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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t8i | ||||||
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タイトル | Structure of VHH-Fab complex with engineered Elbow FNQIKG, Crystal Kappa and SER substitutions | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / NabFab / Nanobody / Antibody Fragment | ||||||
機能・相同性 | DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / SUCCINIC ACID 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Filippova, E.V. / Thompson, I. / Kossiakoff, A.A. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2024 タイトル: Engineered antigen-binding fragments for enhanced crystallization of antibody:antigen complexes. 著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / ...著者: Bruce, H.A. / Singer, A.U. / Filippova, E.V. / Blazer, L.L. / Adams, J.J. / Enderle, L. / Ben-David, M. / Radley, E.H. / Mao, D.Y.L. / Pau, V. / Orlicky, S. / Sicheri, F. / Kurinov, I. / Atwell, S. / Kossiakoff, A.A. / Sidhu, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t8i.cif.gz | 237.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t8i.ent.gz | 190.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t8i | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-抗体 , 3種, 3分子 ALH
#1: 抗体 | 分子量: 14170.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET26B+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
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#2: 抗体 | 分子量: 23018.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: "QGTTS" - Crystal Kappa substitution "Q149S" and "K150Y" - SER substitution 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 |
#3: 抗体 | 分子量: 25753.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: "FNQIKG" - elbow region substitution / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 |
-非ポリマー , 5種, 76分子
#4: 化合物 | ChemComp-SIN / | ||||
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#5: 化合物 | ChemComp-PEG / | ||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.92 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2% Tacsimate pH 5.0, 0.1 M Na citrate tribasic dihydrate, 16% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.52→121.2 Å / Num. obs: 32276 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.99 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 12.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.62 Å / 冗長度: 13.6 % / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3603 / CC1/2: 0.37 / Rpim(I) all: 0.78 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.52→121.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 26.907 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.249 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.52→121.2 Å
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拘束条件 |
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