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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tb4 | ||||||||||||
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タイトル | Sequence specific (AATT) orientation of DAPI molecules at a unique minor groove binding site (position2) within a self-assembled 3D DNA lattice (4x5) | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | DNA / Self-Assembly / DNA Nanotechnology / DNA Scaffold / Crystal Lattice / Minor Groove Binders / Netropsin / DAPI / Hoechst / ImPyPy / polyamide / host-guest | ||||||||||||
機能・相同性 | 6-AMIDINE-2-(4-AMIDINO-PHENYL)INDOLE / DNA / DNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Simmons, C.R. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023 タイトル: Site-Specific Arrangement and Structure Determination of Minor Groove Binding Molecules in Self-Assembled Three-Dimensional DNA Crystals. 著者: Simmons, C.R. / Buchberger, A. / Henry, S.J.W. / Novacek, A. / Fahmi, N.E. / MacCulloch, T. / Stephanopoulos, N. / Yan, H. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tb4.cif.gz | 37.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tb4.ent.gz | 23.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tb4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tb4_validation.pdf.gz | 596.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tb4_full_validation.pdf.gz | 601.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8tb4_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tb4_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tb/8tb4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t7bC 8t7xC 8t80C 8ta8C 8ta9C 8tajC 8tamC 8tapC 8taqC 8tb3C 8tb8C 8tbdC 8tboC 8tc2C 8tc4C 8tc6C 8tdtC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 4種, 4分子 ABCD
#1: DNA鎖 | 分子量: 6465.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 1480.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 2720.808 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 2129.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 2種, 4分子
#5: 化合物 | ChemComp-DAP / |
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#6: 化合物 |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.05 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.5 mL of 0.05 M HEPES pH 7.5 with 15 mM MgCl2, 1.0 mM spermidine, and 10% dioxan was added to the reservoir with 2 uL added to the drop containing 4 uL of DNA stock. Temp details: temperature gradient generated from 60 to 25 C at 0.3 degrees per hour |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.92 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月17日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 5774 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 9.7 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 4.546 / Net I/σ(I): 6.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→42.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 20.035 / SU ML: 0.335 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.433 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 138.397 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 3.11→42.37 Å
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拘束条件 |
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