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- PDB-8t8g: C208A Streptococcus pyogenes Sortase A (spySrtA) bound to LPALA p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t8g
タイトルC208A Streptococcus pyogenes Sortase A (spySrtA) bound to LPALA peptide
要素
  • LEU-PRO-ALA-LEU-ALA-GLY
  • Sortase
キーワードHYDROLASE / SORTASE-FOLD / SORTASE / EIGHT-STRANDED BETA BARREL / TRANSPEPTIDASE / HOUSEKEEPING SORTASE / SURFACE PROTEIN
機能・相同性Sortase A / Sortase family / Sortase domain superfamily / Sortase domain / cysteine-type peptidase activity / proteolysis / Sortase
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Kodama, H.M. / Amacher, J.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)2044958 米国
引用ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2024
タイトル: A unique binding mode of P1' Leu-containing target sequences for Streptococcus pyogenes sortase A results in alternative cleavage.
著者: Vogel, B.A. / Blount, J.M. / Kodama, H.M. / Goodwin-Rice, N.J. / Andaluz, D.J. / Jackson, S.N. / Antos, J.M. / Amacher, J.F.
履歴
登録2023年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sortase
B: LEU-PRO-ALA-LEU-ALA-GLY


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1302
ポリマ－19,1302
非ポリマー00
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.114, 57.477, 71.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Sortase / Sortase A / Sortase protein SrtA


分子量: 18589.051 Da / 分子数: 1 / 変異: C208A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
遺伝子: srtA, srtA_1, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY31_04460, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK53_04530, GTK54_ ...遺伝子: srtA, srtA_1, srtA_2, E0F66_05345, E0F67_00760, FGO82_09960, FNL90_04725, FNL91_04720, GQ677_05600, GQR49_04420, GQY31_04460, GQY92_04850, GTK43_04765, GTK52_04270, GTK53_04530, GTK54_03910, GUA39_04435, IB935_04675, IB936_04605, IB937_04535, IB938_05195, KUN2590_09100, KUN4944_08330, MGAS2221_0893, SAMEA1407055_00305, SAMEA1711644_00960, SAMEA3918953_00457, SPNIH34_10200, SPNIH35_09070
プラスミド: pET28a(+) / Cell (発現宿主): BL21 (DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4U7I1I9
#2: タンパク質・ペプチド LEU-PRO-ALA-LEU-ALA-GLY


分子量: 540.653 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1 M Tris, 30% PEG 8000, 0.25 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97741 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月25日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97741 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.66 Å / Num. obs: 43124 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.28 % / Biso Wilson estimate: 17.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 27.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.27 / Num. unique obs: 6735 / CC1/2: 0.928 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
XDSデータ削減
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→35.66 Å / SU ML: 0.1543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7747
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2151 2299 9.98 %
Rwork0.19 20735 -
obs0.1926 23034 99.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1249 0 0 126 1375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611277
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91641730
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0084222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.165172
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.530.31411270.27251194X-RAY DIFFRACTION94.83
1.53-1.570.26661400.22741267X-RAY DIFFRACTION97.84
1.57-1.610.26431230.21303X-RAY DIFFRACTION100
1.61-1.650.24711370.19221282X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.70.24141450.19921287X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.750.25571320.21031287X-RAY DIFFRACTION99.93
1.75-1.820.23271400.20671276X-RAY DIFFRACTION99.93
1.82-1.890.23681470.19971294X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.980.24961410.19911294X-RAY DIFFRACTION99.86
1.98-2.080.2071390.19081310X-RAY DIFFRACTION99.86
2.08-2.210.22391680.19811256X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.380.2161300.1951314X-RAY DIFFRACTION99.65
2.38-2.620.24451590.19871306X-RAY DIFFRACTION100
2.62-30.21371540.19371306X-RAY DIFFRACTION100
3-3.780.18921440.17111355X-RAY DIFFRACTION100
3.78-35.660.18491730.17351404X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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