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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tat | |||||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF R9A SPIN LABELED T4 LYSOZYME MUTANT K65R9A/R76R9A | |||||||||
要素 | Endolysin | |||||||||
キーワード | ANTIMICROBIAL PROTEIN / HYDROLASE / NITROXIDE SPIN LABEL / EPR / MODIFIED CYSTEINE / ANTIMICROBIAL / BACTERIOLYTIC ENZYME / GLYCOSIDASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytolysis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia phage T4 (ファージ) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Chen, M. / Hubbell, W.L. / Cascio, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, ハンガリー, 2件
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引用 | ジャーナル: Appl.Magn.Reson. / 年: 2024 タイトル: A Highly Ordered Nitroxide Side Chain for Distance Mapping and Monitoring Slow Structural Fluctuations in Proteins. 著者: Chen, M. / Kalai, T. / Cascio, D. / Bridges, M.D. / Whitelegge, J.P. / Elgeti, M. / Hubbell, W.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tat.cif.gz | 84.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tat.ent.gz | 62.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tat.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tat_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tat_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tat_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tat_validation.cif.gz | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tat ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/8tat | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18321.014 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, K65C, R76C, C97A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T4 (ファージ) / プラスミド: PHSE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7S9SVX7 | ||||
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#2: 化合物 | 分子量: 199.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H17NO3 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T4 (ファージ) / 遺伝子: LYSOZYME / プラスミド: PHSE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2.35M DIBASIC POTASSIUM PHOSPHATE AND MONOBASIC SODIUM PHOSPHATE, 0.15M SODIUM CHLORIDE, 100mM 1,6-HEXANEDIOL, 3% 2-PROPANOL, PH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年7月13日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→52.3 Å / Num. obs: 50346 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 16.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→52.3 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→52.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -25.3921 Å / Origin y: 11.6227 Å / Origin z: 9.4028 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |