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- PDB-8t8n: Venezuelan Equine Encephalitis Virus (VEEV) Nonstructural Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t8n
タイトルVenezuelan Equine Encephalitis Virus (VEEV) Nonstructural Protein 2 (nsP2) Cysteine Protease Inhibited with CA074
要素Protease nsP2
キーワードVIRAL PROTEIN / cysteine protease / CA074 / alphavirus / covalent / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity ...host cell filopodium / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / mRNA methyltransferase activity / mRNA 5'-triphosphate monophosphatase activity / mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / polynucleotide adenylyltransferase / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / host cell cytoplasmic vesicle membrane / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / nucleoside-triphosphate phosphatase / methylation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / GTP binding / host cell plasma membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / : / Peptidase family C9 / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase ...: / Tomato mosaic virus helicase, N-terminal domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain / Alphavirus nsP2 protease domain superfamily / : / : / Peptidase family C9 / Non-structural protein 3, zinc-binding domain / Alphavirus nsp2 protease (nsp2pro) domain profile. / Viral methyltransferase / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain / Alphavirus-like methyltransferase (MT) domain profile. / Tymovirus, RNA-dependent RNA polymerase / RNA dependent RNA polymerase / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Non-structural protein 3, X-domain-like / Macro domain / Appr-1"-p processing enzyme / Macro domain / Macro domain profile. / Macro domain-like / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
[PROPYLAMINO-3-HYDROXY-BUTAN-1,4-DIONYL]-ISOLEUCYL-PROLINE / Chem-074 / Polyprotein P1234
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Compton, J.R. / Legler, P.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)J9CBM CB4051 米国
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2023
タイトル: In Silico Screening of Inhibitors of the Venezuelan Equine Encephalitis Virus Nonstructural Protein 2 Cysteine Protease.
著者: Hu, X. / Morazzani, E. / Compton, J.R. / Harmon, M. / Soloveva, V. / Glass, P.J. / Garcia, A.D. / Marugan, J.J. / Legler, P.M.
履歴
登録2023年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease nsP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7272
ポリマ－38,3421
非ポリマー3851
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.762, 63.582, 86.283
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protease nsP2 / Non-structural protein 2 / nsP2


分子量: 38341.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CA074
由来: (組換発現) Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
株: Trinidad donkey / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS
参照: UniProt: P27282, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, nucleoside-triphosphate phosphatase, mRNA 5'-phosphatase, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-074 / [PROPYLAMINO-3-HYDROXY-BUTAN-1,4-DIONYL]-ISOLEUCYL-PROLINE / CA-074 / [N-(L-3-TRANS-PROPYLCARBAMOYL-OXIRANE-2-CARBONYL)-L-ISOLEUCYL-L-PROLINE]


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 385.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H31N3O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
参照: [PROPYLAMINO-3-HYDROXY-BUTAN-1,4-DIONYL]-ISOLEUCYL-PROLINE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.53 % / 解説: plate
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Modified JCSG+ Condition 8 (0.2 M Ammonium formate, 20% w/v PEG3350, 20% glycerol). Protein buffer contained 50 mM HEPES pH 7.0, 0.5 mM CA074, and 30 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→63.58 Å / Num. obs: 14251 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 13.35 % / Rmerge(I) obs: 0.1311 / Rsym value: 0.0508 / Net I/σ(I): 18.03
反射 シェル解像度: 2.32→2.42 Å / 冗長度: 12.79 % / Rmerge(I) obs: 0.4357 / Mean I/σ(I) obs: 6.08 / Num. unique obs: 1625 / Rsym value: 0.1717 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→51.186 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / WRfactor Rfree: 0.175 / WRfactor Rwork: 0.161 / SU B: 5.689 / SU ML: 0.139 / Average fsc free: 0.9442 / Average fsc work: 0.9504 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.217 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2003 678 4.78 %
Rwork0.1903 13506 -
all0.191 --
obs-14184 94.478 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.602 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.72 Å2-0 Å2
3---0.882 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→51.186 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2552 0 27 135 2714
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0132672
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0172480
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.6633631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3581.5945748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5645325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.25720.822146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.12715446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_other_3_deg4.958151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8981523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02590
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1930.22272
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.21278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0810.21175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0570.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1330.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.170.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1420.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2731.9811288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2721.9791287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2452.9641611
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2452.9671612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2552.2151384
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2552.2171385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.133.2372018
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1293.2382019
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.28422.9862939
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.25722.9562925
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.32-2.380.297500.2239520.22610750.8850.92193.20930.18
2.38-2.4450.273430.2019560.20410800.9240.94592.50.161
2.445-2.5160.2450.1829020.18210180.9390.95593.02550.145
2.516-2.5930.223420.1978920.1989900.9410.94494.34340.161
2.593-2.6780.212290.2168940.2169880.9470.92293.42110.178
2.678-2.7720.233410.1998460.2019420.9340.94494.16140.165
2.772-2.8760.237480.1868170.1889110.9270.94894.95060.147
2.876-2.9930.219470.1887790.198740.940.94994.5080.155
2.993-3.1260.179390.2037650.2018450.9520.94495.14790.165
3.126-3.2780.19260.2057470.2048130.9510.94895.080.169
3.278-3.4540.215370.2076970.2077780.9440.95194.34450.176
3.454-3.6630.17370.1936560.1917300.9710.96594.93150.173
3.663-3.9140.133300.1816310.1797030.9850.96994.02560.16
3.914-4.2260.18310.165880.1616460.9610.96995.82040.144
4.226-4.6260.188330.1495370.1515990.960.97395.15860.129
4.626-5.1660.156230.1645110.1645540.970.97596.38990.15
5.166-5.9560.178170.2074580.2054890.9740.96597.1370.168
5.956-7.270.205330.2033750.2044220.9630.96296.68250.177
7.27-10.1790.205130.1733140.1743420.9640.97395.6140.15
10.179-51.1860.273140.2371890.2392140.9290.94994.85980.226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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