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- PDB-8tat: CRYSTAL STRUCTURE OF R9A SPIN LABELED T4 LYSOZYME MUTANT K65R9A/R76R9A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tat
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF R9A SPIN LABELED T4 LYSOZYME MUTANT K65R9A/R76R9A
要素Endolysin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / HYDROLASE / NITROXIDE SPIN LABEL / EPR / MODIFIED CYSTEINE / ANTIMICROBIAL / BACTERIOLYTIC ENZYME / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Chen, M. / Hubbell, W.L. / Cascio, D.
資金援助 米国, ハンガリー, 2件
組織認可番号国
Other privateJules Stein Professorship endowment 米国
Hungarian National Research, Development and Innovation OfficeNKFI K 137793 ハンガリー
引用ジャーナル: Appl.Magn.Reson. / 年: 2024
タイトル: A Highly Ordered Nitroxide Side Chain for Distance Mapping and Monitoring Slow Structural Fluctuations in Proteins.
著者: Chen, M. / Kalai, T. / Cascio, D. / Bridges, M.D. / Whitelegge, J.P. / Elgeti, M. / Hubbell, W.L.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月23日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_atom.type_symbol / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7553
ポリマ－18,3211
非ポリマー4342
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.390, 60.390, 95.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Endolysin


分子量: 18321.014 Da / 分子数: 1 / 変異: C54T, K65C, R76C, C97A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T4 (ファージ) / プラスミド: PHSE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7S9SVX7
#2: 化合物 ChemComp-GFX / methyl 4-fluoro-1-hydroxy-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrole-3-carboxylate, radical


分子量: 217.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16FNO3 / 由来: (組換発現) Escherichia phage T4 (ファージ) / 遺伝子: LYSOZYME / プラスミド: PHSE5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 2.35M DIBASIC POTASSIUM PHOSPHATE AND MONOBASIC SODIUM PHOSPHATE, 0.15M SODIUM CHLORIDE, 100mM 1,6-HEXANEDIOL, 3% 2-PROPANOL, PH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2021年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→52.3 Å / Num. obs: 50346 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rrim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 16.04
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID
1.6-1.640.96236270.8371.0111
1.64-1.690.83136290.8990.8721
1.69-1.730.64434720.9390.6761
1.73-1.790.55234220.9570.581
1.79-1.850.44533130.9690.4671
1.85-1.910.39130970.9820.411
1.91-1.980.25131010.9860.2631
1.98-2.060.17829980.9940.1861
2.06-2.160.13929490.9960.1461
2.16-2.260.11826760.9950.1241
2.26-2.380.10525310.9970.111
2.38-2.530.08925290.9970.0931
2.53-2.70.08323540.9970.0871
2.7-2.920.07321690.9970.0761
2.92-3.20.06420470.9980.0681
3.2-3.580.05918290.9980.0621
3.58-4.130.05415930.9980.0571
4.13-5.060.05113850.9990.0541
5.06-7.150.05410470.9980.0571
7.15-52.30.0475780.9990.0491

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALE20210323データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
XDS20210323データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→52.3 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2185 1330 5 %
Rwork0.1977 --
obs0.1988 26611 97.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→52.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1291 0 0 142 1433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061327
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8741811
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.279187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007227
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.660.23091280.21912434X-RAY DIFFRACTION96
1.66-1.720.20361290.18592451X-RAY DIFFRACTION97
1.72-1.80.22541290.19782474X-RAY DIFFRACTION97
1.8-1.90.25991310.22752478X-RAY DIFFRACTION97
1.9-2.010.36591310.24432488X-RAY DIFFRACTION96
2.01-2.170.22081320.19422516X-RAY DIFFRACTION98
2.17-2.390.261310.22362488X-RAY DIFFRACTION96
2.39-2.730.25621360.20552589X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.440.20811380.20322611X-RAY DIFFRACTION100
3.44-52.30.16961450.1712752X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -25.3921 Å / Origin y: 11.6227 Å / Origin z: 9.4028 Å
111213212223313233
T0.1532 Å2-0.0038 Å20.0064 Å2-0.1333 Å20.0142 Å2--0.1679 Å2
L0.6993 °20.4063 °20.233 °2-1.2806 °20.4605 °2--1.7816 °2
S0.0159 Å °-0.0175 Å °0.0445 Å °0.068 Å °0.0113 Å °0.0658 Å °-0.0024 Å °-0.0365 Å °-0.0212 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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