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- PDB-8t89: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 forms hetero... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t89

タイトル

Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 forms heterochiral rippled beta-sheet

要素

Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

キーワード

PROTEIN FIBRIL / Rippled beta sheet / amyloid fibril

機能・相同性

trifluoroacetic acid

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Sawaya, M.R. / Raskatov, J.A. / Hazari, A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Racemic Peptides from Amyloid beta and Amylin Form Rippled beta-Sheets Rather Than Pleated beta-Sheets.
著者: Hazari, A. / Sawaya, M.R. / Sajimon, M. / Vlahakis, N. / Rodriguez, J. / Eisenberg, D. / Raskatov, J.A.

履歴

登録	2023年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年11月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年12月13日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t89.cif.gz	12.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t89.ent.gz	6.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t89.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t89 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t89	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8t82C 8t84C 8t86C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1)

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集合体

登録構造単位

A: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

ヘテロ分子

839 Da, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

ヘテロ分子

A: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

ヘテロ分子

A: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

ヘテロ分子

A: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

ヘテロ分子

A: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

ヘテロ分子

A: Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
5.03 kDa, 6 ポリマー
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タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	1_655	x+1,y,z	1
crystal symmetry operation	1_455	x-1,y,z	1
crystal symmetry operation	2_566	-x,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_466	-x-1,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	2_666	-x+1,-y+1,-z+1	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	11.690, 11.700, 18.510
Angle α, β, γ (deg.)	89.955, 91.778, 110.506
Int Tables number	2
Space group name H-M	P-1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド	Racemic mixture of amyloid beta segment 16-KLVFFA-21 分子量: 724.909 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-TFA / trifluoroacetic acid / トリフルオロ酢酸分子量: 114.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂HF₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 24.76 % / 解説: needle-shaped
結晶化	温度: 298 K / 手法: batch mode / 詳細: hexafluoroisopropanol, water

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→18.5 Å / Num. obs: 1426 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_rim(I) all: 0.172 / Net I/σ(I): 4.49

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	Diffraction-ID
1.5-1.56	1.159	139	0.767	1.265	1
1.56-1.62	0.979	146	0.841	1.067	1
1.62-1.69	0.761	149	0.907	0.83	1
1.69-1.77	0.561	122	0.933	0.613	1
1.77-1.87	0.369	128	0.981	0.403	1
1.87-1.98	0.323	120	0.976	0.356	1
1.98-2.12	0.224	103	0.983	0.246	1
2.12-2.29	0.214	115	0.994	0.233	1
2.29-2.51	0.209	92	0.973	0.231	1
2.51-2.81	0.161	91	0.993	0.178	1
2.81-3.24	0.136	79	0.995	0.149	1
3.24-3.97	0.119	63	0.991	0.132	1
3.97-5.61	0.086	54	0.998	0.094	1
5.61-18.5	0.141	23	0.997	0.154	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XSCALE		データスケーリング
XDS		データ削減
SHELXT		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.5→18.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.078
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	143	10.028 %
R_work	0.2252	1283	-
all	0.225	-	-
obs	-	1426	97.007 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.834 Å²	1.272 Å²	0.288 Å²
2-	-	1.116 Å²	-0.319 Å²
3-	-	-	-1.546 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→18.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	52	0	7	2	61

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	59
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.03	0.016	57
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.577	1.589	79
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.511	1.566	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.502	5	5
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.043	10	9
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.756	10	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	57
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.134	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.163	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.212	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.094	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.031	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.135	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.139	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.12	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.1	1.89	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.106	1.86	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.266	2.772	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.385	2.819	28
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.535	2.74	36
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.911	2.449	31
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.718	3.928	52
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.827	3.459	44
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.269	42.362	51
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.037	35.129	49

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.676	0.34	42	0.363	375	0.361	431	0.846	0.879	96.7517	0.333
1.676-1.932	0.281	35	0.268	313	0.269	359	0.915	0.932	96.9359	0.234
1.932-2.36	0.21	29	0.239	264	0.235	305	0.971	0.96	96.0656	0.231
2.36-3.311	0.212	23	0.209	212	0.209	238	0.981	0.978	98.7395	0.219
3.311-18.5	0.199	14	0.165	119	0.168	137	0.985	0.988	97.0803	0.248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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