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万見
- PDB-8t8s: Sortilin-PGRN peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t8s
タイトルSortilin-PGRN peptide complex
要素
  • Paragranulin peptide
  • Sortilin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Sortilin / Progranulin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of protein folding / neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / microglial cell activation involved in immune response / Golgi to lysosome transport / trophectodermal cell proliferation / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / plasma membrane to endosome transport / positive regulation of defense response to bacterium ...positive regulation of aspartic-type peptidase activity / positive regulation of inflammatory response to wounding / positive regulation of protein folding / neurotensin receptor activity, non-G protein-coupled / microglial cell activation involved in immune response / Golgi to lysosome transport / trophectodermal cell proliferation / positive regulation of trophectodermal cell proliferation / plasma membrane to endosome transport / positive regulation of defense response to bacterium / negative regulation of microglial cell activation / myotube differentiation / positive regulation of lysosome organization / nerve growth factor receptor activity / Golgi to endosome transport / cerebellar climbing fiber to Purkinje cell synapse / maintenance of synapse structure / retromer complex binding / endosome transport via multivesicular body sorting pathway / nerve growth factor binding / vesicle organization / lysosomal protein catabolic process / lysosomal lumen acidification / positive regulation of axon regeneration / blastocyst hatching / protein targeting to lysosome / trans-Golgi network transport vesicle / negative regulation of neutrophil activation / astrocyte activation involved in immune response / clathrin-coated vesicle / lysosomal transport / lysosome organization / Golgi cisterna membrane / endosome to lysosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of fat cell differentiation / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / D-glucose import / locomotory exploration behavior / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / neuropeptide signaling pathway / clathrin-coated pit / embryo implantation / positive regulation of endothelial cell migration / ossification / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / cytokine activity / growth factor activity / trans-Golgi network / response to insulin / endocytosis / positive regulation of angiogenesis / azurophil granule lumen / late endosome / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of gene expression / protein-folding chaperone binding / retina development in camera-type eye / regulation of inflammatory response / cytoplasmic vesicle / nuclear membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / early endosome / endosome membrane / lysosome / endosome / protein stabilization / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Granulins signature. / Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : ...Granulins signature. / Granulin family / Granulin / Granulin superfamily / Granulin / Granulin / VPS10 / Sortilin, C-terminal / Sortilin, N-terminal / : / Sortilin, neurotensin receptor 3, C-terminal / Sortilin, neurotensin receptor 3, / VPS10 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Progranulin / Sortilin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Srivastava, D.B. / Srivastava, A. / Cherf, G.M. / Low, L.Y. / Kannan, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Other private 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural studies of Sortilin-PGRN peptide complex
著者: Srivastava, D.B. / Cherf, G.M. / Low, L.Y. / Kannan, G.
履歴
登録2023年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortilin
B: Sortilin
C: Paragranulin peptide
D: Paragranulin peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,16812
ポリマ－155,4944
非ポリマー2,6748
水32418
1
A: Sortilin
C: Paragranulin peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,2127
ポリマ－77,7472
非ポリマー1,4655
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area30480 Å2
手法PISA
2
B: Sortilin
D: Paragranulin peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9555
ポリマ－77,7472
非ポリマー1,2093
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1820 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area32290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)237.030, 237.030, 89.427
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Sortilin / 100 kDa NT receptor / Glycoprotein 95 / Gp95 / Neurotensin receptor 3 / NT3 / NTR3


分子量: 75826.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SORT1 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99523
#2: タンパク質・ペプチド Paragranulin peptide


分子量: 1920.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P28799

-
糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 21分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.10 M Tris, 30.00 %w/v PEG 3000, 0.20 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999982608809 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999982608809 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→205.27 Å / Num. obs: 58113 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.87
反射 シェル解像度: 2.99→3.24 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 12291 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.99→205.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 19.182 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.573 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 504 0.9 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.234 57607 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 68.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20.54 Å20 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----3.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→205.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10491 0 173 18 10682
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01910729
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029650
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.95914617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.186322196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.78551328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80824.022465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.728151619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3781550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A374100.08
12B374100.08
21C6320.13
22D6320.13
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.07 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 38 -
Rwork0.373 4197 -
obs--98.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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