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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t9e | |||||||||
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タイトル | Zophobas morio black wasting virus strain UT-morio empty capsid structure | |||||||||
要素 | Major capsid protein | |||||||||
キーワード | VIRUS / Capsid / Virion / Parvovirus / Densovirus / Invertebrate / Insect / Pathogen / ssDNA | |||||||||
生物種 | Zophobas morio (甲虫) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Penzes, J.J. / Kaelber, J.T. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Sequencing-free discovery by cryo-EM of a pathogenic parvovirus causing mass mortality of farmed beetles 著者: Penzes, J.J. / Holm, M. / Firlar, E. / Kaelber, J.T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t9e.cif.gz | 87.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t9e.ent.gz | 63.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t9e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t9e_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8t9e_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8t9e_validation.xml.gz | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t9e_validation.cif.gz | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t9/8t9e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 60
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65638.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zophobas morio (甲虫) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Zophobas morio densovirus / タイプ: VIRUS 詳細: Purified from Z. morio larvae displaying symptomes of Zophobas morio black wasting disease Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Zophobas morio densovirus (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Zophobas morio |
ウイルス殻 | 直径: 28 nm / 三角数 (T数): 1 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
緩衝液成分 | 単位: 1x / 名称: Phosphate-buffered saline / 式: PBS |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Purified virus from homogenized Z. morio larval tissue |
試料支持 | 詳細: unspecified |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 29 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 133622 | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41960 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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