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万見
- PDB-8taa: Right-left hybrid parallel G-quadruplex in complex with N-methyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8taa
タイトルRight-left hybrid parallel G-quadruplex in complex with N-methyl mesoporphyrin
要素DNA (25-MER)
キーワードDNA / G-quadruplex / right-left-handed / parallel / NMM
機能・相同性: / N-METHYLMESOPORPHYRIN / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM) / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seth, P.C. / Yatsunyk, L.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)1R15CA253134 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2025
タイトル: Interaction of N-methylmesoporphyrin IX with a hybrid left-/right-handed G-quadruplex motif from the promoter of the SLC2A1 gene.
著者: Seth, P. / Xing, E. / Hendrickson, A.D. / Li, K. / Monsen, R. / Chaires, J.B. / Neidle, S. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2023年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02024年10月16日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / exptl_crystal_grow / ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work
解説: Model completeness
詳細: Added more atoms to the ligand and additional waters. Split four nucleotides due to two different positions for the phosphate backbones.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12025年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22025年2月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (25-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,9927
ポリマ－7,9691
非ポリマー1,0236
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.897, 30.897, 141.543
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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DNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: DNA鎖 DNA (25-MER)


分子量: 7969.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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非ポリマー , 5種, 68分子

#2: 化合物 ChemComp-SPK / SPERMINE (FULLY PROTONATED FORM)


分子量: 206.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H30N4
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MMP / N-METHYLMESOPORPHYRIN


分子量: 580.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H40N4O4
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 % / 解説: Amorphous cubes
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 mM Spermine, 45% MPD, 0.08 M NaCl, 0.04 M NaCaCo pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 196 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→141.54 Å / Num. obs: 13141 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 28.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 1.45→1.47 Å / Rmerge(I) obs: 1.789 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 647 / CC1/2: 0.678 / Rpim(I) all: 0.523 / Rrim(I) all: 1.866 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
Coot0.8.9.2モデル構築
PHENIX1.21.2_5419位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→35.39 Å / SU ML: 0.1904 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.3357
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2268 702 5.38 %RANDOM
Rwork0.1783 12347 --
obs0.1809 13049 99.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 41.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→35.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 530 61 62 653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00931162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.010433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.9078331
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.560.30811420.23872400X-RAY DIFFRACTION100
1.56-1.720.22831270.17892414X-RAY DIFFRACTION99.73
1.72-1.970.29371370.18932408X-RAY DIFFRACTION99.84
1.97-2.480.26491420.23682471X-RAY DIFFRACTION100
2.48-35.390.20461540.16082654X-RAY DIFFRACTION99.79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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