807 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 100389

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.7-2.75	6.9	0.967	691	0.753	0.927	0.392	1.046	0.682	100
2.75-2.8	7.2	0.883	715	0.774	0.934	0.349	0.951	0.666	100
2.8-2.85	7.2	0.841	673	0.787	0.938	0.332	0.906	0.687	100
2.85-2.91	7.4	0.687	692	0.88	0.967	0.268	0.738	0.693	100
2.91-2.97	7.3	0.618	708	0.884	0.969	0.242	0.664	0.711	99.9
2.97-3.04	7.4	0.501	681	0.919	0.979	0.195	0.539	0.744	100
3.04-3.12	7.3	0.432	704	0.938	0.984	0.17	0.465	0.716	100
3.12-3.2	7.2	0.365	700	0.96	0.99	0.144	0.393	0.696	100
3.2-3.3	7.1	0.296	689	0.968	0.992	0.117	0.319	0.757	99.9
3.3-3.4	6.9	0.251	714	0.973	0.993	0.101	0.271	0.749	99.9
3.4-3.52	6.5	0.202	696	0.981	0.995	0.084	0.219	0.79	99.9
3.52-3.66	5.9	0.174	686	0.982	0.996	0.076	0.191	0.907	99
3.66-3.83	7.4	0.147	706	0.991	0.998	0.058	0.159	0.766	99.7
3.83-4.03	7.5	0.118	706	0.995	0.999	0.046	0.127	0.824	100
4.03-4.29	7.5	0.1	721	0.996	0.999	0.039	0.108	0.779	100
4.29-4.62	7.3	0.077	717	0.996	0.999	0.031	0.083	0.73	99.7
4.62-5.08	7.3	0.072	726	0.997	0.999	0.029	0.078	0.709	100
5.08-5.81	7.1	0.075	720	0.996	0.999	0.03	0.081	0.703	100
5.81-7.32	6.1	0.071	742	0.997	0.999	0.03	0.078	0.759	99.3
7.32-50	6.8	0.094	804	0.987	0.997	0.04	0.103	2.014	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.71→49.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / SU B: 14.991 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28647	728	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20257	-	-	-
obs	0.20678	13419	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.552 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.65 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.52 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.71→49.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3435	0	29	12	3476

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.374	1.634	4796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.215	1.573	7419
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.414	5	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.354	23.478	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.889	15	567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.979	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.053	0.2	480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3969
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.157	5.285	1829
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.158	5.285	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.361	7.917	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.36	7.917	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.081	5.375	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.081	5.375	1698
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.304	7.964	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.415	62.008	3776
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	9.414	62.005	3777
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.715→2.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.386	53	-
R_work	0.25	925	-
obs	-	-	94.77 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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