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- PDB-8tbi: Tricomplex of RMC-7977, NRAS WT, and CypA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tbi
タイトルTricomplex of RMC-7977, NRAS WT, and CypA
要素
  • GTPase NRas
  • Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / inhibitor / complex / small GTPase / cancer / tricomplex / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / myoblast differentiation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / Signaling by RAS GAP mutants / Signaling by RAS GTPase mutants / Activation of RAS in B cells / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / RAS signaling downstream of NF1 loss-of-function variants / tertiary granule membrane / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / SOS-mediated signalling / viral release from host cell / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / SHC1 events in ERBB4 signaling / GRB2 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / SHC1 events in EGFR signaling / Signalling to RAS / GRB2 events in ERBB2 signaling / Binding and entry of HIV virion / SHC-related events triggered by IGF1R / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / SHC1 events in ERBB2 signaling / positive regulation of viral genome replication / SHC-mediated cascade:FGFR3 / MET activates RAS signaling / Signaling by PDGFRA transmembrane, juxtamembrane and kinase domain mutants / Signaling by PDGFRA extracellular domain mutants / SHC-mediated cascade:FGFR2 / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / Erythropoietin activates RAS / SHC-mediated cascade:FGFR1 / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / FRS-mediated FGFR3 signaling / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / : / FRS-mediated FGFR2 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR4 signaling / p38MAPK events / Tie2 Signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / positive regulation of endothelial cell proliferation / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / Signaling by FGFR1 in disease / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / NCAM signaling for neurite out-growth / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / Downstream signal transduction / Constitutive Signaling by Overexpressed ERBB2 / Insulin receptor signalling cascade / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / small monomeric GTPase / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / G protein activity / VEGFR2 mediated cell proliferation / negative regulation of protein phosphorylation / Constitutive Signaling by EGFRvIII / peptidylprolyl isomerase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of protein secretion / FCERI mediated MAPK activation / RAF activation / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / Budding and maturation of HIV virion / Signaling by SCF-KIT / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases ...Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily / Small GTPase, Ras-type / small GTPase Ras family profile. / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / GTPase NRas / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Tomlinson, A.C.A. / Chen, A. / Knox, J.E. / Yano, J.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Concurrent inhibition of oncogenic and wild-type RAS-GTP for cancer therapy.
著者: Holderfield, M. / Lee, B.J. / Jiang, J. / Tomlinson, A. / Seamon, K.J. / Mira, A. / Patrucco, E. / Goodhart, G. / Dilly, J. / Gindin, Y. / Dinglasan, N. / Wang, Y. / Lai, L.P. / Cai, S. / ...著者: Holderfield, M. / Lee, B.J. / Jiang, J. / Tomlinson, A. / Seamon, K.J. / Mira, A. / Patrucco, E. / Goodhart, G. / Dilly, J. / Gindin, Y. / Dinglasan, N. / Wang, Y. / Lai, L.P. / Cai, S. / Jiang, L. / Nasholm, N. / Shifrin, N. / Blaj, C. / Shah, H. / Evans, J.W. / Montazer, N. / Lai, O. / Shi, J. / Ahler, E. / Quintana, E. / Chang, S. / Salvador, A. / Marquez, A. / Cregg, J. / Liu, Y. / Milin, A. / Chen, A. / Ziv, T.B. / Parsons, D. / Knox, J.E. / Klomp, J.E. / Roth, J. / Rees, M. / Ronan, M. / Cuevas-Navarro, A. / Hu, F. / Lito, P. / Santamaria, D. / Aguirre, A.J. / Waters, A.M. / Der, C.J. / Ambrogio, C. / Wang, Z. / Gill, A.L. / Koltun, E.S. / Smith, J.A.M. / Wildes, D. / Singh, M.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTPase NRas
B: GTPase NRas
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,38710
ポリマ－75,5644
非ポリマー2,8236
水13,259736
1
A: GTPase NRas
D: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1935
ポリマ－37,7822
非ポリマー1,4123
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GTPase NRas
C: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1935
ポリマ－37,7822
非ポリマー1,4123
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.490, 84.270, 126.040
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 GTPase NRas / Transforming protein N-Ras


分子量: 19658.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRAS, HRAS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01111, small monomeric GTPase
#2: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase A / PPIase A / Cyclophilin A / Cyclosporin A-binding protein / Rotamase A


分子量: 18123.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase

-
非ポリマー , 4種, 742分子

#3: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZNI / (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide / RMC-7977


