PDB-8t87: FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8t87

タイトル

FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, unbound dimer crystal form 1

要素

Fluorophosphonate-binding serine hydrolase E

キーワード

HYDROLASE / FphE / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase

機能・相同性

加水分解酵素 / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / membrane / Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518

機能・相同性情報

生物種

Staphylococcus aureus USA300-0114 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Fellner, M.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Development of Oxadiazolone Activity-Based Probes Targeting FphE for Specific Detection of Staphylococcus aureus Infections.
著者: Jo, J. / Upadhyay, T. / Woods, E.C. / Park, K.W. / Pedowitz, N.J. / Jaworek-Korjakowska, J. / Wang, S. / Valdez, T.A. / Fellner, M. / Bogyo, M.

履歴

登録	2023年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8t87.cif.gz	329.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8t87.ent.gz	273.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8t87.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8t87_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8t87_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	8t87_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	8t87_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/8t87	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8t88C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Fluorophosphonate-binding serine hydrolase E

B: Fluorophosphonate-binding serine hydrolase E

ヘテロ分子

62.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.787, 74.082, 71.424
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.28, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluorophosphonate-binding serine hydrolase E 分子量: 31275.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus USA300-0114 (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: SAUSA300_2518 / プラスミド: F1010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FDS6, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION 分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 ul 15.2 mg/ml FphE (9 mM HEPES pH 7.5, 87 mM NaCl, 13% DMSO) mixed with 0.2 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 ul of 0.18 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 7. ...詳細: 0.2 ul 15.2 mg/ml FphE (9 mM HEPES pH 7.5, 87 mM NaCl, 13% DMSO) mixed with 0.2 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 ul of 0.18 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 7.5, 22.5 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000. Crystal was frozen in a solution of ~25% glycerol, 75% reservoir.

結晶

マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.83 %

結晶化

温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 ul 15.2 mg/ml FphE (9 mM HEPES pH 7.5, 87 mM NaCl, 13% DMSO) mixed with 0.2 ul of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 ul of 0.18 M Magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 7. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→46.78 Å / Num. obs: 60409 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.9 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.063 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I): 12.9 / Num. measured all: 359349
反射シェル	解像度: 1.62→1.65 Å / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 1.18 / Num. measured all: 15655 / Num. unique obs: 2673 / CC_1/2: 0.597 / R_pim(I) all: 0.528 / R_rim(I) all: 1.296 / Χ²: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 1.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless	0.7.8	データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→38.73 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	2954	4.89 %
R_work	0.1873	-	-
obs	0.1889	60354	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→38.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4386	0	6	219	4611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4525
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.135	6148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.424	602
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	669
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	811

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.65	0.4317	112	0.3902	2462	X-RAY DIFFRACTION	89
1.65-1.68	0.3729	151	0.3695	2671	X-RAY DIFFRACTION	97
1.68-1.71	0.3984	149	0.3436	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
1.71-1.74	0.3721	120	0.3418	2711	X-RAY DIFFRACTION	97
1.74-1.78	0.3383	136	0.3144	2747	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.82	0.3451	176	0.2863	2655	X-RAY DIFFRACTION	98
1.82-1.86	0.3068	110	0.2552	2788	X-RAY DIFFRACTION	99
1.86-1.91	0.2571	122	0.2245	2749	X-RAY DIFFRACTION	98
1.91-1.96	0.2641	118	0.2108	2762	X-RAY DIFFRACTION	98
1.96-2.01	0.2354	171	0.2038	2713	X-RAY DIFFRACTION	99
2.01-2.08	0.2521	131	0.2056	2739	X-RAY DIFFRACTION	99
2.08-2.15	0.2443	153	0.2021	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
2.15-2.24	0.2196	151	0.1918	2749	X-RAY DIFFRACTION	99
2.24-2.34	0.224	172	0.1817	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
2.34-2.47	0.2121	113	0.186	2787	X-RAY DIFFRACTION	99
2.47-2.62	0.2227	135	0.1847	2753	X-RAY DIFFRACTION	99
2.62-2.82	0.2275	138	0.1907	2776	X-RAY DIFFRACTION	99
2.82-3.11	0.2	154	0.1831	2784	X-RAY DIFFRACTION	99
3.11-3.56	0.2256	167	0.1704	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
3.56-4.48	0.1648	122	0.1415	2811	X-RAY DIFFRACTION	99
4.48-38.73	0.1779	153	0.1641	2799	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8837	0.0209	0.4012	2.0225	-0.3545	2.109	-0.0639	0.0566	0.1686	0.0874	-0.0198	-0.0788	-0.3541	0.009	0.0831	0.2619	-0.0073	-0.0048	0.2213	0.0353	0.2716	-2.0494	-9.5036	9.0098
2	2.2329	0.3798	2.4511	1.3039	0.2505	2.5789	0.2179	0.1179	-0.6123	-0.3231	-0.3341	0.0672	0.8339	0.3406	0.0318	0.6511	0.1436	-0.0688	0.4702	0.0266	0.749	-28.1976	-25.3263	-13.9386
3	2.6782	-0.0387	0.0378	1.5204	0.5287	3.1324	0.0216	0.0785	-0.3959	0.0571	0.1565	-0.3369	0.3634	0.2041	-0.0813	0.2158	0.0343	0.0002	0.2006	-0.0781	0.3233	-33.3415	-13.3817	-24.357
4	2.162	0.0553	-0.279	1.721	0.779	2.032	0.0467	0.0971	-0.0718	-0.0863	0.3255	-0.535	0.0356	0.6081	-0.27	0.1945	0.0254	0.0184	0.3617	-0.1684	0.4276	-23.7017	-5.9289	-26.0543
5	4.1625	-2.2608	4.8949	1.0378	-2.5437	4.3513	0.2627	-0.2711	-0.0749	-0.233	-0.0078	-0.0097	0.4539	-0.0969	-0.1996	0.3212	0.0503	0.0299	0.472	-0.0025	0.3949	-27.3831	-15.8639	5.9478
6	1.3711	0.2733	1.1246	2.4082	-0.2597	2.848	-0.039	-0.1703	0.0088	0.3329	0.0322	-0.0405	-0.1332	-0.2332	-0.0065	0.234	0.0099	0.0185	0.2215	0.0142	0.229	-5.5551	-15.7175	16.9836

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 152 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 153 through 183 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 184 through 276 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 0 through 136 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 137 through 183 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 184 through 276 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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