+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tbx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of human DDX1 helicase in complex with ADP | ||||||
Components | ATP-dependent RNA helicase DDX1 | ||||||
Keywords | RNA BINDING PROTEIN / DDX1 / helicase / SGC / RNA helicase | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA-splicing ligase complex / cleavage body / DNA/RNA helicase activity / : / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / nuclease activity / poly(A) binding / tRNA processing in the nucleus ...tRNA-splicing ligase complex / cleavage body / DNA/RNA helicase activity / : / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / nuclease activity / poly(A) binding / tRNA processing in the nucleus / regulation of translational initiation / exonuclease activity / DNA duplex unwinding / spliceosomal complex assembly / response to exogenous dsRNA / transcription coregulator activity / cytoplasmic stress granule / double-strand break repair / double-stranded RNA binding / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.71 Å | ||||||
Authors | Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Yen, H. / Hejazi, Z. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of human DDX1 helicase in complex with ADP Authors: Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Yen, H. / Hejazi, Z. / Seitova, A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Halabelian, L. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tbx.cif.gz | 105.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8tbx.ent.gz | 75.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tbx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tbx | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
---|
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 52391.723 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DDX1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q92499, RNA helicase |
---|---|
#2: Chemical | ChemComp-ADP / |
#3: Chemical | ChemComp-MG / |
#4: Chemical | ChemComp-ZN / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.68 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.04M Potassium phosphate monobasic,16%w/v PEG 8K,20% v/v Glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97911 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 10, 2023 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 14191 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 7.1 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.163 / Χ2: 0.807 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 100389 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.71→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 14.991 / SU ML: 0.301 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.404 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 47.552 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.71→49.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|