分子量: 865.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C47H60N8O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 27% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.95371 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95371 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→25.86 Å / Num. obs: 94249 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 23.9 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1193 / Rpim(I) all: 0.04726 / Rrim(I) all: 0.1285 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 1.59→1.647 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 2.356 / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 9290 / CC1/2: 0.33 / CC star: 0.705 / Rpim(I) all: 0.8978 / Rrim(I) all: 2.524 / % possible all: 99.91

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER位相決定
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.59→25.86 Å / SU ML: 0.2211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4125
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2078 4743 5.03 %
Rwork0.1806 89495 -
obs0.182 94238 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→25.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5199 0 190 736 6125
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01415589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.69697572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0948810
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0098975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.79722135
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.610.38681580.3522917X-RAY DIFFRACTION99.84
1.61-1.630.38431550.3542928X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.650.35651440.34932983X-RAY DIFFRACTION99.9
1.65-1.670.31861430.3292975X-RAY DIFFRACTION99.97
1.67-1.690.32951410.34372964X-RAY DIFFRACTION99.97
1.69-1.710.32381340.32072963X-RAY DIFFRACTION99.94
1.71-1.740.37681490.30632959X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.760.30891680.29452942X-RAY DIFFRACTION99.97
1.76-1.790.25061690.27152937X-RAY DIFFRACTION99.97
1.79-1.820.27781760.26172951X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.850.30651660.24362938X-RAY DIFFRACTION99.94
1.85-1.890.28371510.22982958X-RAY DIFFRACTION99.97
1.89-1.920.27461570.21682996X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.960.24191510.22062932X-RAY DIFFRACTION99.97
1.96-20.2361630.21222991X-RAY DIFFRACTION99.94
2-2.050.23311740.20692962X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.10.21571470.18332967X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.160.21491780.18512930X-RAY DIFFRACTION100
2.16-2.220.23221670.1752989X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.290.20931870.16122967X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.370.21551660.16422947X-RAY DIFFRACTION100
2.37-2.470.21521400.17193014X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.580.2381520.17212995X-RAY DIFFRACTION99.97
2.58-2.720.20071510.17123023X-RAY DIFFRACTION100
2.72-2.890.19351750.1672975X-RAY DIFFRACTION99.9
2.89-3.110.20391640.16783016X-RAY DIFFRACTION99.87
3.11-3.420.19691390.16053017X-RAY DIFFRACTION99.43
3.42-3.920.17351620.14823046X-RAY DIFFRACTION99.78
3.92-4.930.13591700.13533067X-RAY DIFFRACTION99.78
4.93-25.860.16891460.16013246X-RAY DIFFRACTION99.88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6191531225080.256334106836-0.3772154504850.951396589132-0.2044445979640.5511426891440.03450830438630.00749635216229-0.0491657377910.1992415386670.0434518387871-0.0257329887659-0.0594530683921-0.006000587964293.1721362881E-90.200707874511-0.0266456669650.01008310337330.165946915525-0.01825108438330.151795311722-17.39083398318.5263258314-20.876706841
20.3537156252470.02325362617220.02892993689721.07124741472-0.4745292328070.6161651690910.0281170481066-0.01358172812440.01352275100280.01965460932090.02963232252770.0572608081934-0.0515855734001-0.01675349887766.58462107036E-90.1225553302870.001583950800950.02144885339120.121861459745-0.004881177067650.145335610747-21.054753533236.5187883995-53.1391373223
30.5654392833890.06333373038970.01218242728530.556481380499-0.4082868902180.4100233149740.0111687687576-0.0605367439812-0.0475872418939-0.0778702041226-0.007253667010610.02117792365770.06342541476910.04469173762152.17151781878E-100.1397382665640.0114631484026-0.0235044913270.1132184195610.0135717060280.119404715847-24.2387748113.2862801886-52.8419743998
40.506158746018-0.129316082517-0.08776640975180.4750130663640.1044221498510.470657655060.02241888842760.04114597140150.01558587092560.0163880215399-0.0587579157751-0.03541893959460.00998804561051-0.0003122806635886.11960821801E-90.120733081831-0.0169105095062-0.006327823385480.15619264682-0.01350124693650.1343028986879.968896589926.6688866167-38.3401259915
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 0 through 167)AA0 - 1671 - 168
22(chain 'B' and resid 0 through 169)BD0 - 1691 - 170
33(chain 'C' and resid 2 through 164)CG2 - 1641 - 163
44(chain 'D' and resid 1 through 165)DH1 - 1651 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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