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万見
- PDB-8tav: FphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tav
タイトルFphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases H, boronic acid-based compound N34 bound
要素Fluorophosphonate-binding serine hydrolase H
キーワードHYDROLASE / FphH / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase / boronic acid / covalent / boron-serine / boron-histidine
機能・相同性Esterase/lipase / : / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylesterase / Serine aminopeptidase, S33 / carboxylesterase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / : / Alpha/beta fold hydrolase
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus USA300-0114 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Fellner, M.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Capability Build Funding - New Zealand Synchrotron Group Ltd ニュージーランド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: FphH, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases H, boronic acid-based compound N34 bound
著者: Fellner, M.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fluorophosphonate-binding serine hydrolase H
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1249
ポリマ－28,3361
非ポリマー7888
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.381, 67.381, 55.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Fluorophosphonate-binding serine hydrolase H


分子量: 28335.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus USA300-0114 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: est_2 / プラスミド: F1011 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D6HZA6
#2: 化合物 ChemComp-ZKR / [5-(trifluoromethyl)thiophen-2-yl]boronic acid


分子量: 195.955 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4BF3O2S
詳細: There is no H on the B atom as it has reacted with the O from Ser and the N from His.
タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.65 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13uL 10mg/ml FphH (10mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl) were mixed with 5uL N34 (50mM in DMSO) and incubated at RT for ~1 hour. 0.2ul FphH-N34 were mixed with 0.2ul of reservoir solution. Sitting ...詳細: 13uL 10mg/ml FphH (10mM HEPES pH 7.5, 100mM NaCl) were mixed with 5uL N34 (50mM in DMSO) and incubated at RT for ~1 hour. 0.2ul FphH-N34 were mixed with 0.2ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 180mM Calcium acetate hydrate, 100mM Tris pH 7.5, 9% w/v PEG 8000 and 9% w/v PEG 1000. Crystal was frozen in a solution of ~25% Ethylenglycol, 75% reservoir.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→47.65 Å / Num. obs: 50414 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 23 / Num. measured all: 682622
反射 シェル解像度: 1.39→1.41 Å / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 1.807 / Num. measured all: 31278 / Num. unique obs: 2430 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.516 / Rrim(I) all: 1.88 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.8データスケーリング
XDS20220820データ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→47.65 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1825 2494 4.95 %
Rwork0.1603 --
obs0.1614 50356 99.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→47.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1940 0 40 227 2207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1132834
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.899277
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008372
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.39-1.410.33151380.29462584X-RAY DIFFRACTION98
1.41-1.440.28411360.25122634X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.470.2791430.23632665X-RAY DIFFRACTION100
1.47-1.510.2081280.21132654X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.540.21241600.20842612X-RAY DIFFRACTION100
1.54-1.590.18991450.18022677X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.630.19261310.17212623X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.690.19481210.15722691X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.750.20331380.1672654X-RAY DIFFRACTION100
1.75-1.820.17721460.1492647X-RAY DIFFRACTION100
1.82-1.90.17051250.14622670X-RAY DIFFRACTION100
1.9-20.15461380.1422645X-RAY DIFFRACTION100
2-2.120.16571360.14592686X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.290.14631410.13732649X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.520.181410.14692661X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.880.15981360.16142683X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.630.17361440.15552690X-RAY DIFFRACTION100
3.63-47.650.1951470.15772737X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5222-0.0288-0.17932.6437-0.33131.3152-0.0268-0.09990.10410.15450.01710.1078-0.1826-0.07150.01210.15490.0089-0.00430.1236-0.02750.1262-24.794-2.3316.234
21.00970.12540.12181.2901-0.06090.993-0.0202-0.04080.04770.0697-0.00460.0859-0.066-0.05550.02120.13870.0114-0.00050.1346-0.01340.128-26.332-8.7654.491
32.01740.5310.8775.37225.05147.7926-0.0196-0.09470.09020.19530.106-0.1427-0.03360.236-0.13230.21890.0111-0.02350.18740.03130.1956-16.457-20.45918.435
42.21430.27421.47011.08720.37272.2909-0.0581-0.1562-0.1748-0.21940.1963-0.05610.0699-0.0636-0.13430.3830.0351-0.06680.3413-0.03730.2736-16.61-23.12229.241
50.9582-0.19330.0981.3736-0.68252.0622-0.0401-0.0066-0.2021-0.08010.04090.0680.7991-0.2475-0.04320.216-0.0193-0.00030.1523-0.00570.1998-27.611-25.6683.2
61.8580.1935-0.01371.87510.38811.5778-0.02360.0695-0.11810.00940.0487-0.17890.08340.174-0.03480.12520.00240.00120.1733-0.0170.1503-13.35-15.728-3.198
72.0896-0.32310.15063.2581-1.56553.5893-0.01170.23620.2527-0.233-0.0895-0.203-0.21220.17580.12530.1469-0.0009-0.00530.1323-0.0190.1421-16.218-2.937-5.74
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 5:27 )A5 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 28:121 )A28 - 121
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 122:140 )A122 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 141:158 )A141 - 158
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 159:177 )A159 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 178:227 )A178 - 227
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 228:245 )A228 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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